在亂世中，所有的野心家都需要給自己臉上貼金希望證明自己權力的合法性，同時貶低、打擊對手。聽說冉魏擁有玉璽，北邊的鮮卑族心理不平衡了。81 公元352年，鮮卑族慕容儁為得到傳國玉璽，南下攻魏。三月，冉閔兵敗被擒，五月被殺。冉魏都城鄴城被北鮮卑大軍團團圍困。冉魏大將軍蔣幹等人輔佐太子冉智閉城拒守。當時鄴城發生了饑荒，到達了百姓相食的地步。後趙時期的宮女都被饑餓的人們吃光了。蔣幹為了解決困境，隻能一方麵奉表向鮮卑族請降，一方麵又派人向東晉的謝尚求救。蔣幹的如意算盤是希望能夠將鮮卑軍隊和東晉軍隊都吸引過來，讓他們鷸蚌相爭。謝尚等人也不是傻瓜。謝尚戰前派戴施占據枋頭。東晉素無恢複北方故土的雄心壯誌，相反更看重冉魏手中的傳國玉璽。對於以天下正統自居的東晉王朝來說，傳國玉璽是證明自己合法性的重要工具。戴施接到蔣幹的求救信息後，就派了個使者到鄴城討價還價，說東晉可以出兵援助，但是必須拿傳國玉璽來做信物。蔣幹猶豫不決，不願意用傳國玉璽來換援兵。戴施見蔣幹還在猶豫，在幾天後親率精兵百餘人入鄴城助守，進一步欺騙蔣幹說：“天子聽說玉璽已經到了我手中，這才相信蔣幹你是真心誠意求援的，調遣軍隊糧草來救。”蔣幹相信了戴施的話，將玉璽交給了他。戴施一拿到玉璽，就密令何融送傳國玉璽到枋頭，再派遣部將胡彬以三百精騎連夜護送玉璽到東晉首都建康，獻給晉穆帝。傳國玉璽重新成為晉王朝號令天下的象征。兩個月後，鄴城被鮮卑族攻破。冉魏滅亡了，但鮮卑人並沒有實現得到傳國玉璽，做名正言順的皇帝的目的。他們的沮喪與失望之情可想而知。慕容儁幹脆謊稱得到了玉璽，登基做了皇帝。似乎是為了證明玉璽在自己手裏，鮮卑人還信誓旦旦地改元“元璽”。
在這個階段，稱王稱霸的人很多，但玉璽隻有一個。怎麼解決這個問題呢？於是很多豪強梟雄自己私刻玉璽。比如東晉朝廷南逃後，就自刻了一個玉璽；此外還有西燕慕容永刻的玉璽、姚秦的玉璽等等。他們私造玉璽的“創意”得到了後世許多亂臣賊子和梟雄豪強的歡迎和效仿。
話說那玉璽留在建康，隨著東晉、南宋、南齊、南梁世代相傳。到了南梁時，建康發生了侯景之亂。侯景在壽陽起兵叛梁，最後攻占了首都，得到了玉璽。侯景很快被殺，叛亂被平定。但侯景任命的侍中兼平原太守趙思賢卻趁亂拿著玉璽潛逃到了廣陵，被一個叫郭元建的人搶走了玉璽。郭將玉璽獻給了北齊的行台辛術，辛術再轉獻給北齊朝廷。傳國玉璽遂為割據黃河中下遊的高氏所有。後來南陳取代了南梁，但是沒有傳國玉璽，怎麼辦？好辦，自己刻一個玉璽。於是玉璽越刻越多，每個割據政權都宣稱玉璽在自己手中，自己才是真命天子。建德六年公元577年正月，北周武帝宇文邕滅亡北齊。傳國玉璽進入北周。四年後，外戚楊堅廢北周靜帝，建立隋朝。傳國玉璽成為隋朝的國寶，隋朝將傳國玉璽改稱為“受命璽”，所謂隋命天授。公元589年，陳朝滅亡，隋朝統一全國。那些私刻的傳國玉璽也就統統被隋朝沒收了。
在這裏，還有一個內容不同的傳說。說的是侯景死後，玉璽在混亂中被投入到棲霞寺井中。後來寺裏僧人將玉璽撈出收存，等到陳朝建立後獻給了陳武帝。不過這個傳說缺乏依據，很有可能是陳朝為了證明自身的合法性而偽造的故事。
隋唐時期是中國傳統社會發展的鼎盛時期，傳國玉璽牢固地掌握在皇室手中，被封為國家至寶，沒有出現什麼傳說。唐末朱溫篡位後，曆史進入了紛擾的五代十國時期。玉璽再次遭遇亂世，厄運迭起。朱溫建立的後梁掌握玉璽沒幾年就被後唐給取代了。公元937年1月11日，後唐河東節度使石敬瑭帶契丹軍攻至洛陽。後唐末帝李從珂懷抱著傳國玉璽登上玄武樓自焚。玉璽從此下落不明。
後周開國皇帝郭威登基時，曾遍尋傳國玉璽而不著，便刻了“皇帝神寶”等兩方印璽，聊作安慰。這兩方印璽一直到北宋都是皇權的象征。宋朝一直沒有放棄重新發現傳國玉璽的希望。宋哲宗紹聖三年(公元1096年)，鹹陽有個人叫段義。他聲稱自己在修房舍時從地下掘得“色綠如藍，溫潤而澤”、“背螭鈕五盤”的玉印就是失蹤多時的傳國玉璽，獻給朝廷。朝廷很重視，翰林學士蔡京等十三名官員認真考證，認定這是“真秦製傳國璽”。《宋史》專門記載道：紹聖末，朝廷得玉璽，下禮官諸儒議，言人人殊。李公麟曰：“秦璽用藍田玉，今玉色正青，以龍蚓鳥魚為文，著‘帝王受命之符’，玉質堅甚，非昆吾刀、蟾肪不可治，琱法中絕，此真秦李斯所為不疑。”議由是定。.元符元年三月，翰林學士承旨蔡京及講議官十三員奏：按所獻玉璽，色綠如藍，溫潤而澤，其文曰“受命於天，既壽永昌”。其背螭鈕五盤，鈕間有小竅，用以貫組。又得玉螭首一，白如膏，亦溫潤，其背亦螭鈕五盤，鈕間亦有貫組小竅，其麵無文，與璽大小相合。篆文工作，皆非近世所為。臣等以曆代正史考之，璽之文曰“皇83 帝壽昌”者，晉璽也；曰“受命於天”者，後魏璽也；“有德者昌”，唐璽也；“惟德允昌”，石晉璽也；則“既壽永昌”者，秦璽可知。今得璽於鹹陽，其玉乃藍田之色，其篆與李斯小篆體合。飾以龍鳳鳥魚，乃蟲書鳥跡之法，於今所傳古書，莫可比擬，非漢以後所作明矣。