到達該地後，拿破侖與當地的間諜來往密切。出人意料的是，他回到尼斯準備寫報告時，卻突然被捕。原來，國民公會中的羅伯斯庇爾被送上了斷頭台。為了各自的性命，每個人都說自己當初是被迫與他來往的。他們甚至為自己尋找替死鬼，而最理想的人選，就是那些不在巴黎，沒有機會為自己申辯的人。於是，拿破侖成了眾矢之的！
他們把拿破侖關在尼斯附近的卡雷炮台，沒收了他的全部文稿。那一天，是他二十五歲的生日。他透過鐵窗向外邊望去，如果能把頭伸出來的話，就可以看到科西嘉島。那是讓他刻骨銘心的島嶼，多少次夢想成為該島的統治者，都以失敗告終。幾天前，已經成功在望，卻突然淪為階下囚。也許，再過幾天，就會被人押往刑場，接著被處死。難道就這樣等死嗎？
有人勸他越獄逃走。拿破侖以少有的熱情給他們回信：“人們如何對我已經不重要，我堅信自己沒有做錯。良心是最好的法庭，此刻，我的內心極為平靜。別為我而魯莽行動，那樣反而會害了我。”不難看出，隻有最後一句才是真話。在獄中，他寫信給一位有勢力的外交官：“小羅伯斯庇爾的死，讓我有些傷心，我想他是誠實的人。但是，如果他真要逆天而行，哪怕他是我的父親，我也不會答應。”我們不得不承認他是個天才，竟能說出如此的話來。在給國民公會的信中，他寫道：“我自問沒有做過對不起公會的事，相信委員會是公正的，不管如何處置，我都接受……能否允許我提一個小小的請求：打開枷鎖，讓愛國者得到應有的尊重！我的生死已經不重要，戰場上，出生入死是家常便飯。讓我對生還有留戀的原因是，我想繼續為祖國效勞。”
幾天後，拿破侖無罪釋放。原來，是同鄉薩利切蒂誣告了他。當他覺得自己已經平安時，才想到把拿破侖擔保出來。不過，薩利切蒂無意中給拿破侖作了預言：“我們的軍隊離不開他。”
出獄後，人們都對拿破侖避而不見。他寫信給那些有權勢的朋友，卻如同肉包子打狗，有去無回。他也曾寫信給上司，請求發一套“測繪裝備”，也沒有回音。忽然，他得到消息，保利請求英國派兵援助。拿破侖立即決定：回巴黎！一定要抓住這次機會，他知道政府已經成立遠征軍。半個月後，法國軍隊大敗而歸，人們再次想到了拿破侖。他曾經征服過土倫啊！
可是，反對勢力太強大。拿破侖沒有被委以重任。當局把他派到旺代，雖然職位很高，但形同虛設。為此，拿破侖又一次受到打擊，臉色更加蒼白，他拒絕接受此項任命。結果，他變得無所事事。不久，他忽然想到：布裏昂[12]在做什麼呢？不會還在投機倒把吧？嗯，我何不也去試試呢？還有，如今的薩利切蒂也自身難保，拿破侖寫信給他說：“我還打算要報複你呢……可是現在，一切都不需要了，你安心去避難吧，過去的事我不會再提起。”
接下來的日子裏，拿破侖被奧西昂[13]的詩所感動，那些陰鬱的語句更增加了他的傷感。有人問他：“幸福是什麼？”他回答：“自我價值的最高體現，就是幸福。”可是，他的情緒越來越差。他的一位友人的妻子曾說：“別人在看喜劇時，常常哈哈大笑，隻有拿破侖麵無表情地坐在那裏不吭聲。他會在眾人眼前忽然消失，等找到他時，已經坐在劇院的另一邊了。雖然他也曾努力地想笑一下，但就是做不到。不過，他在講戰爭故事時會突然大笑。”
人們常常會看到拿破侖在街頭流浪，身形消瘦，麵色蒼白，而且性情煩躁。“他穿著不合體的衣服，哪裏還有軍官的氣質？頭上戴著頂舊圓帽，衣冠不整，雙手又黑又瘦，連腳上的鞋也不合適。”
此後，拿破侖曾打算到國外去賣書求生，但第一次就賠了本。偶爾，他會到別人家去做客，也去過巴拉斯[14]家的沙龍。巴拉斯是當時的督政，生活奢侈，作風腐敗，全巴黎的人都對他不滿。他的身邊不會缺少女人，拿破侖站在這些美女麵前時，唯一能值得人注意的不過是他的機智和那些離奇的想法。但是，他身材矮小、麵色陰沉、動作也不夠優美，總是讓人覺得難以接近。
拿破侖覺得自己陷入到孤獨之中，隻有寫信給弟兄們時，這種孤獨感才能稍加緩解。弟弟路易的教育一直是他負責的，他在信中寫道：“你是個當軍人的料子，在你身上，有著軍人需要的品質：熱情、堅強、健康、機敏，將來，你會是兄弟中最有成就的一個。而且，我們兄弟四人誰都沒有受到過你這樣的教育。”同時，他打算把小弟熱羅姆也接到巴黎。因為，他正在和大弟呂西安爭鬥，小弟最聰明，來了會是他的好幫手。