（一）中國改革與發展的道路及其指導思想的爭論
中國改革開放已走過了30年的曆程，對中國改革開放道路及其指導思想等問題的分析成為理論界關注的熱點，這些問題包括如何評價改革開放與經濟發展，如何處理公有製與私有製的關係，如何看待股份製的地位，以及如何認識國有企業與非公企業的性質等等。針對這些關係到國計民生的焦點問題，一些學者展開了激烈的討論。
林毅夫認為，西方主流經濟學家的理論不能解釋中國改革與發展的現象。他說：改革開放以來，中國出現了許多用現有理論難以解釋的現象。一個例子是，對中國以雙軌製為特征的漸進式改革，當時主流經濟學界普遍感到非常悲觀，認為中國經濟隨時會出大問題。那時在主流經濟學界廣為接受的一個看法，是社會主義計劃經濟不如資本主義市場經濟。認為要對計劃經濟進行改革，就應該推行以華盛頓共識為基礎的休克療法，包括價格由市場決定、產權私有、政府平衡預算。但是中國經濟從1978年到2005年快速增長，並沒有像當時許多主流經濟學家預測的那樣出現崩潰或停滯。蘇東在實行休克療法後也沒有像主流經濟學家預言的那樣出現經濟快速增長，反倒是崩潰停滯了。同樣，內生經濟增長理論熱過一陣子後，現在新的熱點是製度對經濟增長的決定作用。但不能用一個不變的條件來解釋變動的情況。發展經濟學同樣尚未真正觸及決定一個發展中國家經濟發展的關鍵因素。世界銀行前首席經濟學家William Easterly 2001年發表的《迷失的20年》一文中說，從20世紀80年代開始的大部分發展中國家按華盛頓共識進行改革，結果經濟增長和宏觀經濟運行狀況並沒有改變。20世紀80、90年代人均國內生產總值增速下降為零。宏觀經濟的波動比60、70年代還差。現代經濟學有關改革和發展的許多理論難以解釋我國改革和發展的成效，也難以解釋其他發展中國家、轉型國家的成效。
劉國光將改革的正確方向歸結為以下幾點：一是改革必須是社會主義的自我完善，必須堅持四項基本原則；二是社會主義的本質是解放生產力，發展生產力，消滅剝削，消除兩極分化，最終達到共同富裕。其中，“消滅剝削、消除兩極分化”是區別於資本主義的本質；三是根據憲法規定，國家在社會主義初級階段必須堅持公有製為主體、多種經濟成分共同發展的基本經濟製度，必須堅持按勞分配為主體、多種分配方式並存的分配製度；四是在經濟運行機製上，建立社會主義市場經濟體製，也就是在國家宏觀調控下市場在資源配置中起基礎性作用；五是政府職能在社會主義初級階段要以經濟建設為中心。
衛興華認為，我國的改革與創新是為了實現社會主義製度的自我完善，而不是對社會主義製度的自我否定。這與某些原社會主義國家在改革的名義下進行自我否定截然不同。改革的對象是舊的經濟體製，探求社會主義經濟製度首先是公有製的有效實現形式，而不是否定社會主義基本製度本身。但這並不意味著社會主義基本經濟製度是一成不變的，基本製度也要創新與發展。公有製為主體，國有經濟為主導，是社會主義初級階段基本經濟製度的核心。黨的十六大報告指出，公有製為主體首先表現為公有資產在社會總資產中占優勢，既要有量的優勢，更要注重質的提高。國有經濟的主導地位在於對社會主義初級階段經濟的導向作用，在於國有經濟的競爭力和引導力。堅持“有進有退，有所為有所不為”原則，對國有經濟進行戰略性調整，從整體上搞活國有經濟。
