宣帝臨終之前，曾托付三名大臣輔佐朝政，一位是外戚史高，兩位是劉奭的師傅肖望之和周堪。肖、周二人本為劉奭的師傅，又受先帝遺詔輔政，所以劉奭即位之初，接連數次宴見肖、周，研究國事，討論朝政。充分體現出對師傅的尊重和信任。
劉還大力任用儒生。博學多才的大儒劉向和忠正耿直的金敞，劉奭均委以重任，並特賜隨便出入禁中、參與機密之權。劉奭即位不久，聽說琅邪(今山東諸城)人王吉和貢禹是關東明經解行的儒學大師，就特派使者召來京師做官，王吉病死在赴京途中，貢禹入京拜為諫大夫，隨後又升為禦史大夫，位列三公。為了發展儒學，重用儒生，劉曾一度指令京師太學的博士弟子取消定員限製，凡能通一經的民間儒生均免除兵役、徭役。後因用度不足，博士弟子定員千人，即使這樣也比宣帝末年的名額增長了5倍。劉奭在位期間重用的大臣，多為漢代知名的經學大師。
話又說回來，漢元帝起用了這麼多儒生，倒也有不少性格耿正，敢於直諫的人。雖然漢元帝有時也心生不滿，但畢竟自己重儒，因而對於直言極諫的儒者多不怪罪。儒生薛廣德敢於直言，有時甚至搞的劉奭很難堪。一次，劉奭出宮中便門到宗廟祭祀祖先，忽然產生了乘船觀水的濃厚興趣，打算放棄橋渡路線，改做樓船前往宗廟。薛廣德攔在劉奭前，脫掉帽子，恭敬地跪在地上叩頭，要求劉奭從橋上通過。劉奭讓他戴上帽子起來，薛廣德說：“陛下不聽為臣規諫，臣將自刎，用鮮血汙染車輪，那時陛下就不能進廟去祭祀先祖了。”劉奭聽後，很不高興。光祿大夫張猛對劉奭說：“陛下，臣聽說有聖明的君主才有敢言的直臣。乘船危險，走橋安全，聖明君主不靠近危險，禦史大夫的話是應該聽從的。”劉奭瞪了薛廣德一眼，說：“曉人以理不應該這樣嗎？”於是從橋上通過。這個故事也充分說明，漢元帝在深受儒家思想桎梏的環境中，要想有點脫離傳統的創造性作為，已經是不可能的了。
任用奸臣
漢元帝尊師重儒，但畢竟自己還是個皇帝，在處處受儒生牽製的情況下，自然會想找一些能陪他一起玩樂的小人陪在身邊，而這種人不是小人也是奸臣，自然一批小人便集於朝廷要樞，石顯是其中最主要的一個，他依靠劉奭寵信，以中書令官職專權十幾年，一直到成帝即位。
石顯出身於世代書香的大地主家庭，少年時囚犯法而受宮刑，不得不入宮為宦官。他嘴唇靈巧，頭腦狡猾，內心歹毒，不但精通朝務，左右逢源，而且能用心計和語言探測出皇帝尚未明講或難於言傳的內心含意。憑著這套本領，宣帝末年就已經混上了個中書仆射，並與中書令弘恭結為黨友。到劉奭即位時，石顯已經是一個飽覽宦海沉浮和官場事故的鑽營利祿的老手，很快就贏得了劉奭的歡心和寵信。隨著寵信加深，中書的權力日益增大，自然就會與那些所謂的儒家忠臣產生矛盾，於是朝中形成了以弘恭、石顯為首的中書勢力和以肖望之、周堪為首的勢力的對立局麵。雙方明爭暗鬥，愈演愈烈。
肖、周二人向劉奭提出廢除中書機構，試圖根除石顯等一夥，奪回朝廷大權。劉奭性格柔弱，因此采取折中態度，對廢除中書之議久置不決。而石顯、弘恭則及時行動，數次設計，先是逼肖望之自殺，後又氣死了周堪。雖說劉奭憐惜師傅，而且還把周堪的職位加在石顯之上。但是終囚識不破石顯的計謀，而石顯又穩操實權，未能保住師傅的地位、性命。從此正直派官員失去了首領，更處於被動和困難境地。
為政乏力
漢元帝在位期間，也采取了一些政策，希圖振興國家，但是終因積弊大深，劉奭本人柔弱無能，又寵信奸臣，未能如願。
繼位之初，劉奭的師傅和儒臣紛紛進諫，禁奢糜，行節儉。貢禹即指出，高祖、文、景之時，皇帝宮女不過十多人，廄馬百餘匹，後來日益奢侈，後宮女子竟達數於人，廄中食粟之馬達到萬匹。上行下效，諸侯妻妾有的多達幾百人，豪富者的歌女也有數十人，造成天下內多怨女，外多曠夫。他建議劉奭首先從自己做起，成為節約的表率，來糾正社會的侈糜之風。在貢禹規諫下、劉奭在皇室範圍內先後采取了許多節儉的措施。他詔令停止維修那些經常不去的離宮別館，大仆減少喂馬的穀，水衡減少喂獸的肉，撤消黃門署的乘輿、狗馬和玩物，並把水衡禁囿、宜春下苑、少府飛外池和嚴禦池曰曰處曰獵遊玩場所假與貧民田居。他又下詔解除甘泉、建章二宮的警衛，衛士一律曰鄉務農。百官各署務必減省費用，將實際情況向上彙報。還詔命負責宮中飲食的女官，不要每日屠宰，夥食費照以往省減二分之一。乘輿養馬以不誤正事為準則，不可鋪張浪費。並廢除了角抵戲以及常用的上林宮館。
盡管劉奭重用儒生，能在一定程度上納諫，並采取了一些輕刑和節儉的措施，但絲毫也不能改變西漢王朝的沒落。劉奭曾減省刑罰70多項，並連年大赦，但今日大赦，明日犯法，相隨入獄，盜賊滿山，社會治安極為混亂。而節儉方麵，劉奭做出不少示範動作，但奢糜之風有增無減。由於積重難返，劉奭也別無良策，振興乏力，再加上寵信奸臣。所以朝綱不整，地方吏治敗壞，以致貪官暴斂，酷吏橫行，哀鴻遍野，民不聊生，西漢王朝隻有向下坡路滑去。