香港興中會成立了，便已有了革命的大本營，孫先生就計劃怎樣地去襲取廣州，做革命的根據地。這時候，孫先生又掛起了醫生牌子，廣州的滿清官吏，都很仰慕孫先生的醫術，大家爭相延請，於是孫先生出入軍政界，高談時政，放言無忌，往來香港廣州，策劃會務，非常忙碌。但沒有人留心他是一個革命黨領袖。那時風氣是非常閉塞的，人心是非常渙散的。孫先生偉大的革命計劃，怎樣才能著手呢？這不是一個謎麼？有人說孫先生說由乙酉（紀元前二十七年）到乙未（紀元前十七年），這十年中間，是革命醞釀時期，孫先生在這革命醞釀時期，是很孤苦的，很沉著的。這話很能說明孫先生當時的環境。這時孫先生為要施展他的革命的抱負，隻有憑借了醫生的名義，苦心孤詣地聯絡秘密會黨，和知識階級中的有為人才，準備革命力量的充實和擴展，期待革命機會的到來。
然而事實的推演，是非常曲折的，當時孫先生曾經一度在雙門底聖教書樓行醫，號稱新學領袖的康有為也從長興裏遷到廣府學宮講學，這廣府學宮，即世稱萬木草書，和聖教書樓相隔隻有半裏。那時聖教書樓除經售基督教經典外，又發售李提摩太、林樂知、花之安等所譯的《泰西新史覽要》、《五大洲風俗通考》等書，以及當時初出月刊的《萬國公報》等。這些都是當時介紹西洋文化的書籍，有為因為不諳外國文字，無法直接了解西洋文化，所以對於這些譯本，是非常愛好的，因此他（指康有為）就成了聖教書樓的大主雇。漸漸地孫先生也認識了他，因為他是號稱新學的人，所以孫先生很想接近他，使他成為一個革命的同誌，但有為始終堅持著他的頑固成見，並不因孫先生的一腔熱誠而有所感動，因此他們中間到底沒有建立起一些友誼，後來有為竟成立了保皇黨，始終和孫先生的革命大業，處於敵對的地位。那時孫先生的處境，真是何等孤苦。
但不久孫先生就發現了一個真正的同誌，他就是廣東水師統帶程奎光，因為胃病，延請孫先生醫治，孫先生一麵替他醫治，一麵就考察他的品性，知道他是有血性的，所以於醫病之外，還和他交換各種話，孫先生乘機向他說道：
“你這個病，最好每天清晨，在清靜的地方散步。”
“我也很想，但苦於寂寞。”奎光這樣答道。
“我是起得很早的，可以來陪你的。”孫先生向奎光自告奮勇。於是從此每天清晨，孫先生總是和程奎光在江邊散步，兩個人的談話，便愈來愈深了。有一天，由江邊走到一間古廟，意思是歇腳，誰知人了廟門之後，重重的門都關閉起來。
“這是什麼原故？”奎光有些奇異，問孫先生。
“你已到了革命黨的機關部裏來了。”孫先生微笑地說。奎光不免嚇了一跳，孫先生於是把革命大義以及種種革命計劃。都告訴給他，奎光聽了很為感動，他就欣然地答應聽命孫先生指揮。孫先生為要準備第一次起義，是如何的苦心孤詣，我們從這兩件事情，就可知道孫先生是怎樣的孤苦而又沉著呢？
革命的局勢，終於漸漸地成熟起來了，孫先生在廣東內地派人運動聯絡的會黨和營勇，都有相當成功了，其中如鄭金部下的安勇，廣東北江的綠林，城外三元裏有名的鄉團，香山和順德的綠林，都已很有聯絡了，隻要待機而動。孫先生為指揮聯絡便利起見，不能不在廣州成立一個機關，經過一番考慮以後，為避免清吏注目，還是以講求振興農業為口號，與士良、奎光等，正式發起組織農學會，會所就在雙門底聖教書樓，實際上這農學會就是孫先生的秘密的軍事機關，也就是興中會在廣州的總機關。
我們現在從孫先生手著擬創立農學會書的一文中，固然可以看出為適應當時環境的許多冠冕堂皇的話。但他對滿清政府的厭恨，還是很明顯地流露出，他說：
我中國衰敗至今，亦已甚矣，用兵未及經年，全軍同至覆沒，喪師賠款，蒙恥啟羞，割地求和，損威失體，外洋傳播，編成談笑之資，雖欲諱之而無可諱也。
這不就是《興中會宣言》中“近之辱國喪師，剪藩壓境，堂堂華夏，不齒於鄰邦；文物冠裳，被輕於異族”的同一意義而另一說法嗎？所以這一篇征求會員的信，實際上和《興中會宣言》有同樣的革命意味。這篇文章，寫得非常懇切而有條理，他首先說明挽救國家的危亡，是每個士農工商的責任，所以說：“追求積弱之故，不得盡追咎於廊廟之上，即舉國之士農工商，亦當自任其過焉。”但士農工商四者原有連貫的作用，西洋各國的所以富強，就是以士類而貫四民，民間講求學問的集會，無地不有，因此農有農士，工有工士，商有商士。“說者徒羨其國多善政，吾則謂其國多士人。”這是孫先生指出西方各國所以富強的根本因素。因此他接著便說：“故欲我國轉弱為強，反弱為盛，必俟學校振興，家弦戶誦，無民非士，無士非民，而後與泰西諸國並駕前驅，馳騁於地球之上。”一麵又批評當時滿清政府中一些自命開通，侈談新政的官僚，專以練兵製械為得計，說他們徒披襲外人的皮毛。而沒有雇到立國的命脈。於是堂堂正正地揭舉創立農學會的宗旨和任務。孫先生說：
今特創立農學會於省城，以收集思廣益之實效，首以翻譯為本，搜羅各國農桑新書，譯成漢文，俾開風氣之先，即於會中設立學堂，以教授俊秀，造就其為農學之師。且以化學詳複各處土產物質，闡明相生相克之理，著成專書，以教農民照法耕植。再開設博覽會，出重賞以勵農民，又勸糾集資本，以開墾荒地，此皆本會之要著也……
最後孫先生又提出了一個口號：“幹戈衛國，耒耜興邦。”他說：“古有童子，能執幹戈以衛社稷，曾見許於聖門，某竊師此義，將躬操耒耜以農商新法啟吾民矣。”這是孫先生喚起全國人民參加革命運動的一種巧妙說法。