在回京之後，總結逃亡路上的各種經驗教訓後，慈禧太後立馬開始了一係列工作。對於1900年庚子事變，慈禧太後自然免不了遭受一些批評。人們認為，中國遭受如此重創與慈禧太後的盲目自大有必然聯係。慈禧太後當時最為缺乏的就是審時度勢、與時俱進的思想。在慈禧太後一行人啟程回京前的一個月，她發布了一道詔書，詔書主要內容為：清政府即將從滿族旗人中選一些男孩公費留洋學習。他們要“利用此次機會向西方學習，豐富其經驗，將來回國為清政府培養人才，以更好地為清政府服務。”此前，清政府從未支持過滿族人留洋學習。四年前光緒帝發布過類似詔書，但最終被慈禧太後取消而未能付諸實踐。
接著，慈禧太後又頒布了一道改革詔書（之前光緒帝也曾經頒布過，但最後受慈禧太後阻撓，未能實施），在科舉考試中，廢除八股，取而代之的是適應時代需求的科目。
這道詔書是在慈禧太後回京後的八月份公布的。不久之後，慈禧太後頒布另一項改革措施，即：完全引進西方的教育體製，包括學堂管理、考試方法等，這將徹底顛覆了自漢朝以來中國人一直沿用的科舉製度。
自從1906年以來，北京每年都會為學成歸國的學子舉行考試，並授予名銜。第一批出國留洋的隻有14人，第二批則有42人。第二批留洋學生中被送往日本的有23人、美國16人、英格蘭2人、德國1人，其中有8人獲博士學位。在被授予學位之前，這些留學生被允許用自己國家的語言進行答辯，答辯中問到的問題大致有以下幾種：
（1）哲學的定義以及哲學與科學、倫理的區別。解釋下列哲學思想體係：二元論、有神論、唯心主義、唯物主義、泛神論、不可知論。根據西方原理，對下列中國哲學家進行分類：莊子、陳蔡、钜子、蘇子以及王陽明。
（2）請詳細說出米爾的四種研究方法，並舉例一些與其有直接聯係的科學發現與發明。
給予這些留學生的論文題目是：“中國是否應推行義務教育？”
在一位格格的帶領之下，幾位滿族女士在自己的宮殿中開設了女子學堂。慈禧太後決定從皇室專用金中抽取十萬兩用於女子學堂的建設，並規定女子學堂開設的科目為養蠶和刺繡。
比教育改革更令人驚異的是慈禧太後的政治改革。慈禧太後決定修一本憲法，為此還成立了一個以載澤和端方為首的特別使團。這個特別使團的任務是出使西方考察憲政，並探索出適合中國的最佳憲政模式。1906年6月，考察團回國，向慈禧太後呈交了一份奏折。奏折中列出了一百二十條改革措施，並指出日本的憲政體製是最適合中國國情的。9月，慈禧太後發布了一道詔書，宣布提前開始憲政。
此時，全國上下滿心期待著此次新政而慈禧太後也全力推動政治改革的進行，此次新政將會對中國產生深遠的影響。有人建議慈禧太後放慢改革的腳步，結合實際，再逐項推進。慈禧太後接受了這些建議。
在載澤和端方帶領的考察團回國的同一年，慈禧太後又組成了一個特別委員會專門對政治體製的改革成果進行考量，總結朝廷各部應該在哪方麵進行改進才能更好地為天朝服務。但是這些官員卻發現，他們的調查受到很多滿族高官的阻礙。在特別委員會的調查報告整理完畢後，軍機處的六位大臣中有四位對此進行打壓，他們分別是：滿族重臣鐵良、禮部尚書、戶部尚書和兵部尚書。慈禧太後對此早有耳聞，因此，在11月初的時候，慈禧太後召集軍機處眾大臣到她跟前，並詢問他們對推行新政的看法。隻有慶親王和其中一位軍機大臣兩人表示同意推行新政，而其他四人則保持沉默。對於當時的情形，《北華捷報》？做出了如下描述：
“慈禧太後向眾臣表示，她與光緒帝推行新政的心意已決，容不得有半點反對。因此，在麵對這些仍然拒不服從的軍機處大臣時，慈禧太後眼露凶光。之後，有人提議，這些蓄意阻撓者，將來曆史中定會記下他們的惡名，這有損天子尊嚴，理應逐出軍機處。慈禧太後答道：‘就這樣吧！從今日起，你們（指反對新政的四位軍機大臣）被免去軍機大臣職務，將來不得再阻礙新政推行，而我相信，新政一定能夠在大清取得成效。’”
第二天慈禧太後發布了兩道詔書，其中一道是免去四位保守派軍機大臣職務，另一道是宣布采納特別調查委員會關於各部改革的建議。
？1906年11月6日《國內時事》版。
關於慈禧太後是否會推行軍事改革還尚不明確。清軍將領中如今慈禧太後最信賴的皇室之外的人是袁世凱？，他是當今中國最成功的軍事將領，在他所管轄領域內取得了別人難以超越的成就。