托馬斯·傑克遜在羅伯特·李將軍的北維吉尼亞軍團轄下一個兵團任指揮官。他是整個南北戰爭時期南軍最優秀的指揮官之一。於1861年4月27日成立了一個軍旅。
石牆傑克森與一批維吉尼亞軍團趕到戰場；畢將軍的軍團正在撤退，因為北軍大炮占領了馬修山，阻止了畢將軍軍團的前進。
北軍步兵在大炮的掩護下推進，石牆傑克森的軍旅開始迎戰。雙方開火後南軍就衝鋒殺敵，北軍被打敗，馬修山失守，大炮被搶。石牆傑克森和他成立的軍旅在這戰役中一舉成名，開始被稱呼為石牆旅。但石牆傑克森常稱石牆旅為“維吉尼亞第一旅”。
當湯瑪士·傑克森獲得“石牆”的美名同時，在西線，南軍擋不住格蘭特的攻勢，節節敗退，為了逼使更多北軍前往維吉尼亞戰區，李希望可以在維吉尼亞發動大型戰事，以免格蘭特把西部的南軍擊潰。石牆傑克森遂決定於1862年派兵攻擊馬裏蘭州，不過，在漢考克之役中石牆旅的炮轟未能打倒防守的北軍，於是引他們再次深入南方內陸的雪倫多亞河穀；而林肯亦決定派更多軍人追趕“撤到雪倫多亞河穀的南軍”。
3月22日，北軍軍官約翰率9000人在第一次克恩斯鎮之役打敗石牆的3400人，是其第一次，亦是唯一一次被打敗。
5月8至9日，北軍有兩個旅想組成一支較大的部隊，石牆傑克森先發製人，率6000南軍進攻麥克道威。5月8日，南軍渡過考帕斯徹河（Cowpasture River）時遭到北軍的突擊，但四小時後，北軍被打退，撤回麥克道威。次日，北軍再次發動進攻，但大敗而回，南軍進入麥克道威。
他在錢斯勒斯維爾戰役中被己方軍隊誤傷致死。
羅伯特·李在聽到傑克遜的死訊後對自己的炊事兵說“威廉，我失去了我的右臂”。