張宇認為，按照新自由主義者的觀點，公有製經濟產權不清，效率低下，與市場經濟不能兼容，因此應當徹底推進私有化或“民營化”，使國有經濟完全退出競爭領域，同時要打破國有經濟在基礎產業和戰略性產業中的所謂壟斷地位。近些年來，我國一些部門和地方在國有企業改製中出現了低價出售國有資產、管理者內部收購、權錢交易等變相私有化的現象，不僅導致了國有資產的大量流失，而且造成了嚴重的腐敗和貧富分化，極大地損害了廣大群眾的利益，同時還使一些原本優秀的國有企業在經營上陷入困境。這些與新自由主義理論的流行不無關係。經過20多年的改革與發展，非公有製經濟在整個國民經濟中的比重已接近或超過50%，國有經濟在國民經濟中的比重已下降到不足30%。在這種情況下再大規模實行非國有化，這對社會主義基本製度來說無異於釜底抽薪，當前深化改革必須強調發揮國有經濟的主導作用。
簡新華提出“中國模式”成功的經驗：改革開放以來我國取得的成就引起全球的關注，“中國模式”、“北京共識”的說法在國際上流行。“中國模式”成功的重要經驗是正確處理了改革、發展與穩定的關係。中國改革既否定了單一的公有化，又沒有搞全盤私有化。既改變了平均主義傾向的分配製度，擴大收入差距，鼓勵部分人先富，又強調縮小過大的收入差距，防止貧富高低懸殊、兩極分化，最終要達到共同富裕。既改變了傳統的計劃經濟體製，又沒有一切市場化、完全自由放任化，注重發揮了政府宏觀管理的作用，有利於糾正市場失靈和政府失靈。在對外開放的同時，沒有放棄對本國企業、產業、經濟的必要的保護，既充分利用外國資本、先進技術和管理方法，又減少對外資的依賴，保護本國的經濟安全。中國的模式轉換沒有采取“休克療法”，而是漸進式的摸著石頭過河，重點突破與整體推進相結合。
於祖堯針對劉吉《從“郎旋風”看否定改革的第三次思潮》一文（《改革內參》2006年第17期）中的觀點提出了不同意見。認為該文在新自由主義、基尼係數、“拉美陷阱”等問題的認識上犯了許多常識性的錯誤。在關於改革的指導思想、改革的道路與方向、新中國的社會性質以及要不要解決和如何解決當前收入分配不公等問題上，劉吉的說法有很大的誤導。
於祖堯認為，劉吉斷言批判新自由主義是一個文不對題的偽命題，即使在西方國家，新自由主義也隻是一個非主流學派。表明劉吉對現代西方經濟學一知半解。他把貨幣主義、供應學派等排斥在新自由主義之外。新自由主義在拉丁美洲推行“華盛頓共識”，在蘇聯推行“休克療法”。新自由主義的信徒和推銷者一直處心積慮地幹預我國的改革，如弗裏德曼、張五常等，是有目共睹的，怎麼能說是“偽命題”呢？
劉吉斷言基尼係數隻適用於工業化一元結構社會，不適用於我國，這是無知，是為了掩飾我國當前分配不公的嚴峻現實。劉吉還否認存在“拉美陷阱”，而“拉美陷阱”是國際上特別是拉美國家誠實的經濟學家和政治家的共識。
於祖堯還對《劉吉文集》中關於改革的指導思想提出不同意見。劉吉認為，馬克思主義賴以建立的全部客觀事實的基礎成了問題，馬克思主義一開始就是一種錯誤的理論。他主張“我們何必苦苦探求社會主義的新路，先把資本主義‘拿來主義’好了，豈不可以更快地國強民富嗎？”他斷言改革以來新生的私人企業主、私營企業都是社會主義性質的，它們是先進生產力。他認為我國改革前實行的是“假社會主義”。於祖堯對這些說法進行了反駁。
