我國國有企業基本上是國家獨資企業，實行股份製改造後企業的產權主體由國家唯一主體向多元主體轉化，從而企業的利益主體也向多元主體轉化。企業的資本金不僅有國家股，還有法人股、個人股和外資股。因此，正確、公平地確定各利益主體之間的權益，在國有企業股份製改造中至關重要。從中國的實際來看，目前還沒有真正解決好誰作為國有股的代表問題，一些政府機構爭當國家股的股東，但又不願也無法承擔國家股股東應當承擔的責任和風險。比如在國家股的持有單位上，有的由國有資產管理部門持有，並委派股權代表；有的由地方政府直接持有，並委派某一機構代管；有的由地方政府指定主管部門或主管部門“翻牌”而成的公司持有；有的由股份製企業的董事長或總經理充任國家股代表。但無論由誰代表國家股，都沒有解決責權利的統一問題。國家股的代表無法承擔其應有的責任，同時也沒有直接的利益關係，缺乏一種利益機製。一方麵，致使國家股虛置，股份公司分配方案不合理：一是不給國家股送配股、分紅或少送、少分以及給國家股份現金而給個人股份等值紅股；二是拖欠或低息或無償占用國家股紅利。另一方麵，政府部門作為國家股的代表直接管理企業，又會重新陷入政企不分、政資不分的狀態，與建立現代企業製度的宗旨相違。
2.部分股份製企業行為
短期化其表現在：①抱著“無償籌資”的指導思想，不按《招股說明書》規劃的領域進行投資，而是將籌集到的股民的資金轉而投向其他領域。這樣，一是大大延長了投資周期，二是加大了投資風險（這種風險主要是由廣大股民承擔的），加上經營失誤，往往使“盈利預測”的目標無法達到。②一些企業實行股份製或上市時就業績平平，甚至處於困境，實行股份製或上市後，也沒有在轉換企業經營機製、改善內部管理上狠下功夫，而是隻換上一塊股份製企業的招牌，其他一切依舊，結果往往效益不佳，不能給股民以滿意的回報。③有的公司不務正業，將發行股票所籌資金投入二級市場炒作股票，甚至自我“坐莊”，參與、刺激股市投機，推動股市價格波動。④有的公司經營者濫用權力，不按法定程序通過董事會或股東大會，擅自處理超越本身職權範圍的一係列重大事宜，出現法人違規犯法，使董事會和股東大會形同虛設。⑤有的公司董事會部分成員專權，排斥社會公眾董事參與公司決策，迫使社會個人股東無法關心公司經營，或無心關心公司經營。
3.股權不平等
無論是大陸法係國家還是英美法係國家的公司法都規定股份有限公司的資本必須劃分為若幹等額股份，以貫徹同股同權原則。而實際上，同股得不到同權。例如：個人股可在證券市場上自由流通，而法人股和國家股則不能；上市公司擴大資本時，個人股幾乎都溢價配股，而國家股、法人股在配股中無需溢價，使各類股東的等量出資得不到等量的股份。更有甚者，有些股份公司分派紅利困難時，個人股優先考慮，國家股、法人股退而居其次。《公司法》規定：“必須同股同權，同股同利，”“國家授權投資的機構可以依法轉讓其持有股份。”所以，這些作法，既有悖於《公司法》的規定，也不利於股份經濟的運行。
4.國有企業改製中忽視了應有的規模
經濟從表麵上看，組建行業性控股公司擴大了企業生產經營規模，但實際上卻會降低企業運行效率，難以形成規模經濟。首先，我國企業的行政性“加總”不能真正實現經濟規模，獲得規模經濟效益。把若幹企業行政合並後，雖然可以在帳麵上增加資產總量和銷售額，但由於要素配置格局和配置效率沒有改變，不可能形成真正的規模經濟。相反，在資產總量已達數百億元的大型企業集團公司之上再增加一個管理層次，結果必然是增加運行成本，降低管理效率，造成規模不經濟。其次，經濟規模與一定的技術水平和管理水平相對應，在一定的生產力發展水平條件下，企業生產經營規模不是越大越好，而是有一個合理的規模，企業規模若超過合理規模，同樣會造成規模不經濟。再次，組建全行業控股公司會影響基層企業的生產經營積極性和企業運行效率，進而影響到市場運行效率。
5.政府對股份製企業幹預過多
用行政手段選批股份製改造企業，決定股份有限公司是定向募集公司還是公眾公司，規定公司股票發行數額，決定公司是否上市、上市時間和上市規模等。直接造成了股份製企業選批過程中的主觀隨意性、不公開性、機會不均性等弊端。另外，按照《公司法》規定，股份公司的董事會成員應由股東大會選舉產生，總經理由董事會聘任。但實際上，中國的國家控股公司董事會和總經理大多由上級主管部門委派，公司負責人納入了國家行政係列，甚至直接為政府主管部門官員兼任。公司董事會成員竟然先於股東大會召開之前就已產生，且董事長和總經理往往由一人兼任。這樣，便產生了如下後果：一是股份公司還未擺脫對政府的依賴，還未成為市場主體；二是使股東大會成為橡皮圖章，其法定職權不能得到保障；三是弱化了股東會、董事會、經理層之間的製衡關係。