這次惠州起義的失敗，菲律賓軍械不能如期運到，可以說是一個最大的原因。孫先生因此在失敗後不久，就從台灣回到日本，把這事詳細查究。孫先生一到了日本，才知道日本同誌也正在一致地非難中村彌六，但孫先生為息事寧人起見，隻要求大倉會社償還原價六萬五千元，以便轉交彭西，了卻這一個責任。可是大倉會社因中村從中得到太多，隻答應拿出一萬二千五百元。這時犬養毅和遠藤諸人，也非常憤怒，一聽到大倉會社的話，就格外攻擊中村的見利忘義，同時又發現中村偽造的函件和印章等，中村的人格，更宣告破產。東京《萬朝報》把這一切欺詐的情形，都盡量地發表出來，事情愈弄愈糟了。犬養毅因中村是進步黨黨員，有關全黨的名譽，就派人要中村自行脫黨，但中村竟不肯，犬養毅就用總務委員的權力，把他開除黨籍。孫先生也因為中村毫無誠意，請了兩個律師三善和梅井，想在法庭起訴。但後來經過詳細地研究，知道這事情與中、日、菲、德四國都有關係，牽連太多了，可以變成一個國際的極大交涉，不是一下子可以解決的。恰恰這時候，頭山滿出來調停，勸孫先生收回中村的賠償一萬三千元，孫先生也就答應了，這一場很大的風波，就算了結。
這一個騙案草草了結了，孫先生因為有事情，就派宮崎到上海去一下。宮崎在這案情中也是一個重要人物，他因為發現受欺詐，也盡過許多奔走的義務。但他到上海以後，許多日本同誌竟對他大不滿意，惡聲四起，甚至有的寫了一封很長的信告訴孫先生。這大概是同誌的誤會吧！孫先生也不想窮究這事情，就沒有什麼動作。不久，宮崎從上海回來，到橫濱去見孫先生。宮崎所辦的上海的事情，沒有什麼成績，孫先生也不責難，卻把這信拿出來給宮崎，很溫和地說：
“你到上海去的幾天中，許多同誌對於你有很多閑話。”說著隨手把信拿給宮崎看，接著又說：“你看了這封信，不必動怒，古往今來的事情，都是成則爭功，敗則嫁罪；英雄的誌氣，就像螺旋式的槍彈，要打破疑難的空氣而往向前去，決不後退，所以你不能因此就失去向前的決心。”
宮崎出乎意料地讀到這一封攻擊他的信，但聽到孫先生這樣的一番話，也就心中爽然，再沒有像在“佐渡丸”中那樣的偏激的感情了，孫先生等他讀完了這封信，就拿來燒掉，笑著說：
“你胸中如果有一些不平靜的波動，就像這信一樣把它燒去了吧。”
宮崎很滿意地回到東京。犬養毅也為同誌間對於宮崎有誤會，特邀集了許多日本同誌，設宴調解，在歡樂的宴會中，終於因為內田良平的窮問，頭山滿又因事未到，無從解釋，宮崎和他就拔刀惡鬥，結果宮崎的額上受了傷，經過十多天才痊愈。事後，宮崎悲憤交集，就寫了一封長信給孫先生，詳述這次解決菲律賓軍械案的經過。這是顯然的，他受了委屈後的訴苦，也可看出他對於孫先生慈祥偉大的氣度的感動的深刻。我們從他這一封長信中，卻可以看出當時這案情的真相，也是一件無意中留下的革命史料。
當孫先生在日本交涉菲律賓軍械的時候，廣東都督德壽已密奏滿清政府，通緝孫先生等，同時，因為史堅如的事情，更注意到楊衢雲。但孫先生遠在日本，滿清政府是無可如何的；楊衢雲在香港，也不是廣東都督勢力所能到達的。隔了不多時，德壽就賄買了一個陳林，把楊衢雲在香港暗殺，這時楊衢雲正在學塾中授課。孫先生接到這個消息，非常悲痛，就於十二月七日在橫濱永樂樓開會追悼，當眾演說楊衢雲的生平事跡，並發起募捐，以撫恤他的遺屬。同時又用了自己的名義，代發訃告，寄發各地同誌。楊衢雲為人好虛榮，意誌薄弱，兩次起事，都出了亂子，但他畢竟也是最早發起革命的一個人，孫先生於公，固然不滿意他，於私是一個情深手足的同誌，所以這樣地悲痛，這樣盡力為他謀劃善後。那時革命黨人的情義，是何等的深厚而親切啊！
從惠州失敗到楊衢雲的被刺，一個未盡的餘波，到這時暫告平息了。第二年，紀元前十一年（1901年）滿清政府因為義和團的變亂，引起八國聯軍的大禍，議和的事情，已經辦妥了，就是由滿清政府拿出賠款四百五十兆兩：這是最惹起人民反對的一件事，因為這亂事是由政府造成的，但這樣巨額的賠款，卻必須從人民的骨血中榨取。因此海內外誌士，都感到滿清政府是失望了，就漸漸地傾向革命，對於孫先生也不像從前一樣地不敢接近了。那時，東京留學生的思想言論，都集中於革命問題，吳祿貞在留日學生會館演說，比會館為美國費城的獨立廳；洗翔雲、戢翼暈、張溥泉等也發起創刊《國民報》，鼓吹民族主義。馮自由、馮斯樂、王寵惠等組織廣東獨立協會，孫先生也加以讚助。那時，漢口起事失敗而逃亡日本的人也很多，梁啟超還是在橫濱辦《精議報》、《新民叢報》，常常到孫先生這邊來談話，但議論始終不能接近。孫先生到東京時，就在對陽館做會客地點，去見孫先生的人，絡繹不絕，革命的空氣，已籠罩了留日的學界。
時代不斷地前進，革命的思想終於取得了領導時代前進的主力。在這時代以前，因為國人由於傳統思想的支配，對人是崇拜士大夫階級，對政治則君臣之義，超於一切。因此當戊戌變法進行的時候，康有為、梁啟超一流人物，在國內的聲望，居然高於孫先生。康有為是出於所謂“以理學傳家”的家庭，且新由舉人得中進士，他的主張又是迎合了不忘君臣大義的士大夫階級的心理，因此取得了一時的領導地位。孫先生第一次廣州起義以後，國內人士，雖然因此有知道他的名字的，但是報紙上講到孫文，都要把“文”字旁加上三點水作“汶”，形容他與強盜亂賊一樣。以為這位姓孫的有什麼紅眉毛，綠眼睛，是最厲害的公道大王。一般帶著傳統的腐敗頭巾習氣的人，都以為他不是科第中人，不是經生文人，甚至疑心他不識字。（見吳稚暉先生著《我講一講中山先生》）到了康梁變法失敗，孫先生在惠州第二次起義以後，他的身份，就大不相同了。粵督德壽對於史堅如和惠州之役發布的告示和奏折，雖然在孫文的“文”字上，仍舊加上三點水作“汶”，卻把孫先生和康梁並稱，什麼“無非因康梁孫汶各逆，從中煽惑”，什麼“康孫各逆，勾結土匪”。把這次革命運動，也牽到保皇黨身上去，對於康梁未免冤屈了一點，但是把“綠眼睛紅眉毛的”的孫先生，公然放在“帝師”一例，卻承他過於抬舉了。