不幸的是，反洋人的活動愈演愈烈。1898年7月，戊戌變法進行得如火如荼的時候，光緒帝發布了一道詔書，要求各個行省在處理與傳教士和其信徒的關係時，嚴格遵守之前與西方各國簽訂的條約。而光緒帝最終沒能如願以償，他的失敗是保守派所希望的，也是保守派對變法的一次成功幹擾。9月13日，在重慶周邊地區發生了攻擊傳教士的事件；11月初，中國內陸傳教士弗萊明在貴州被殺；1899年1月，一位法國神父在湖北被折磨致死，他的遺體在宜昌被扔在大街上供人們觀看。在同一個月裏，四川又掀起了反洋人的活動。最終這些地區受到了朝廷的嚴厲處罰，但是整個中國反洋人的氛圍日漸濃烈。1899年春天，人們企圖將外國公使團在去年十月召到北京的護衛隊驅逐出境。雖然光緒帝企圖與西方修好，但是轟轟烈烈的反洋人運動已經勢不可擋，遍布全國。
1899年開年之初，年邁的李鴻章得到慈禧太後召見。值得注意的是，此次覲見，李鴻章享受了一次特別的待遇，在向慈禧太後叩頭行禮之後，慈禧太後賜予其一張凳子，允許其坐在凳子上進行交談，這也是她對李鴻章特別的厚愛。慈禧太後將李鴻章從治理黃河的工作中召回具體有著怎樣的意圖我們不得而知。但是可以肯定的是，中國的外交政策將會有所變化。
在光緒帝在位的最後一年裏，他目睹了西方列強一次次對中國殘暴地掠奪。慈禧太後在她重新垂簾聽政後，發現西方列強正步步逼近，在更多的地區劃定勢力範圍，希望在華攫取更多的利益。俄國、德國、法國以及英國對他們在華的既得利益一點也不滿足，法國甚至為了得到上海和四川的特權，在海上不斷對清政府進行威脅。而葡萄牙企圖延長占領澳門的時間，比利時則向清政府請求獲得漢口的特權，日本對福建勢在必得，西班牙正尋找機會向清政府提出賠償。此時，帶給清政府最大麻煩的是意大利。
1899年初，與強行租借膠州灣、旅順港類似，意大利也打算向清政府“租借”浙江三門灣。但是當3月底意大利使臣向清政府正式提出他們的訴求，強迫清政府“租借”三門灣時，這意味著戰爭即將到來。
慈禧太後隨即給沿海所有總督和高級官員發布了一道密旨，命令他們一旦有外國軍隊武裝登陸，一定要奮力抵抗。而總理衙門對於意大利的要求也不予理會。其實這正中了意大利的下懷，他們是有備而來，故意找借口挑起戰爭，這樣就可以通過外交手段要求中國對其進行賠償。雖然直到11月底，局勢一直相當緊張，但中國始終寸步不讓，最終意大利也隻能作罷。
在戰爭恐慌的陰影下，慈禧太後最得意之事就是與日本結成了攻守同盟，這是自1894-1895年中日甲午戰爭被日本打敗、北洋水師全軍覆沒以來，慈禧太後第一次向日本伸出友好之手。接著大清派使團出使日本。此行的目的是進一步確認中日結成攻守同盟。但由於一些原因，也有可能是因為大清使臣能力不足，此次出訪毫無收獲。
慈禧太後此時似乎已經確定中國再也不可能找到任何可以保護自己免受貪婪的西方列強入侵的武器了，因此為了避免大清江山變得支離破碎，大清隻有完全依靠自己。改良派曾經推崇的文明如今侵入中國，使得中國生靈塗炭，這讓曾經熱心於西方理念的改良派十分受挫。李鴻章建議，沒有比依靠俄國更好的辦法了。俄國是亞洲麵積最大的歐洲國家，有能力保護大清。但是，依靠俄國的代價是高昂的，且俄國隻答應幫助中國對付一個西方列強。
慈禧太後還能求助誰呢？在慈禧太後最需要幫助的時候，義和團出現了，這給了她極大的希望。她認為，這是上天的旨意。接著，她與義和團通力合作，在海上就將入侵者驅逐出境，再現了天朝昔日的榮耀。慈禧太後是一個極其封建迷信的女子，與此同時，她還有一顆強烈的愛國之心。為抵禦外敵，她開始轉而支持義和團運動，並認為義和團是上天賜予她的盟友。