1．假日客流比較集中，運輸能力較為緊張。當前隨著客運基礎設施的改善，運力投入力度的加大以及”以人為本”服務理念的更新，一般情況下，在非節假日時期由於客流增長平緩、分散，已能較好地滿足人們的出行需求，但是一到”春運”、 “黃金周”等客流過分集中時期，運能不足在鐵路運輸中更為突出。尤其是客運高峰時期，交通部門為疏散迅猛增長的客流，確保運輸安全，往往采取”壓貨保客”、增加運力投入、增開臨時列車等措施，雖然比較圓滿地完成了客運任務，但是為此也付出了較大的代價。
2．運輸網絡密度較小，地區發展不夠平衡。全省鐵路網密度為50．93公裏／萬平方公裏，僅為全國平均數74．89公裏／萬平方公裏的68%-(全國鐵路營業裏程71 897．5公裏)。由於省內鐵路數量少，隻具備鐵路骨架，缺少支線支撐。我省與東部地區聯係的通道，隻有包蘭線和隴海線，進入西南的隻有寶成線。我省南部少數民族地區、貧困地區不通鐵路，出口不暢，使該地區資源大規模開發缺乏必備的前提條件。甘肅公路網密度為9．9公裏／百平方公裏(按2006年末數比較)，僅為全國公路網平均密度18．39公裏／百平方公裏的52%(全國公路通車裏程176．52萬公裏)。高速公路320公裏，隻占全國高速公路數(25 130公裏)的1．27%，排在全國倒數第五位。
3．鐵路貨運能力不足，季節性等矛盾突出。我省鐵路幹線以十字構架為主，通道少、缺乏支線聯係、覆蓋範圍小、帶動區域有限，長距離、大宗產品運輸能力不足。近年來甘肅鐵路貨運始終處於緊運狀態，年初為保障國民經濟正常運行，滿足人民群眾日常生活需要， “春運”前進行突擊搶運，”春運”過後貨運需求再次大幅增長，各類重點物資運輸需求高峰形成”疊加”態勢，2月下旬起，為加強農業基礎地位和支持春耕生產及保障油品供應不斷檔、不脫銷，鐵路貨運又對石油運輸加大了傾斜力度；在3月份又重點保障化肥等農用物資的調運。目前鐵路是以九成的運力保重點，七成的敞車運煤炭、化肥等，這就導致既無運能保障，又無周旋餘地，致使不少區域、線路和站場出現物資積壓、停裝限運的嚴重狀況。另外，由於新疆運往內地物資的需求大，加之新疆的地位突出，每年在運輸高峰時，鐵道部加大了向新疆的空車排送，使原本缺車的我省，其缺車狀況更為嚴重，這就更加難以滿足我省對運輸的基本需求。
4．公路建設相對緩慢，難以滿足發展需要。甘肅公路等級結構不合理，高速公路、高等級公路所占比重小，等外公路所占比重仍然過大。2005—2006年，甘肅公路旅客周轉量、貨物周轉量年均遞增9%、9．1%，同期全省國民生產總值平均增長9%，二者基本適應，但交通運輸的超前性並不明顯。根據世界發達國家經驗，公路交通運輸作為國民經濟發展和社會進步的基礎條件，應適當超前發展。因此，甘肅交通發展緩解運輸壓力隻能說是低水平的，公路總量不足、車輛標準低、運輸結構不合理等方麵仍然存在著比較突出的問題。一是公路技術標準低，抗災害能力弱；營運車輛中集裝箱、大噸位車輛少，超期服役的車輛多；公路資源浪費，運輸效益不高。二是公路布局不夠合理，不利於落後地區、少數民族地區的經濟發展。三是公路沿線經濟資源整合不理想，經濟帶建設任重道遠。從國外公路建設經驗看，沿線經濟若不能快速崛起，就存在公路資源的浪費。
5．民航運輸過於弱小，未能形成運輸網絡。目前，甘肅民航運輸呈現高速發展的良好勢頭，但客貨運輸量在全省運量中所占份額較小，尤其是貨運僅占0．004%，幾乎可以忽略不計，客運量也僅為0．47%，均低於全國平均水平0．02%和0．64%。這主要是甘肅航運目前共開通航線51條，而省內隻有蘭州、敦煌、嘉峪關和慶陽四個城市通航，既未有效加入到全國民航運輸網絡中，省內運輸網絡的建立更無從談起。
6．運輸體係尚未形成，環節之間銜接不夠。隨著經濟結構的不斷調整，運輸方式之間內部結構性矛盾日益突出。各種運輸方式之間的協調配合、運輸設施的統籌規劃建設、運輸裝備的發展以及運輸經營管理尚未形成有機體係，沒有具備綜合功能的運輸樞紐。首先是鐵路與公路之間的銜接不夠。鐵路運力不足，限製了公路和鐵路聯運的深度和廣度，使省內公路的短途集散能力得不到充分發揮。其次，鐵路、公路內部某些環節不協調。鐵路方麵表現為，某些幹線、區段及支線、運用線利用率較低。公路方麵表現為，主要幹線，尤其是甘肅外運公路通過能力小。第三，省內鐵路與省外鐵路不配套。甘肅境內鐵路運輸總起來看處於飽和狀態，但是一些幹線的運輸潛力仍未得到充分發揮，其主要原因是省外鐵路幹線限製口增多，通過能力不足，限製了甘肅鐵路運輸能力的充分發揮。