天聰八年，皇太極發動入口之戰，飽掠而歸。他建立大清國政權之後，加緊了對明朝關內的侵襲。崇德元年，皇太極命多羅郡王阿濟格等率軍入關，凡56戰皆捷，克16城，俘獲人畜17萬。崇德三年（1638年），皇太極派多爾袞率軍入關，在長達半年的時間裏，轉戰2000餘裏，攻克濟南府城暨3州55縣，獲人畜46萬；崇德七年（1642年），皇太極派阿巴泰率軍入關，橫掃山東，俘獲人口36萬、牲畜32萬餘頭。清軍這幾次對關內入侵，都是勢如破竹，疾似飆風。皇太極命令他們：“凡遇人口，即行俘之……凡物，見則取之。”清軍蹂躪了明朝廣大地區，擄掠了大批人畜和財物，使明朝一次又一次地大傷元氣。
漢軍八旗的組建
努爾哈赤所建的八旗，其成員絕大多數是滿洲人，又稱滿洲八旗，各旗也有少數蒙古人和漢人。皇太極即位後，一方麵積極從事擴張政策，另一方麵仍然注意緩和民族和社會矛盾，他命令臣下做好“養人”的事情，尤其是對新掠取或來降的蒙古、漢人做好安置。歸附皇太極的蒙古人和漢人官兵日益增多，以至滿洲八旗無法容納，於是皇太極在滿洲八旗的基礎上，於天聰九年（1635年）建立蒙古八旗（2萬5千人），此後又於崇德七年（1642年）建立漢軍八旗（3萬3千人）。加上原有的滿洲八旗，合滿、蒙、漢共二十四旗。
這就使八旗製度臻於完備，武裝力量不斷擴大。
漢軍八旗的始創，須從恭順王孔有德、懷順王耿仲明、智順王尚可喜先後率眾航海來歸談起。“三順王”降後金是當時具有重大意義的事件，極大地壯大了皇太極的軍事力量，與皇太極編製漢軍八旗有著十分密切的聯係。
孔有德（1602～1652年）、耿仲明（1604～1649年），均為遼東人。努爾哈赤攻克遼東，孔、耿二人奔皮島（遼寧南大海中）明總兵毛文龍麾下。由於毛文龍屢為後金所敗，又驕縱不受節製，為袁崇煥所殺。孔、耿二人走投登州巡撫孫元化，孔有德任參將，耿仲明任遊擊。天聰五年（1631年），皇太極率兵圍大淩河城，孫元化派遣孔有德率兵3000渡海增援，在海中遭遇颶風，孔有德幾乎喪命。渡海不成，十一月，孫元化又派孔有德率800騎兵從陸上赴援。孔有德心中憤恨，行到鄒平縣（山東鄒平）滯留月餘。後來又到吳橋縣（河北吳橋），遭遇大雪，沒有吃的，軍心混亂，士兵們便掠奪百姓財物。這時，正好遇到孫元化派遣去塞外購買馬匹的參將李九成，兩人密議，宣布叛明。孔有德率軍回師，連陷臨邑、陵縣、商河、青城諸縣（均在山東濟南市北）。第二年正月，孔有德等揮師登州城下，耿仲明為內應，內外夾攻，迅速攻克登州。孫元化自殺未遂，孔有德念及舊情，沒有殺他，讓他乘船離開。孫元化航海到天津，崇禎得報，下令就地處決。
不久，又有駐旅順的明朝參將陳有時、廣鹿島副將毛承錄等率部分官兵造反，渡海到登州，加入孔有德部隊。孔部兵勢大盛，共推孔有德為王。孔有德謙讓不受，自稱都元帥，李九成為副元帥，耿仲明為總兵官。從此，他們率軍在山東一帶攻城略地，明朝調集大批兵馬前來鎮壓，孔有德等退守登州。明將祖大弼率兵數萬將登州包圍，雙方相持五月有餘，李九成戰死。孔、耿軍隊終因眾寡懸殊，無法打破明軍的圍攻。兩人感到力不能支，決計突圍投奔後金。
五月，孔、耿率眾抵鎮江，遣人向皇太極報告起程赴沈陽日期。太宗馬上傳令濟爾哈朗、阿濟格、杜度率兵速往鎮江迎接，並帶去2000匹馬，供孔有德部眾上岸乘騎。與此同時，寧遠、登州、旅順口明兵乘船從海上尾追而來，朝鮮也出兵助威。正好濟爾哈朗等率軍也趕到鎮江，與明兵夾江立營。明兵與朝鮮兵見後金兵強盛，不敢開戰，便悄悄撤走了。
孔、耿部眾這才靠岸，將攜帶的大量兵器槍炮全部搬運上岸。
孔、耿這支龐大的隊伍曆經艱險，順利來歸，這對後金是個巨大的鼓舞，皇太極隆禮相待，關懷備至。六月十三日，皇太極按孔、耿原來的自封號，正式宣布封孔有德為都元帥，耿仲明為總兵官，賜給敕印。其他各官也視功勞分別封賞。不久，孔、耿率軍協同八旗滿洲攻克了旅順城。
天聰八年，明朝廣鹿島副將尚可喜率數千名官兵和百姓叛明來歸。尚可喜，遼東人，崇禎時為明東江總兵官（駐皮島）黃龍部下。孔有德登州叛變後，黃龍提升他為廣鹿島副將。孔有德、耿仲明引後金兵攻旅順，黃龍兵敗自殺。明以沈世奎代黃龍為總兵，部校王廷瑞、袁安幫構陷尚可喜，尚可喜還據廣鹿島。尚與孔、耿都曾是毛文龍的部下，彼此交往很密切。不久他即效法孔、耿的行動，投降了皇太極。
孔有德、耿仲明、尚可喜相繼叛明，明朝用以牽製後金的遼東沿海防線土崩瓦解，而且人心大亂，造成了嚴重的政治影響。
孔、耿、尚歸附後，皇太極對三人極為優待，為他們營建府第，同時保持他們軍隊的編製，讓他們繼續統帥，旗下漢兵沒有遭受滿人歧視之感。這一措施得到廣大漢兵的擁護，“故其將卒皆用命”。對後金來說，這比將漢兵分散到滿洲各旗管轄更有利。另外，皇太極發現三人的軍隊“諳水戰，習地利”，在這些方麵均非滿族騎兵可比，確是一支不可忽視的力量。努爾哈赤時代，采取的做法是“俘掠遼沈之民，悉為滿臣奴隸”，到了皇太極的時候，隨著軍事規模的不斷擴大，皇太極意識到單征滿洲兵的局限性，開始打破民族界限，著手將他統治下的遼人及歸順的明兵武裝起來，創建漢軍編製。