於祖堯還反駁了劉吉否認分配不公平存在的言論。劉吉說，下崗工人的生活比“大躍進”後和“文化大革命”時強多了；貧富懸殊問題完全是“左派”學者煽動起來的。他認為現在急於解決貧富差距，是重犯新中國成立以來多次犯過的“左”傾幼稚病，其結果隻會把經濟搞亂。劉吉還提出，造成弱勢群體的原因是這些弱者自身素質太低，他們是落後生產力群體。於文用大量統計數字表明“劉吉的這番議論完全把自己置身於工農大眾的對立麵”。
劉吉回應了於祖堯的評論。他說：前幾年，一批經濟學家和非經濟學家突然集中批判新自由主義時，我感到很突然。後來一看不對了，一些文章直白“主流經濟學家是一批新自由主義的代表”，“主流經濟學家誤導了中國改革開放”。原來，他們批判中國這場偉大的社會主義改革開放！他說，於祖堯先生們實質上是仍然堅持冷戰時期蘇聯傳來的那些觀念：市場經濟就是資本主義，市場經濟理論都是新自由主義，“從而反對鄧小平的社會主義也可以搞市場經濟的觀點和市場取向改革的方針。過去他們激烈地批判市場經濟，現在黨已決定實行社會主義市場經濟，就變個花樣批判新自由主義”。新自由主義與中國社會主義改革開放毫無關係。於祖堯先生們卻要作“誤導改革”來批判，這不是偽命題是什麼？“這是借批判新自由主義之名，批判中國社會主義改革開放！借批‘主流經濟學家’之名，批判鄧小平和黨中央”。這是我們的根本分歧。
關於基尼係數問題。劉吉認為，它並“沒有作為普遍公認的指標為國際所采用”。他說，一位美國外交官對他說“美國人不知道基尼係數”。在中國，在以階級鬥爭為綱的年代也沒有聽說過用基尼係數來論述資本主義兩極分化。“沒有準確的統計，基尼係數對中國有何意義？”他不讚成說“中國基尼係數超過歐美之說”，“如果確實，最直接的結論應是加快學習歐美先進經驗，進一步完善市場機製……解決分配不公問題也就在其中了”。劉吉說，“我認定驚呼中國基尼係數超過社會危機臨界點是一個‘偽命題’”。一個基尼係數0.45，一度把中國弄得人心惶惶、社會不安，在客觀上配合了國際反共反華勢力的“中國崩潰論”。把“拉美陷阱”搬到中國來，這是十足的“偽命題”，其“矛盾指向中國改革不是昭然若揭了嗎？”
周新城針對《從“郎旋風”看否定改革的第三次思潮》一文提出評論：“這篇文章暴露出作者既不懂馬克思主義，也不懂西方經濟學，棍子滿天飛，沒有學者應有的風度和學術規範”。周新城說：“中國不存在反改革派”，這是鄧小平的論斷，並為實踐所證實。對於改革的性質、內容、對象、步驟，的確存在不同的意見，關鍵是堅持改革的正確方向，劃清兩種改革觀的界限。兩種改革觀的分歧和鬥爭始終存在於改革的過程中。在資產階級自由化泛濫時，《思潮》作者認為那是改革，反擊資產階級自由化，他就認為是否定改革。他講的三次否定改革的思潮就是這樣說的。
程建華針對劉吉發表於《社會科學報》的《中國為什麼要大力發展私有企業》一文的觀點，提出了不同意見。劉吉認為，“鄧小平的新社會主義觀沒有把公有製作為社會主義本質。就所有製這個範疇而言，按照鄧小平關於社會主義本質的定義，可以得出合乎邏輯的定義：凡是能夠解放生產力、發展生產力而又沒有剝削的所有製，不論是公有製或私有製，或其他形態的所有製都是社會主義所有製”。這表明劉吉沒有弄清鄧小平論述的本意，他“不知道到底什麼是中國特色社會主義”。程建華係統論述了鄧小平一再強調公有製為主體是社會主義經濟基礎的重要地位。沒有公有製就不會實現社會主義本質。“鄧小平同誌提出的社會主義本質的五項內容，都離不開社會主義公有製這一經濟基礎”。“科學社會主義不可能建立在私有製的基礎上”。
