解決中日邦交正常化的另一個重要問題，是如何看待日本軍國主義侵華曆史。還在50年代中期，周恩來會見日本友人時就明確提出：中日之間有幾千年的文化交往，曆史上是友好關係。自甲午戰爭以來的50多年間，中日交惡，但從曆史長河看，這隻是短暫的一瞬，而且已經成為曆史。我認為，今後中日兩國不能不友好，而且一定能建立正常的關係。
70年代初，周恩來又對日本學生訪華團表示：從1894年起到1945年共51年，對中國人民是很大的教育。如果僅僅是甲午戰爭、日俄戰爭，還不能教育中國人民。最大的教育是後來日本軍國主義發動的那場侵華戰爭。
1972年6月，周恩來會見日本前陸軍中將遠藤三郎等日中友好舊軍人代表團成員時，專門談到戰爭的問題。他說：我在讀了日本最近出版的各種有關戰爭的書籍、戰史以及戰記之後，發現它們都大加美化戰爭，以至使人懷疑這些著作的內容是否真實。最近，我在中國看了有關山本五十六大將的電影，也看了有關侵華日本軍隊的電影。不管哪部電影的內容，都是被美化了的和非常英雄化了的形象。很明顯，這樣做會使那些對戰爭一無所知的青年人變得向往戰爭，從而導致再次發動戰爭。你們回去以後，一定要如實地寫出一部反映大東亞戰爭真相的戰史。你們都上了年紀，不抓緊不行啊，要不然就會重蹈覆轍。
同年9月中旬，肩負田中首相訪華“先遣隊”使命的日中邦交正常化協議會會長小阪善太郎率日本自民黨眾參兩院議員代表團抵達北京。9月18日，就在中日雙方開始舉行會談之際，周恩來指出：“日本軍國主義不僅給中國人民帶來了災難，也給日本人民帶來了禍害。”“今天恰巧是9月18日，41年前的今天發生了‘九一八’事變。現在，兩國握手，這是曆史性的轉折。新時代已經到來，應當繼續前進。”
在對日本侵華戰爭問題上，周恩來始終堅持的原則是：毫不含糊地正視曆史，以史為鑒；在這個基礎上，堅持向前看的方針，著眼於解決今後的問題。
（二）中日領導人會晤以信為本
1972年9月中旬，周恩來連續三次會見日本眾議員、自由民主黨日中邦交正常化協議會會長小阪善太郎，對田中首相來華談判解決中日邦交正常化表示樂觀。接著，他又會見受日本外相大平正芳之托來華的日中備忘錄貿易辦事處負責人古井喜實，就中日聯合聲明問題交換意見。他還多次約見並宴請長期以來致力日中友好的日本老朋友們，引用“飲水不忘掘井人”一語對他們表示感謝。20日，中日雙方同時發表關於田中首相訪華的公報，兩國領導人會晤的各項準備已全部就緒。
9月25日上午，日本國首相田中角榮、外相大平正芳、內閣官房長官二階堂進等飛抵北京。周恩來、葉劍英、郭沫若等到機場迎接。這是戰後日本首相首次訪華。當天，中日兩國領導人開始就恢複中日邦交正常化及其他有關問題進行多次會談。
晚上，在為田中首相舉行的歡迎宴會上，周恩來發表祝酒詞，稱讚田中訪華“揭開了中日關係史上新的一頁”。同時指出：“自從1894年以來的半個世紀中，由於日本軍國主義者侵略中國，使得中國人民遭受重大災難，日本人民也深受其害。前事不忘，後事之師，這樣的經驗教訓，我們應該牢牢記住。”又說：田中首相就任以後，在中日雙方的共同努力下，“實現兩國邦交正常化已經有了良好的基礎。促進中日友好，恢複中日邦交，是中日兩國人民的共同願望。現在是我們完成這一曆史性任務的時候了”。
田中在致詞中說：“過去幾十年之間，日中關係經曆了不幸的過程。其間，我國給中國國民添了很大的麻煩，我對此再次表示深刻的反省之意。”田中的講話，特別是他使用的“麻煩”一詞，引起中方的強烈不滿。對這篇講話，中國國內的各種報刊均奉命未予登載。第二天，在同田中會談時，周恩來直率地提出：田中首相對過去的不幸的過程感到遺憾，並表示要深深的反省，這是我們能夠接受的。但是，“添了很大的麻煩”這一句話，引起了中國人民強烈的反感，因為普通的事情也可以說是“添麻煩”。田中對此解釋說，從日文來講，“添麻煩”是誠心誠意地表示謝罪之意，並且包含著保證以後不重犯、請求原諒的意思。27日，毛澤東會見田中時，也問到“麻煩”的問題。田中表示，日方準備按中國的習慣來改。