就這樣，在周恩來的挺身保護下，持續了一個月之久的來自外交、軍隊等係統的批判陳毅、反擊“十一月黑風”的勢頭才不得不減弱下來；中央文革中的某些大員也開始變換出另一副麵孔，在不同場合“表態”，稱陳毅、葉劍英二位副主席是“毛主席司令部的人”，雲雲。
然而，事情並沒有就此結束……
二、在全麵“奪權”的狂潮中
1967年1月，上海“一月革命”的台風驟然刮起，全國上下到處一片“奪權”之聲，真可謂“攪得周天寒徹”。由此，外事口造反派們又活躍起來，他們再次尋機就批判陳毅問題逼迫周恩來讓步，要求召開整個外事係統“批判以陳毅同誌為首的資產階級反動路線”萬人大會，並提出“打倒陳毅”的口號。實際上是奪取整個外交大權的前奏曲。
在狂瀾麵前，周恩來穩若泰山。他堅持過去觀點，毫不退讓。對召開外事口萬人批判大會的事，他指出，這要經中央同意，我即使到會講話，也不是代表我個人，而是代表中央的。對“打倒陳毅”的口號，他說，我的看法和你們有距離，我堅決反對這個口號，不能接受這個口號，這樣簡單不行；必要時我可以和你們辯論一番，但我現在不和你們辯論。
這一年的1月中下旬，《人民日報》、《紅旗》雜誌連續發表社論，號召各地區、各部門的造反派把原來由“走資本主義道路當權派”所掌握的各種權力，統統奪到手裏。1月22日，中央文革小組副組長張春橋在上海說得更加露骨：“無產階級文化大革命自始至終就是奪權”，“我們對所有的權都要奪！”
正是在這個問題上，周恩來是有不同看法的。他從一開始就堅持一條：造反派隻能奪取“文化大革命”的領導權，而不能奪取各業務部門的權力；各業務部門仍應當由原來熟悉業務的幹部掌握、領導，造反派隻能實行“監督”。這樣，周恩來不可避免地與中央文革一夥人發生了衝突。
1月17日晚，在人民大會堂召開的北京大、中學校紅衛兵代表座談會上，周恩來當著中央文革陳伯達、康生、江青、戚本禹、王力等人的麵，提出：上海和其他一些單位奪權的經驗不是每個單位都可以學過來的，因為奪權是一件十分複雜的事情，首先奪的是“文化大革命”的領導權，其他方麵可先實行監督……話未說完，江青便氣勢洶洶地插話：“業務權也要奪，不會學嘛！”類似的爭執，在一個月內就發生了幾次，但周恩來並沒有因此讓步。
幾乎是周恩來與中央文革在“奪權”問題上發生衝突的同時，外交部“革命造反聯絡站”發表聲明，宣布在外交部“奪取”。
1月18日，周恩來委托陳毅前往召見外交部“革命造反聯絡站”代表，由陳毅代表部黨委表示“祝賀”，實際上是就外交部“奪權”問題表態。陳毅在對造反派代表的講話中明確指出：“聯絡站”所奪之權是“外交部領導無產階級文化大革命的大權”，外交部業務工作中的重大問題仍由部黨委研究決定，但可由造反派參加的“業務監督小組”實行“監督”。不言而喻，外交部造反派所奪的不過是“虛權”，整個外交業務大權並未掌握在造反派手裏。
1月24日下午，周恩來親赴人民大會堂出席有外事口各單位造反派參加的陳毅“檢查”大會。大會以國務院的名義召集，由周恩來親自主持。李富春、李先念、葉劍英以及陳伯達、江青等均出席大會。
會上，周恩來首先對陳毅“檢查”事一拖再拖的情況承擔了全部“責任”，理由是，“我的工作很忙”。接著，陳毅在大會上念“檢查”。這篇不到3000字的“檢查”，是經周恩來再三修改、推敲後定稿的，其要點是：1、在運動初期執行了“資產階級反動路線”，犯了方向、路線錯誤；2、犯錯誤的思想上的原因是因為對這場“文化大革命很不理解”；3、“出於好意”和“希望群眾掌握政策”而講的一些話對運動“起了阻礙作用”；4、在對待群眾的態度上認識和改正錯誤表現得很“遲緩”；5、歡迎大家繼續給予批評、幫助，以便“改正錯誤”。
會議結束前，周恩來發表講話，指出：“陳毅同誌的檢討是經過了一個痛苦的認識過程，我們在分工方麵，他管的事情多，不能再加重陳毅同誌的工作”；“他為黨工作了40多年，當然也犯了不少錯誤，但晚年還是跟著毛主席走的同誌，希望大家以同誌式的態度、以階級兄弟的態度來幫助他”；“這樣，我才可以比較放心外事口的事，讓他多出麵，我把力量轉到別的口子上去”。關於“文化大革命”前的外交工作，周恩來強調：“一切外交重大問題，都是主席親自過問的，這樣17年來就形成外事方麵的輝煌的業績”。