高尚全認為，近幾年，一些人不斷地批評改革開放，把發展進程中的許多問題歸結為改革開放。黨的十七大報告鏗鏘有力地回答了這個問題，強調指出：“改革開放符合黨心民心，順應時代潮流、方向和道路，是完全正確的，成效和功績不容否定，停頓和倒退是沒有出路的。”馬克思主義要發展，要與時俱進，不能停滯不前啊，那靠什麼，靠改革開放。改革開放取得的一切成績和進步的根本原因是開辟了中國特色社會主義道路，發展中國特色社會主義也離不開改革開放。
張維迎認為，中國經濟的活力，主要來自民營企業在競爭行業的發展。換句話說，民營企業主要分布在經濟的下遊產業，國有企業主要在上遊。凡是在下遊競爭產業的國企都活不下去，但是在下遊的民營企業發展起來以後，對上遊的能源、原材料、電力、電信、運輸等的需求也大量增加。這些行業不允許民營企業進入，所以國有企業活得很好。從企業改革方麵看，可以參考英國20世紀80～90年代國有企業改造的模式。簡單地說，是確定一個合適的價格，把國有企業的股份按一定的比例賣給老百姓。也可以考慮把公用事業的用戶變成股東。他還認為，現在老百姓的儲蓄那麼高，並且很多大國企已經部分或全部上市了，政府要做的無非是把手裏的股份不斷釋放出去：一部分賣給所謂戰略投資者，另一部分賣給老百姓。
張維迎還說：中國的改革為什麼走走停停，甚至不能有藍圖，主要原因在於意識形態的約束。我們改革開放近30年，意識形態的作用非常大。改革當中的很多問題，由於意識形態的問題，我們隻能做不能說。當時廣東有一句話，叫“打左燈，向右拐”。這就是中國的一些特色，可能掩耳盜鈴，但是沒有辦法，我們必須這麼做。我們不知道對岸在什麼地方，甚至不知道水的深淺。所以我們就決定了隻能一步一步摸著石頭過河。
許有倫對張維迎把國有企業“私有化”過程中發生的矛盾和問題，歸咎於“意識形態束縛”的觀點提出了質疑。許有倫指出：“張維迎給研究生講課時說：‘MBO就是這樣的事，本來就是物歸原主的過程，它本來就是從資本家手中搶過來的，現在市場化了，通過程序退回給人家，人家買回去，怎麼又叫國有資產流失呢？’”我國的國有資產的來源有幾個方麵：一是新中國成立時沒收官僚資本歸新民主主義國家所有。二是社會主義改造中，用和平贖買的方法，改造資本主義工商業。就是按企業資本股份額，將資本主義私營企業改造為國有企業。三是新中國成立以後，有計劃地進行社會主義建設，國家投資新辦的國有企業。張維迎難道還不清楚國有資產的來源？怎麼能說國有資產“是從資本家手中搶過來的”？張維迎把國有企業比作“殘疾人”，把國有資產比作“冰棍”，請問張維迎：新中國成立以後，國有資產是增加還是減少了？改革開放以來，國有企業虧損、破產的數量不少，原因很多。客觀原因是市場競爭，優勝劣汰；主觀原因是官商勾結，權錢交易，打著“改革”的旗號，瓜分國有資產，搞垮國有企業。張維迎把“政府壟斷、無腐敗、經濟增長”放在一起，提出“最優”、“次優”、“最差”三種選擇，是主觀想象，沒有任何事實根據。張維迎應該拿事實說話。
