普京執政尤其是2003年以來，俄羅斯的能源工業格局發生了複雜深刻的變化，石油企業私有化進程終結，天然氣工業改革轉向，電力改革步驟放緩，煤炭工業重組進程結束。能源領域國有和國家控股企業異軍突起，成為能源行業的骨幹力量。
一、普京執政時期石油公司的發展與重組
（一）俄羅斯一體化石油公司的類型和特點
俄羅斯上下遊一體化石油公司形成於20世紀90年代石油工業股份製和私有化改革時期，到普京上台時，上下遊一體化石油公司已成為俄羅斯石油工業的主體。所謂上下遊一體化公司，是指集勘探、生產、運輸、加工、銷售等上遊和下遊產業為一體的石油公司。2004年，俄羅斯八大石油公司原油產量占俄原油總產量的88%，煉油能力占79%。除一體化石油公司外，俄羅斯還有100多家小型獨立公司，它們控製的油田小，出油量低，油質不高，產油量占全俄羅斯石油產量的3%。天然氣工業公司所采石油占3%，合資企業產油量占6%，產品分割協議項目所產石油占比接近1%。
俄羅斯的大型石油公司有三種類型：第一類是金融工業集團所控製的公司，主要包括尤科斯公司、秋明石油公司、西丹科和西伯利亞石油公司。這類公司更加重視金融和財務績效，重視投資回報率。第二類是傳統石油產業人員控製的公司，如盧克石油公司和蘇爾古特油氣公司等，它們重視提高開采效率和油井使用效率，重視能源的有效利用和員工的社會保障。第三類是國有公司和地方政府控製的公司，如俄羅斯石油公司、韃靼斯坦石油公司和巴什基爾石油公司。這類石油公司在財務效率和產業指標等方麵均落後於前兩類公司。
石油公司所有權人及公司管理戰略的差異決定了上述三類公司與國家的關係。金融工業集團控製的石油公司是在私有化過程中通過不透明的交易而形成的，其所有權人多為私有化過程中出現的暴發戶。石油公司的私有化損害了國家利益，新的所有權人雖然對石油公司管理方式進行了有效管理，但這類公司獨立性強，更加重視本企業的經濟利益，社會反映較差。同時，他們積極進行“院外活動”，並向政權機關進行滲透，既破壞了國家經濟調控體係，也損害了一些官員的利益。
（二）普京時代石油公司的重組
2003年7月，梅納捷普國際金融集團總裁、尤科斯石油公司重要股東被捕，拉開了俄羅斯油氣工業新一輪重組的序幕。這一時期，俄羅斯石油領域發生了許多舉世矚目的重大事件。
1.國家掌握石油工業的控製權
國有公司或國家控股公司兼並了由金融工業集團控製的尤科斯石油公司和西伯利亞石油公司，石油工業中的國有成分大幅提高，國家掌握了石油工業的控製權。
首先，俄羅斯石油公司收購了陷於破產的尤科斯石油公司，一躍成為俄羅斯最大的石油公司。2003年10月，尤科斯石油公司總裁因涉嫌偷漏巨額稅款等犯罪活動被捕，俄羅斯稅務部門同時查實尤科斯公司拖欠巨額稅款。2004年7月，俄羅斯政府主管部門要求尤科斯石油公司拍賣其子公司尤甘斯克油氣公司，用以償還拖欠的稅款。同年12月，有政府背景的貝加爾金融集團公司拍得尤甘斯克油氣公司76.79%的股份，俄羅斯石油公司隨後又收購了貝加爾金融集團公司，成為尤甘斯克公司股份的持有者。此前，俄羅斯石油公司還收購了北方石油公司。2006年8月，莫斯科仲裁法院認定尤科斯石油公司破產，並宣布正式啟動為期一年的破產程序。2007年尤科斯公司正式破產。俄羅斯石油公司兼並尤科斯石油公司後，石油產量迅速提高，實力日益壯大，已一躍成為俄羅斯最大的石油公司。2006年7月，俄羅斯石油公司在倫敦證券交易所和莫斯科銀行間外彙交易所同時上市，通過首次上市公開招股（IPO）共籌集資金104億美元，成為俄羅斯迄今為止最大的一起公司IPO活動。俄羅斯石油公司隨著實力的壯大，對地質勘探、石油開采和加工都加大了投資力度。
