其中最為典型的是一個北京城郊的菜農，大概這個菜農這一輩子都沒想到自己還能和馬明遠這種高官有聯係，但是因為這個菜農給馬家送了半年的蔬菜，就被當成馬黨抓了起來，判了個斬監候，其他林林總總共有一千多無辜路人被抓。
九月末朝廷聖旨下來，馬明遠有功勞被賜死，算是皇帝給了一點麵子，其他馬明遠的獨子馬紹駿、成年孫子三人、未成年孫子二人都被處死，馬明遠的女兒因為身份貴重，畢竟是皇後馬小芳的親侄女，朱宏三將馬明遠的女兒都賜死，其他女眷發賣教坊司。
其他馬明遠的黨羽多被處死，家屬不是充軍就是流放，這其中馬明遠的頭號黨羽陳子龍下場最好，大概朱宏三想到當年和陳子龍的情誼，隻是將陳子龍削官為民，回到原籍由地方官監視居住。
馬明遠接到賜死的聖旨後長歎一聲，對來傳旨的小太監說道：“這位公公，老夫臨死前還有一個願望，我想見見佟養甲可好？”
這種大事小太監那敢定，趕緊回到宮裏稟告朱宏三。
朱宏三聽到也很納悶，馬明遠和佟養甲鬥了一生最後為什麼想要見他？不過朱宏三也想知道為什麼，所以命佟養甲去見見馬明遠。
佟養甲接到聖旨也很納悶，他也不知道馬明遠為什麼要見自己，難道臨死前想要在羞辱自己一下？佟養甲原本不想去的，但是皇帝的聖旨下來他也沒辦法，隻好跟著傳旨的太監來到錦衣衛的詔獄。
見到馬明遠佟養甲也下了一跳，錦衣衛為了逼供誰是同黨對馬明遠使用了酷刑。馬明遠的十指指甲已經拔掉，身上被上了刷洗沒有一片好肉。佟養甲雖然知道錦衣衛對馬明遠用刑，但是看到馬明遠這個慘樣心中還是有觸動的。
佟養甲有手帕捂著鼻子問道：“馬明遠，你都要死了為何要見老夫？”
馬明遠慘笑一聲，漏出被拔掉牙齒的牙床，說道：“佟養甲，你我鬥了一輩子，現在你看到老夫這樣是不是很解氣？”
“嘿嘿，這是當然，想當年你構建罪名迫害老夫，當時你可想到現在嗎？”
馬明遠歎了口氣說道：“佟養甲，你我雖然不對付，但都是文人意氣之爭！現在你贏了老夫也沒什麼好說了，但是人之將死其言也善，你可否聽老夫說一句話？”
現在馬明遠的黨羽被掃除一空，朝中在無人為馬明遠說話，佟養甲感覺自己也不會中了馬明遠什麼計策，聽聽也沒什麼。
“好，看在老夫和你共事二十多年的麵子上，你說吧！”
“佟養甲，老夫估計你下一步就要對付馮自用了吧！馮自用不是你的對手，你很快就能當上首輔！老夫說的是你要記住你是文官之首，千萬不要讓陛下再起殺戮，現在國家剛定，實在經不起折騰。”
馬明遠看的很準，佟養甲正在準備收拾馮自用，不過佟養甲聽到馬明遠讓他勸皇帝少殺人，心中還是往心中去了。佟養甲雖然心狠手辣，但是他畢竟是文官代表，他並不想讓大明重回朱元璋時期，官員每天上朝就像送死一樣，下班回家全家都要慶祝一番，慶祝又多活了一天。
佟養甲雖然心中十分讚同馬明遠說的，但是嘴上並沒有這麼說，而是譏諷道：“馬明遠，你都要死了還關心這些幹什麼？”佟養甲說完拂袖離開。
馬明遠看著佟養甲離開嘴裏露出了冷笑，他今天那有這麼好心來提醒佟養甲，他今天說的這些話正是給皇帝聽的。
馬明遠不愧是朱宏三手下的頂級謀士，在他自己倒黴時就已經分析出原因。皇帝下狠手收拾馬明遠主要原因並不是馬明遠參與了太子的謀逆，而是皇帝終於想要擺脫文官的轄製，想要重新掌權。
皇帝朱宏三起家時依附馬家，馬家是大士族，自然朱宏三建國後就要對這些大士族、大知識分子們有禮遇，朱宏三重新設立變形的丞相就是這個意思。但是文官階級的貪念是無止境的，他們和皇權天然對立，隻是給他們治國權還不夠，他們還希望虛君實相製。就是皇帝你當一個橡皮圖章就完事了，好好在宮裏玩你的就行了，這個國家有我們這些文官就可以了。
當然這也是社會發展的方向，在同一時期英國大憲章運動也開始製約皇權，中國也不例外。其實這種發展在明朝中葉就已經有了萌芽，隆慶皇帝、萬曆皇帝的初年，正是這些皇帝不管事當一個象征，才有名臣徐階、高拱、張居正開創的隆慶新政。
馬明遠為首的這些文官打的算盤挺好，可是他們碰到的不是隆慶那種麵瓜皇帝，而是和朱元璋差不多的朱宏三。朱宏三雖然來自後世，也知道民主是社會發展的大方向，但是屁股決定腦袋，當了皇帝後他的思想就變了，誰也不想當一個傀儡皇帝，你們想要按照你們的理想治國？老子還想按照自己的理想畫個圈呢！
既然這樣，皇權和相權的衝突就是必然。不過朱宏三在前期需要這幫文官大士族，沒辦法隻好捏著鼻子當一個橡皮圖章。可是建國後就不一樣了，朱宏三手握兵權再也忍不下去這幫臭老九指手畫腳。什麼東北用兵不對，應該休養生息！什麼發展商業不對，應該重視農業！什麼窮兵黷武、好大喜功等等，到底你們是皇帝還是老子是皇帝，所以朱宏三和這些文人士大夫的衝突就成了必然。
馬明遠正是看清了這一點才說出那番話，因為佟養甲也是文臣，和馬明遠沒有本質的不同，佟養甲上台必定也要壓製君權，到時候佟養甲必定和朱宏三起衝突，那時候自己的這番話就會讓皇帝感覺是不是佟養甲也和馬明遠一樣呢？隻要皇帝這麼想，那就是佟養甲的死期，馬明遠他自己的大仇就可以報了。
事情都已經安排完了，馬明遠心中也無牽掛，現在他的大哥、兒子都已經死了，他還能有什麼牽掛呢？