清朝律令明確規定：太監品級不得超過四品。慈禧太後一再打破祖製，遂使李蓮英成為清王朝太監中空前絕後的一位二品頂戴者。可見慈禧太後的意願就是律令！
慈禧太後的萬壽慶典並不如願。因為傳來了北洋水師全軍覆沒的壞消息，大煞了慶壽的風景氣氛。那些死難將士無法知道，失敗並不是由於日本人多麼厲害，而是臨國難仍大逞私欲的慈禧太後和她的心腹太監李蓮英，本應裝備北洋水師的巨額資金，被挪用來滿足慈禧的虛榮心。萬壽慶典的奢侈靡費與前線將士的生命熱血，寫就了中國近代史上這恥辱而沉重的一頁。
在中日甲午戰後，為了振興衰世，年輕的光緒帝任用康有為等一批維新誌士，掀起了一場維新變法運動，以圖富國強兵，同時奪回朝政大權。但“維新”隻維持了103天，就被以慈禧太後為首的頑固勢力所扼殺，光緒皇帝被囚禁於中南海的瀛台，他心愛的珍妃也被打入冷宮。慈禧太後剛“臨朝訓政”，李蓮英便對高峒元說：“我早說過，那幫孩兒軍鬧夠了，老佛爺自會收拾他們。隻要老佛爺在，天下永遠是咱們的”
光緒二十六年(1900)，八國聯軍的鐵蹄蹂躪了繁華如錦的京城。李蓮英為慈禧太後梳妝打扮成漢族老婦人，出德勝門，倉惶西逃。臨出逃時，李蓮英也沒忘記提醒慈禧太後處置冷宮中的珍妃。當珍妃被推向井邊時，以求援目光看著李蓮英時，這個陰狠的奴才借故走開了，儲秀宮的首領太監崔二總管(崔玉貴)拖住珍妃後腰將珍妃推入後宮的井中。
慈禧太後逃到西安後，李蓮英找來唱秦腔、豫劇的戲班子，打發避難日子。次年，兩宮回鑾京師。這一年的流離顛沛和政局跌宕，使李蓮英的心情變化了不少。尤其是端王載漪父子的遭遇下場，更使他對官場險惡有了不同以往的看法。
端王之妻是慈禧太後的侄女。光緒帝因變法失敗被囚，慈禧太後欲廢帝另立，以端王子溥儁為“大阿哥”(皇儲)，端王儼然以“準太上皇”自居，氣勢奪人，卻不料因洋人提出懲辦義和團禍首的要求，慈禧太後競將全部責任推到端王身上，將其發配新疆充軍，永遠監禁，溥儁的“大阿哥”也被廢掉。李蓮英看著牆倒眾人推的勢態，不由想到自己平日得罪了多少仇敵。再看回鑾之後，崔二總管一天“紅”似一天，還有小德張八麵玲瓏，心裏頭就有了股淒涼感覺。老佛爺經過這一場折騰，也少了昔日的銳氣，對光緒帝的態度也和緩多了。
李蓮英知道慈禧信鬼信神，很在乎這類事。便說：“老佛爺，奴才昨晚作夢，夢見了珍主子。”
慈禧太後說：“她在夢裏說了什麼嗎？”
李蓮英說：“珍主子說她三魂六魄飄飄蕩蕩，沒有歸宿。奴才看，珍主子的屍骨也該收殮一下，老泡在井裏可不是個事呀。”李蓮英說到這裏，恰好西風吹得窗戶紙發響，粗大的蠟燭也光焰閃忽不定。慈禧太後心裏直發毛，臉也變了色，好一會才緩過神來。
慈禧驚慌地問：“那……她在夢裏說沒說怎麼辦呢？”
李蓮英忙說：“說了，她說在宮裏給她設個神位就行了。”
慈禧太後說：“隻是沒有這個先例，放在宮裏隻怕不合宮規吧？”
李蓮英卻說：“其實這也沒個什麼。就如一家人，老太太健在，小輩兒反而先故去了，就在偏房設個神位，隻要不在正廳就可以。”
慈禧太後便說：“那就替她在井旁邊那間屋子供靈好了。”
李蓮英在第二天，奉太後之命，傳諭工部打撈珍妃屍體，並擇地安葬。李蓮英這樣做，是想獲取光緒帝的讚許和感念。
光緒皇帝在1908年10月21日，帶著一生的遺憾與憤懣，在中南海瀛台去世，年僅37歲。這使慈禧震驚不已，走完了她73歲的人生，離開了她48年來視如生命的權力。臨死前，最後行使權力，在禦前會議上，命以醇親王第五子載灃年僅3歲的兒子溥儀為帝，繼為穆宗(同治)之後，兼桃德宗(光緒)，這就是宣統皇帝。這已是慈禧太後一生中第三次扶立新帝。宣統繼位，由其父載灃(襲封醇親王)任攝政王，但遇事要向隆裕太後(光緒皇後)那拉氏請旨，來治理大清江山。