康熙帝拿著奏疏，心情久久不能平靜。近20年來，西北、北部邊疆動蕩難安，人民流離失所，時刻威脅著內地的穩定，引起沙俄對領土的覬覦蠶食，噶爾丹之罪是死有餘辜。
而八年平叛，無數將士飽經風霜雨雪，忍受著酷暑嚴寒的折磨，饑渴難耐，嚐夠了艱辛，甚至葬身沙海和戰場。康熙帝自己也沒有貪圖安逸享受，三次親自率兵征伐，每日分兵派將，“籌劃儲備兵馬錢糧，無晷刻之閑。在路也，晨則蒙霧露，晝則冒塵沙，口疲於誡誨，手胼於鞭轡，行數千裏之外，以至於斯者，亦隻以此孑遺之噶爾丹之故也”。心患已除掉，西北地區從此就穩定下來，“今緊要喜慶之大事，無有過於此者”，他當即給在京主政的皇太子胤礽寫信，讓天下所有的人都知道這一喜訊，與他共同分享勝利的喜悅。他激動萬分，以致於“持筆不能成文”。
康熙帝在黃河岸邊對天叩拜，隨後全體文武官員及兵士舉行了慶賀禮。他下令命費揚古率兵到丹濟拉處，讓那些出征的部隊馬上撤回，把投降的人押回來。
馬上的康熙帝，按轡緩行，對身邊的太監說：“噶爾丹已死，各部皆已歸順，大事已畢。
朕兩歲之間三出沙漠，櫛風沐雨，並日而餐，不毛不水之地，黃沙無人之境，可謂苦而不言苦，人皆避而朕不避，千辛萬苦之中立此大功。朕之一生，可謂樂矣，可謂至矣，可謂盡矣。”
五月十六日，康熙帝勝利歸京。
對噶爾丹的征討，在曆史上意義深遠。它掃除了漠北、西北地區一大不安定因素，社會秩序有所穩定，在不同程度上加強了清政府對喀爾喀蒙古、厄魯特蒙古的統一管轄。不僅如此，其對加強邊防、禁止他國入侵也作出了卓越的貢獻。沙俄對我國蒙古族居住地區的侵略，寄希望於噶爾丹的配合，康熙平定噶爾丹叛亂，使沙俄失去了依靠力量，且團結眾蒙古部落，使之成為抵禦沙俄侵略的屏障。
蠲免賦稅，巡視河防
南巡治水
清定鼎北京後，經過長期的征戰，消滅了南明政權，鎮壓了各地的起義與反抗，討平了吳三桂的反叛，收複台灣之後，清政府才得以鞏固它在全國的統治。但連年戰亂，造成了人口大量的減少，土地大片荒蕪，許多地區異常蕭條，而且社會上懷念明朝的勢力依然存在，因此，戰爭結束之後的首要任務就是迅速地恢複和發展生產力，以此來爭取民心。
清初黃河不斷決口，給兩岸人民帶來了巨大的災難，人民流離失所。淮河、睢水流入洪澤湖內，也在清河縣瀉入黃河。該地河流眾多，情況複雜，河水經常泛濫，給沿岸人民帶來巨大災難，不但對黃河流域的經濟發展起著破壞性的作用，還直接影響著清政府至關重要的漕糧運輸。清王朝每年要從江南通過運河水道運四百萬石糧食到京師，供皇室、京城官宦及駐京旗兵需用。一旦漕運受阻，京城就會一片混亂。因此康熙親政後，即把河務與漕運列為與三藩同等重要的大事。恢複生產、安撫人心的關鍵所在是治理黃河。從康熙二十三年（1684年）至康熙四十六年（1707年），他六次南巡，親自巡視黃河河工，賑濟當地災民，籠絡漢族士紳，成為其治國安邦的一項重要措施。
康熙二十二年（1683年），清政府收複台灣，國內大規模的戰爭局麵結束了。當年春，翰林院編修曹禾、吏科給事中王承祖分別上疏，呈請皇帝仿古代帝王之巡狩，登泰山封禪，以告成功。康熙也想利用南巡考察河務、漕運，慰問災民，觀風問俗。於是於二十三年（1684年）九月二十八，康熙皇帝率大批侍從離開北京，開始了他的南巡之旅。親登泰山後，車駕駐於郯城紅花鋪，河道總督靳輔來朝。靳輔，字紫垣，漢軍鑲黃旗人。順治九年（1652年），以官學生考授國史館編修，初涉政壇。此後，靳輔因其頗有才幹，不斷地升遷。順治十五年（1658年），改內閣中書，不久遷兵部員外郎。康熙初年，靳輔由郎中一職而升至內閣學士，連續升了四級。康熙十年（1671年），靳輔被任命為安徽巡撫，治績優著。十五年（1676年），康熙對其實心辦事給予嘉獎，“加兵部尚書銜”。不久以後，康熙帝將其擢升河道總督，康熙帝寄希望於靳輔能治理好黃河。