六部按照六曹從事任命，什麼侍郎、尚書、郎中等都是朝廷的編製，現在最好先用從事。
吏部從事：司馬防，掌管官吏的任免、考課、升降、調動等事務。
戶部從事：王晨，掌管疆土、田地、戶籍、賦稅、俸餉及一切財政事宜。
禮部從事：蔡邕，掌管學政、嘉禮、祭祀、接待外賓、以及王淵接下來要展開的科舉考試等事務。
兵部從事：荀攸，掌管督造軍械、統計軍籍、協管軍事大學、軍事後勤、戰後撫恤、訓練義務兵等職務。
刑部從事：華歆，掌管各地衙役、審定法律、複核各地刑事案件等職務。
工部從事：張魯，掌管各地基層建設工程、修繕、鹽池、采礦等土木營造職務。
另外還設置了直轄將軍府的民族事務部、監察部（以後禦吏台）、外交部、內府等部門。
民族事務從事：韓遂，下轄各民族代表團，負責調查研究民族矛盾，調節民族矛盾，監督各民族遵從法律，並向王淵提出民族建議，羌渠、度根、扶羅韓、素利等老牌勢力首領，都成了韓遂的手下，相信這個隊伍以後會壯大起來。
監察從事：賈詡，負責監察百官、勸諫王淵，並下轄負責記錄的吏官、秘書等部門。
外交從事：賈逵，負責調查研究各諸侯的形勢、關涉外事等職務。
內府從事：王和，負責王淵本人的收入及其支配。
對各州刺史做了重新的安排。具體任命如下：
並州刺史：阮瑀
西州刺史：董紹
晉州刺史：伊籍
通州刺史：荀堪
涼州刺史：杜畿
寧州刺史：閻圃
司隸刺史：杜襲
直轄漢中郡太守：王淩
王淵成立將軍府以後，要求穩定下來，各級官員、軍隊到位以後，第一件事情就是處理世家問題，世家必須按照要求，上報家族成員，然後按照並州田地分配製度給這些人重新分配土地，大家族要分散開來，遷移各處。世家的家奴也打散安置在各地。
這是王淵下的鐵令，以前並州世家問題很早就解決了，但現在不同，新加入的司隸、涼州、寧州、漢中都有大量的世家存在，尤其的弘農的楊家、河東的衛家，河內的司馬家等等一些巨無霸。
司馬家還好說，司馬防在王淵手下幹了多年，第一個保證會處理好，不會給王淵拖後腿，但楊家、衛家等家族影響力極大，肯定不會就範，需要鐵血手段鎮壓。
王淵也是不怕，如今大軍在握，軍隊裏的主要將領都是自己的親信，大多都是出於寒門或者小世家，所以王淵也不怕和天下世家反臉，這種事情要提前處理，打下一個地方，就及時處理一個地方，才能把影響降到最低，每年招收的正在訓練的義務兵剛好可以拿這些人練手。
最後，借助此次軍隊各級將官的集訓，王淵對軍隊做出了很大的改革，對於軍事，王淵非常重視，而且目前王淵對軍隊的把控度非常高，雖然各級軍官對王淵的這一套體係不熟悉，但是也堅決的執行了。
軍隊的改進自然是後世非常有效的軍、師、團、營等編製的軍製。
王淵規定，以後軍隊各部二與五倍數計算的軍製，改為三倍數計算的軍製。
基層以班為單位，每班十人，設班長。
每三班為一排，每排三十人設排長。
每三排為一連，再加一個負責傳信、警衛、夥夫等職務的班，共一百人設連長。