戰國末期的韓非是法家集大成的人物，他在《韓非子》一書中，肯定了商鞅的功績。
《韓非子》說：“秦行商君法而富強。”秦通過變法，“是以國治而兵強，地廣而主尊”。總之，《韓非子》對商鞅變法作了比較多的記述和客觀的評價。
韓非還記述了商鞅推行法治的情況。他說，商鞅推行新法之初，秦民還很不習慣，並且抱著僥幸心理，對於犯法可能帶來的後果，沒有看得嚴重，結果，凡是有犯法的一定會受到嚴厲的懲處，而告發者也一定會得到重賞。韓非子認為，這是商鞅在秦國成功的重要原因。
韓非認為，商鞅“賞厚而信，刑重而必”，使秦國之民“用力勞而不休，逐敵危而不卻”（辛苦勞動而不顧休息，追逐敵寇而不怕危險），這是秦國強大的重要原因。
韓非還特別意味深長地說：“及孝公、商鞅死，惠王即位，秦法未敗也。”就是說，秦惠王雖然懷恨商鞅這個人，但商鞅的新法並沒有廢除。因為商鞅給秦國帶來的好處是實實在在的，商鞅加強中央集權、提高王權的主張也符合秦惠王的利益。商鞅的事業並沒有廢棄，他也可以含笑九泉了。
不過，韓非對商鞅變法的不足之處也有所批評。
批評之一，是說商鞅“無術以知奸”，結果是以富強的秦國給了其大臣專權的方便和條件。但這實際上是商鞅死後秦國出現的新問題，是不能算商鞅的過失的。
批評之二，是說商鞅新法的一些偏失，即依斬首立軍功來作為授爵加官的條件，這就好像下一道命令說：“如今以斬首立功者為醫生為工匠。”結果怎樣呢？房子也蓋不成，病也治不好，這是因為工匠要靠手巧，醫生要靠懂得調藥，而這些都不是殺敵立了戰功的人所能勝任的。當然，這是韓非打的一個比方，他從而得出結論說：“當官是要依靠智能的，而斬首是憑勇力，讓殺敵的勇士去做需要智能的官吏，就好比讓他們去做醫生、工匠一樣。”
韓非這個批評是有道理的。
到了西漢初年，政論家賈誼在《過秦論》中，對秦始皇父子進行了尖銳的批評，但對秦孝公和商鞅則是持比較平和的首肯態度。他說：秦孝公據有崤山和函穀關的地形之險，有秦國所在的雍州的廣大的土地，君臣固守著基地，窺視周室，有席卷天下，包舉宇內，囊括四海之意，並吞八荒之心。而這時商君輔佐他，在秦囪確立法度，努力從事於耕織，積極備戰，並且在外通過連衡而與諸侯較量。這樣，秦人就攻取了西河之外的地區。
賈誼的“過秦”，是批評秦政之失，但並非全盤否定秦國到秦朝的全部政策和做法，因此，態度和立論可謂公允。他說秦始皇成就帝業是“續六世之餘烈”，此“六世”，就是從秦孝公時算起的。從賈誼開始，秦的帝業奠基於孝公時期，已成為定論，而真正的奠基人，實際上是商鞅。