其次，天然氣工業公司並購了西伯利亞石油公司，成為油氣並舉的超級油氣巨頭。2005年，國家完全控製了天然氣工業公司，該公司的國有股從2000年的38%提高到2005年底的50%。2005年10月，天然氣工業公司斥資130億美元收購了西伯利亞石油公司72.66%的股份，將其持有的股份提高到75.68%。2006年5月，西伯利亞石油公司正式更名為“天然氣工業石油公司”。2007年初與“俄羅斯金剛石公司”簽訂了建立合資企業的協議，“金剛石公司”將其轄下的石油公司（薩哈林油氣公司、雅庫茨克地球物理公司、金剛石—天然氣公司）轉讓給新成立的合資公司。
俄羅斯石油公司收購尤甘斯克石油公司，天然氣工業公司收購西伯利亞石油公司，基本確立了國家對油氣行業的控製權，上述公司的產油量占俄羅斯石油總產量的26%左右。如果加上與政府關係密切的盧克石油公司和蘇爾古特石油公司，國家控製石油產量占比已達58%。
2.企業競爭壓力加大
傳統型石油公司發展平穩，未受到行業內企業重組的衝擊，但來自國有公司的競爭壓力加大，企業發展前景堪憂。
盧克石油公司積極對外拓展生存空間。盧克石油公司是俄羅斯曆史最長、實力最強的石油公司之一。2006年，該公司所控石油儲量繼續提高。按油田及儲量控製權排名，盧克石油公司居俄羅斯各大石油公司之首，在全球私營石油公司中居第二位。據2006年初的統計，該公司控製的油氣資源儲量超過203億桶標準燃料，其儲量增幅已連續6年實現超過產量增幅，油氣儲量的提高為該公司的持續發展奠定了堅實基礎。盧克石油公司是俄羅斯對境外投資力度最大的石油公司，近年來繼續以收購境外煉油企業等方式，向境外發展，先後與捷克共和國、斯洛伐克共和國、荷蘭、英國、土耳其就收購當地煉油廠事宜密切接觸，收購完成後，其在歐洲市場所占份額將大幅提高。蘇爾古特油氣公司是俄羅斯產量排名第四的石油公司。近年來，該公司對西伯利亞、季曼嶺—伯朝拉地區加大了地質勘探力度，公司石油儲量、產量均有所提高。蘇爾古特石油公司對向海外擴展業務持謹慎態度，近年來專心擴大在東西伯利亞的油氣開采項目。韃靼石油公司等地方政府控製的石油公司，力圖通過擴大原油加工量，改善煉油設備，以高質量油品替代低質量的原油供應，占據國內外市場。巴什石油公司則呈現出發展乏力的態勢。
3.合資項目發展緩慢
俄羅斯石油公司與境外石油公司的合資項目受政府嚴格控製，在搖擺中繼續發展。近年來，俄羅斯與境外石油公司最大的合資項目是，秋明石油公司與英國石油公司合資組建了秋明—BP石油公司。2003年2月，俄羅斯秋明石油公司和英國石油公司決定合資組建新公司，在6月俄羅斯總統普京訪問英國期間，兩國簽署了成立該合資公司的協定，明確了雙方的各項權利和義務，從而為成立合資公司鋪平了道路。8月26日，俄羅斯政府主管部門正式批準了秋明石油公司與英國石油公司合資組建新股份公司的申請，秋明—BP石油公司正式建立。這是俄羅斯石油業最大的合資公司。最近兩年來，由於俄羅斯政府油氣行業對外國資本的排斥態度越來越明顯，該公司正在力圖與俄羅斯有影響的國有公司建立戰略聯盟，以此換取國家的支持。此外，俄羅斯石油公司還與中國石油天然氣公司合資組建了東方能源公司。荷皇殼牌公司、埃克森—美孚等公司也與俄羅斯的石油企業組建了一些合資公司。
二、天然氣工業公司的發展與擴張
俄羅斯在國際天然氣市場占據三分天下有其一的重要地位。天然氣工業公司控製著豐富的資源儲量和龐大的開采、運輸與銷售網絡，在俄羅斯天然氣領域一直保持著超級壟斷地位，在俄羅斯國內、歐洲乃至世界天然氣市場上都扮演著重要角色。2005年，該公司進入全球十大公司之列。2006年，俄羅斯政府製定頒布了《天然氣出口法》，進一步確立了天然氣工業公司在天然氣出口中的法定壟斷地位。
將天然氣工業公司建成超級跨國公司是俄羅斯在天然氣領域的重要目標。長期以來，俄國內外對天然氣工業公司在天然氣領域的壟斷地位提出諸多質疑，要求將其肢解為天然氣開采企業和運輸企業兩個部分，但由於該公司在俄羅斯經濟甚至政治領域都有舉足輕重的作用，普京總統明確表示反對肢解該公司的主張，支持其在油氣領域全麵擴張，力爭使其成為超級跨國公司。