同治二年，太平軍的形勢已經危在旦夕了，南京已處在湘軍的三麵包圍之中，江浙根據地也僅剩杭州、蘇州以西據點。李鴻章的淮軍厚祿誘降太平軍將領的策略在順利地進行著，太平軍也由此而分化瓦解。太平軍後期的支柱忠王李秀成窮於東西應付，忙於救援，弄得焦頭爛額。為了鞏固江浙根據地，同治二年九月，太平軍與淮軍在蘇州附近展開了一場殊死決戰。幾經反複，太平軍漸漸不支。淮軍依仗武器的優良，把包圍圈逐漸縮小，最後兵臨城下。蘇州是太平天國在天京之外的又一中心根據地，忠王府就設在城內。李鴻章喪心病狂孤注一擲，孤注一擲：比喻危急時刻拿出所有力量進行最後一次冒險。調來20多門巨大的洋炮，轟毀了蘇州數段城牆。但李秀成、慕王譚紹光等指揮太平軍卻英勇頑強打退淮軍多次進攻，把李鴻章牢牢地堵在城外。李鴻章在久攻不下時，又故伎重演，派人誘降城內納王郜（ɡào）永寬以下八王。此時天京危急，李秀成奉命回援天京。十二月四日，叛徒郜永寬等人合謀刺殺了譚紹光，卑躬屈膝地向李鴻章投降。但是第二天李鴻章把乞降的八王全部殺掉。同時還有二千餘名太平軍將士死於李鴻章的屠刀之下。李鴻章克蘇州有“功”，被賞加太子少保，賞穿黃馬褂，從此李鴻章的名字在清廷響亮了起來。
同治二年底至同治三年初，李鴻章繼克蘇州之後，連連攻克了無錫、嘉興、宜光、溧（lì）陽、金壇、常州，進逼天京外圍。考慮到與曾國藩恩師的關係，李鴻章沒有直接參與同治三年七月湘軍攻陷天京的戰役，而是把這一能撈到大功的戰役留給恩師的湘軍，在中外反動勢力的聯合剿滅下，轟轟烈烈的太平天國運動在經曆了14年之後慘遭失敗了。
太平天國運動雖然失敗，但遵王賴文光聯合撚軍還在北方繼續戰鬥。山東曹州一戰，他們以機智靈活的戰術，殺死了前來鎮壓的欽差大臣、蒙古科爾沁親王、鹹豐帝表兄僧格林沁，頓時中外被壓迫人民為之一振。清政府在震驚之餘，急調曾國藩為欽差大臣，率湘淮車主力北上，督辦直、魯、豫三省軍務，負責鎮壓撚軍，命令李鴻章署理署理：舊時指某官職空缺，由別人暫時代理。兩江總督，負責後援軍餉。撚軍沒有固定的根據地，以運動戰為主，靈活機動、聲東擊西，統帥賴文光又對部隊大加整頓，更加提高了戰鬥力。曾國藩圍剿撚軍一年多毫無建樹，清廷對湘軍的行為深感不滿，因而在同治五年十一月，改派李鴻章為欽差大臣，率淮軍鎮壓撚軍，而命曾國藩仍回兩江總督原任。
當時的撚軍為了戰略上的需要，分為東西兩支。因而西撚軍由張宗禹率領，挺進西北；東撚軍則由賴文光率領在中原活動。兩支撚軍成犄角之勢，目的在開辟新戰場，互相支援，分散清軍兵力。老奸巨滑的李鴻章針對撚軍的戰略戰術，製定了“劃河圈地”、“以靜製動”的戰略以限製撚軍的流動，同時采用各個擊破的方針，先集中兵力向東撚軍進攻。同治六年底，東撚軍被追迫在山東運河以東狹窄周旋，後來雖突破了淮軍包圍，但不久又被困於黃河以南、運河以東、六塘河以北與大海之間，陷入李鴻章的四麵包圍。使“以走製敵”的戰略戰術無法施展，因此屢屢受挫。同治七年一月賴文光被俘，不久在揚州慘遭殺害，東撚軍徹底失敗。東撚軍在遭到李鴻章包圍的時候，西撚軍為了解救東撚軍之圍，轉戰東來救援，在東撚軍失敗前夕，已到達直隸，誰知這卻正中了李鴻章的圈套，不久西撚軍又被李鴻章包圍在黃河以南、運河以東、徒駭河以北之間的狹長地帶。在重重的圍困之中，張宗禹走投無路，跳了徒駭河自殺，下落不明，西撚軍也被消滅了。