周新城認為，私營經濟是資本主義性質的經濟，這就決定了它在社會主義初級階段的作用具有兩重性。被鄧小平稱為“一個字都不能動”的十三大報告明確指出，“私營經濟是存在雇傭勞動關係的經濟成分”，“私營企業雇傭一定數量的勞動力，會給企業主帶來部分的非勞動收入”。十三屆四中全會以後，1989年8月的中央9號文件又強調：“私營企業主同工人之間實際上存在著剝削與被剝削關係。”這就科學地界定了在我國社會主義初級階段私營企業的資本主義性質。必須把社會主義市場經濟與社會主義經濟區分開來，社會主義經濟是指經濟成分的性質，而不是說私營企業已成為社會主義性質經濟的一部分。絕不能以私營經濟在社會主義初級階段還具有積極作用為理由，來論證私營經濟是社會主義性質的。必須把一種經濟成分的性質同它起的作用區分開來。
王振中提出，綜觀俄羅斯及東歐諸國，經濟轉型直接導致了以下後果：一是長期經濟衰退，社會生產力、國家綜合實力和人民生活水平急劇下降；二是通貨膨脹加劇，失業率居高不下；三是少數人在私有化中暴富，貧富分化加劇；四是大量資金集中於工業集團，形成了金融壟斷寡頭。與其相反，中國的經濟轉型卻取得了舉世矚目的成就。同一時期的經濟轉型呈現出冰火兩重天的後果，這不能不引起我們的關注。經濟轉型的研究不能再僅僅停留在改革的模式、路徑和速度等問題上，切實需要對一些深層次的理論問題進行分析與解答，特別是以下三個理論問題不容回避：一是改革方向的差異；二是指導思想的差異；三是政策效應的差異。
厲以寧認為，凡是民營經濟發達的地方，失業的人就少，民營經濟發展慢的地方，失業的人就多。當前，加入WTO的過渡期已結束，國有企業要加快重組，民營企業介入就能組織起自己有相當競爭力量的團隊與跨國公司競爭。沒有民營經濟，農民無法大規模進城，城市化也沒法實現。但民營經濟的進一步發展，正麵臨一些阻礙。一是市場準入問題，什麼市場可以讓民營經濟進去？什麼市場不能進入？應該是，隻要是法律沒有禁止的都可以進去。一些壟斷行業也可以讓民營經濟參與，非公經濟政策要落實。此外，必須打破稅收、信貸、外貿等方麵的不公平待遇，切實解決民營企業融資難的問題。
曉亮主張把我國基本經濟製度的提法修改為“社會主義國有製為主導，多種所有製共同發展”，或把“公有製為主體”改為“公有製為主導”，這可以管好多年。
（二）公平與效率關係問題的爭論
隨著改革的推進和經濟社會的發展，與分配相關的效率與公平的關係問題，中央的提法有多次改變，十六屆四中全會強調“注重社會公平，合理調整國民收入分配格局，切實采取有力措施解決地區之間和部分社會成員收入差距過大的問題，逐步實現全體人民共同富裕”。十六屆五中全會提出“注重社會公平，特別要關注就業機會和分配過程的公平”。十六屆六中全會的《決議》中進一步提出“在經濟發展的基礎上，更加注重社會公平”。十七大報告中提出：“把提高效率與促進社會公平結合起來”，並將其作為鞏固和發展我國社會主義的“寶貴經驗”之一，還進一步具體提出：“初次分配和再分配都要處理好效率和公平的關係，再分配更加注重公平”。近年來經濟學界對這一問題的爭論也達到了前所未有的高潮。直至2007年，十七大報告出來以前，爭論仍在繼續。
蔣學模認為，“效率優先”，即勞動生產率的提高和社會生產力持續快速的發展，這始終是社會發展占第一位的因素。社會主義社會公平絕不是平均主義，應表現在經濟、政治和文化各個方麵，使社會全體成員都能有機會享受經濟發展和社會全麵進步的成果。“效率優先、兼顧公平”的原則可以不必再提，但絕不可以倒過來，用“公平優先、兼顧效率”來代替“效率優先、兼顧公平”。把社會公平放到更加重要的地位，不是以否定“效率優先”為代價來達到，而仍然是在“效率優先”的前提下來實現的。
