在第二卷中，他強調歸納法的科學意義，認為必須用觀察和實驗方法，最大限度地收集材料（完全歸納），提出了著名的“三表說”（具有表、缺乏表、程度表或比較表）。分析實驗數據，排除一切非本質的因素，最終得出實驗的真實結果，為人們把握自然提供本質的認識。他教導科學實驗者，既不要做隻會收集材料的螞蟻，也不要做隻從自身吐絲結網的蜘蛛，而要做既采集又加工的蜜蜂。
他以對熱的討論為例，詳細地討論了收集、整理經驗事實的過程，並從中得出一套原理方法。他說我們應該把收集到的事實安排成三個表，第一表是“本質和具有表”，收集一些肯定的實例，如具有“熱”的性質的實例，像日光、火焰等；第二表是“差異表”或“接近中的缺乏表”，如一些與熱的實例相似、但不具有熱的實例，如月光等；第三表是“程度表”或“比較表”。他認為，在這三個表的基礎上，通過積極的理性的工作，我們就可以得出關於“熱”的性質的一般原理，即“熱”是通過磨擦產生的。培根認為獲得知識的方法是他稱之為《新工具》的歸納法，通過三個步驟來實現：
1.廣泛收集事實，作為歸納的基礎；
2.把收集的材料通過例證列表，整理感性材料；
3.進行歸納，把一切無關的、非本質的東西除掉，留下肯定的、本質的東西。
他認為歸納的一個基本原則就是不能跳躍地而是逐步地從感性上升到理性，因此他反對那種從經驗材料一下子飛到最普遍公理的認識方法。
培根所創立的實驗科學思維方法，為近、現代實驗工作者提供了嶄新的思維模式。直到今天，“由實驗室中對實驗數據的對比分析形成結論——通過實驗方式和設備功能的逐步放大——最終再按實驗放大結果投入工廠生產，使之轉化為巨大生產效率”的方式和模塊，仍然在現代工業生產中起著核心和支配的作用。西方近代哲學一開始就特別重視人的理性認識能力以及認識的對象自然界，在這一點上，英國的經驗論哲學和歐洲大陸的理性論哲學是一致的。為了開辟人類認識自然的道路，這兩派哲學還都很重視方法論的研究。培根的哲學方法論思想比較突出地反映了西方近代哲學的精神，對西方近代哲學的發展產生了比較大的影響。
知識就是力量。
一個自身無德的人見別人有德必懷嫉妒。
沒有友誼，則世上不過是一片荒野。
最能保人心神健康的預防藥，就是朋友的忠言規諫。
思想中的疑心就好像鳥中的蝙蝠一樣，永遠是在黃昏中飛的。疑心使君王傾向專製，丈夫傾向嫉妒，智者傾向寡斷和憂鬱。
狡猾就是一種陰險邪惡的聰明。一個狡猾人與一個聰明人之間，確有一種很大的差異，這差異不但是在誠實上，而且是在才能上的。
順境的美德是節製；逆境的美德是堅忍。這後一種是較為偉大的一種德性。
讀書在於造成完全的人格。
人的知識和人的力量這兩件東西是結合為一體的；工作的失敗都起於對因果關係的無知。
人在身體強壯的青少年時所培養成的不良嗜欲，將來到了晚年是要合並結算總帳的。
灰心生失望，失望生動搖，動搖生失敗。
真理是時間的女兒而不是權威的女兒。
思想智慧
弗蘭西斯·培根作為一個科學哲學家，所做出的貢獻是不可忽視的。他是以新唯物主義哲學指導科學發展的主要代表人物，是最早認識到科學的曆史意義以及它在人類生活中的重要地位的人。
弗蘭西斯·培根是個唯物主義的哲學家。在科學事業上他沒有從事某一項具體的研究，但用他自己的話講，他要做一個科學上的哥倫布。他在1605年出版的《學術的進展》一書中，主要闡述了這種觀點。在這一觀點的主導下，培根從哲學原理出發，深入地研究和論述了科學的方法問題。首先他明確指出，科學的目標是用新發現和新發明來改善人類的生活。這是他的哲學的突出特點之一。為此他提出了著名的口號“知識就是力量”。