魏忠賢在大權在握之後，又與客氏、熹宗的關係特殊，宮中一些見風使舵之徒便紛紛投奔這位皇上的“奶爸”；魏忠賢也就此開始在宮中羅織羽翼。魏忠賢不僅將自己的親信李文貞、塗文輔等太監中的知識分子安置在司禮監做秉筆太監以彌補自己沒文化的缺陷，還起用了“紅丸案”要犯崔文升“移宮案”案犯西李，使他們對自己感恩戴德、俯首貼耳。就連職務本來在魏忠賢之上的司禮監掌印太監王體乾也不得不“識大體”而甘做魏忠賢的鷹犬。
當了司禮監的魏忠賢本應身在大內，但他的所作所為傳至外庭，眾多有識的大臣。紛紛上書，最早上書指責魏忠賢的大臣是給事中楊漣。楊漣在光宗剛剛、朱由校還因西李的胡攪蠻纏而暫居慈慶宮、魏忠賢還叫作李進忠的時候就參本，說李進忠不大像好人。當時的“魏忠賢”還沒有見過什麼世麵。他得知這個消息就嚇得屁滾尿流，萬分驚慌。是魏朝顧及“兄弟”之情把他帶到王安處求救。魏忠賢見了王安，跪在一旁淚灑如雨。王安見他哭得可憐，又可惜他聰明能幹，就說：“西李宮中也有一名內侍叫魏忠賢，外庭不知道你們的名同人異。我把你們混為一人，看能不能遮過那些大臣的眼。往後你可要好自為之。”魏忠賢點頭稱是，感激涕零，後來果然照此法蒙混過關。
大學士劉一燥等人於天啟元年(1621年)，又上奏折，認為熹宗都成了親、長成了大人，還把奶媽留在身邊，不合體統，建議逐客氏出宮。此時的魏忠賢已離不開客氏了，他早已同客氏海誓山盟要白頭偕老，魏忠賢也明白兩人一損俱損、一榮俱榮的關係，客氏萬一被遷至宮外，自己在皇上跟前沒了援兵，那辛苦了這許多年剛剛打築的一點點“基業”豈不是要毀於一旦？魏忠賢加緊同客氏商量對策。客氏在皇上麵前極盡母愛，對他細心嗬護，使這個早早沒了親娘的孩子對自己戀戀不舍，朱由校皇帝拒絕了大臣們的請求，說自己雖已成人，不再需要吃奶了，但是皇後還小，需要奶媽的照顧與保護。後來由於大臣們力諫，客氏不得不出宮避風，客氏幾日後又召回了宮。
楊漣、劉一燝之後，又有禦史周宗建、刑部主事劉宗周等人相繼彈劾魏忠賢。由於客氏的鼎力相助，熹宗朱由校一味偏袒魏忠賢。楊連、劉一景、禦史周宗建、刑部主事劉宗周等人，上疏的朝臣們不僅未傷這對男女一根汗毛，反而被責的被責，差點賠上性命。魏忠賢惱羞成怒。之因楊漣、周宗建等都是東林黨人，此後便遷怒於整個東林黨。
創始人“國本之爭”中被罷了官的顧憲成，是東林黨的創始人。顧憲成被貶回老家無錫之後，滿腹牢騷，便同弟弟顧允成、朋友高攀龍等人在城東的東林書院中授課講學。講學之餘，又抨擊朝政，轟動一時。當時地主、商人聞風而起，雲集東林書院，在朝的一些官員也遙相互應，時稱這一類人物為“東林黨”。東林黨人雖無特別建樹，但目睹朝政的腐敗，敢於犯顏直諫，要求改革時弊，可稱得上是正派人物。他們清高傲世，瞧不起身心俱殘的太監，更痛恨太監攬權，揭發魏忠賢。為此魏忠賢掌管東廠和錦衣衛大權，千方百計鏟除東林黨及黨羽人物。
東廠初設於明成祖朱棣時期。明代開國之君朱元璋共有二十六個兒子，朱棣排行第四。太子朱標早死，朱標之子朱允墳便替父親接了朱元璋的皇位。朱棣見朱允墳軟弱無能，便發動“靖難之役”從侄兒那裏搶來了禦座。由於這帝位來之不“義”，朱棣當上皇帝後總是怕別人在背後說自己的壞話。為了堵住眾人之口，同時也為了肅清朱允墳的餘黨，他即於永樂十八年(1420年)專設了一個機關“專司緝訪”以“銳意防奸”。因為這個機關的位置在北京東安門北，故世人稱之為“東廠”。朱棣又信不過朝中大臣，就令自己的親信太監掌管東廠，因此東廠自初設起就一直由太監操縱。東廠的頭目，是“欽差總督東廠官校辦事太監”，亦稱“提督東廠”或“廠臣”，由皇上授命，使東廠緝訪的對象除皇上之外，無論皇親國戚、朝庭命官，還是平民百姓。任何事隻要東廠一插手，便可省去所有的手續，越過所有的朝內部門，由東廠直接同皇上聯係。其權力淩駕於其他一切官員之上。東廠組織嚴密，所有人選精明狡黠，多習武功。他們腳穿白靴，足跡遍布官府民間，令人們提心吊膽。《明人詩抄》中陳子龍一首《白靴校尉行》，寫道：
宣武門邊塵漠漠，繡轂雕鞍日相索。
誰何校尉走複來，矯如饑鶻淩風作。
虎毛盤頂豪豬靴，自言增入金吾幕。
逢人不肯道姓名，片紙探來能坐縛。
關中士子思早遷，走馬下交百萬錢。
一朝失策圍邸第，貴人尚醉候家筵。
歸來受賞增意氣，鳴鑼打鼓宮門前。
嗚呼！男兒致身何自苦？
這是一首描述東廠真實現狀及給百姓驚惶的真實寫照。
錦衣衛設於朱元璋洪武十五年(1382年)，較東廠早設三十八年。初設時隻是作為皇帝的貼身衛隊，每逢皇帝有什麼活動，便侍衛左右。是負責皇帝的安全，後來就有了“密緝”的權責。錦衣衛的長官稱指揮使，由皇帝親信的勳臣或皇親國戚充任。指揮使之下，有專門負責偵察工作的緹騎數萬名，緹騎又各有線人、助手——大大小小的特務加起來竟達十六七萬，錦衣衛“自為一軍”。並且錦衣衛同正規軍隊一樣，每日操練如製。錦衣衛之下又設錦衣獄，也稱“詔獄”，獄中設有嚴刑酷罰，被抓進去的人五毒備嚐、九死一生。當時刑部也有監獄，刑部監獄的待遇比起錦衣獄，已是“天堂之樂”。錦衣衛還掌有廷杖時行杖之權。廷杖之製始於元代，明代統治者卻將它發揚光大：無論多大的官，隻要惹惱了皇上，皇上一聲令下，錦衣衛的特務們就拖下去痛打。錦衣衛雖與東廠同為“偵察”機構，但它本身卻在東廠的“緝訪”之下，因而衛使不屈從廠臣。錦衣衛本不應歸太監掌管，卻對東廠唯命是從。東廠從明中期專由司禮監秉筆太監中的一個管轄，所以到了明末，無論是東廠還是錦衣衛，都是當權太監的鷹犬爪牙。