孫天立認為，“效率優先、兼顧公平”是社會主義初級階段的收入分配原則，堅持“效率優先、兼顧公平”的原則也是中國國情所決定的，當前收入差距擴大的原因主要不是“效率優先、兼顧公平”的原則造成的。堅持效率優先，就是要一部分人、一部分地區先富起來，合理拉開收入分配差距，調動社會成員的積極性。強調效率優先的同時，也要兼顧社會公平，防止貧富懸殊，堅持共同富裕的方向，不能出現兩極分化，在促進效率的前提下體現社會公平，這是“效率優先、兼顧公平”實現的社會條件。
鄒東濤認為，國家和社會應當關注社會公平，隻有公平了才能實現貧富和諧。但是，關注公平，實現貧富和諧，絕不能向效率開刀。近些年來，我國的貧富差距確實拉大了。有不少人包括一些經濟學家，對“效率優先、兼顧公平”也提出了質疑，好像收入差距拉大是因為改革開放以來“效率講多了，公平講少了”造成的，或者直接是“效率優先”造成的。如果是這樣，就得降低效率了。但我們試想一下：我國的效率是否真的很高了？是不是效率講多了？絕不是。
黃範章認為，“效率優先”是社會主義市場經濟的必然要求，然而我國“轉軌”時期公平問題更加突出。提出“效率優先、兼顧公平”對建立社會主義市場經濟框架起了重大曆史性指導作用，但這一提法也有不足之處，把“效率”和“公平”看成兩碼事，看不出其間的正麵因果關係。我們不僅應繼續倡導“效率優先”，而且應正麵麵對效率-公平關係，采取“效率優先，增進公平”的提法，即表明“效率優先”是發展經濟、增進公平的前提，而“增進公平”則是“效率優先”的目標與歸宿，是政府為彌補市場經濟本身固有缺陷而努力的方向，是政府義不容辭的責任及義務。
衛興華不認同“效率優先、兼顧公平”的提法，而主張兩者並重和統一。他認為強調發展，強調生產力的作用，並不存在輕視或不重視分配公平的理由或內在聯係。既強調發展生產力，重視效率，又強調分配公平，有什麼不可以的道理呢？如果在分配中將效率優先於公平，將公平放在次要地位，忽視分配公平，發展的結果必然是兩極分化，不可能走向共同富裕。如效率優先的對象是片麵追求GDP、經濟速度，那是可以的，但不應把分配公平作為效率優先的對象。
吳宣恭認為，“效率優先、兼顧公平”的方針雖然對扭轉平均主義觀念，加快國民經濟的發展起到一定的積極作用，但它在實踐中也產生一些負麵效應。為順利進行和諧社會建設，有必要重新審視公平與效率的關係，更加注重社會公平，實現公平與效率互相促進、同向發展。
吳忠民認為，在特定的曆史時期，“效率優先、兼顧公平”的提法對於破除計劃經濟體製和平均主義觀念起了積極的作用。隨著中國發展進程的推進，這一提法逐漸顯露出其明顯的局限性：同以人為本的基本理念相抵觸，沒有區分基本製度和具體政策兩個層麵的公正問題，與和諧社會建設格格不入；將這一提法泛化並覆蓋非經濟領域；意味著現代政府主要職能的錯位；對初次分配重效率、再次分配重公平的定位有誤。從長遠看，這一提法對中國社會經濟的發展會產生廣泛的負麵影響：對現代社會的製度建設不利，對改革和發展的有機統一不利，對公正合理的社會結構的形成不利，也延緩了合理、健全的社會政策的製定。
（三）收入分配差距擴大的成因及初次分配問題的意見分歧
十七大報告中指出，“初次分配和再分配都要處理好效率和公平的關係，再分配更加注重公平”；要“提高勞動報酬在初次分配中的比重”。在收入分配問題上，是什麼原因造成貧富差距不斷擴大，如何看待初次分配與再分配過程中的公平與效率問題，不同的學者有不同的解釋。