清初建國後，官製沿襲明製，但設議政大臣取代內閣之實權，一切由議政大臣會議具奏，此大臣盡為滿人充當。康熙（1662年至1723年）始設南書房於乾清門右階之下，負責擬定諭旨，則內閣如同虛置。至於雍正時（1723年至1735年）開始設立軍機處於隆宗門內，選大學士及尚書、侍郎（均為帝王心腹之臣）為軍機大臣，使之參議機密重事，則內閣正式名存而實廢。凡不入軍機處者，均為閑員。但大學士之品級則分三等（太保、太傅、太師）。滿人大學士、尚書之官，均兼議政虛銜，不入軍機處，亦等於閑員。至1791年（乾隆五十六年）則將此議政虛銜亦除。
乾隆時期（1736年至1795年），擬旨仍由軍機大臣親自執筆，以後至於嘉慶時期（1796年至1821年），軍機大臣張廷玉薦舉汪由敦代勞。汪由敦則亦嫌勞頓又推給司員代擬諭旨，相沿日久，擬旨成為軍機章京之專職。軍機章京亦迅速增加至滿漢各十六人，分為二班值勤，每班領班稱“達拉密”。額外章京無定員，此製至清末未變。此外清朝之中央，又添設理藩院、內務府，並將宗人府、內務府、詹事府（理東宮之教學）、太常寺、光祿寺、太仆寺、鴻臚寺、太醫院劃歸帝室宮內私自管轄。另外還有鑾儀衛等機構。
清代中央官製的直轄係統，自雍正而後與明製有較大差異。
皇帝之下，直轄大臣為軍機大臣，非三公之臣；內閣已成為虛名和榮譽機構，隻負責宣布詔旨。其係統已為：
皇帝：
內閣（頒旨、執行）
軍機處（議政、擬旨）
都察院（監察）
內閣下為六部以及理藩院、翰林院、通政司、國子監、欽天監等。
清初內閣：以六殿閣之名設六殿大學士。乾隆十三年（1748年），裁中和殿大學士，增設體仁閣大學士。此六殿閣大學士為：體仁閣大學士、保和殿大學士、文華閣大學士、武英殿大學士、文淵閣大學士、東閣大學士。各大學士設滿漢各二員，清初期滿人大學士為一品，漢人大學士為二品，未久，順治十五年（1661年）滿漢大學士均為正二品，雍正八年又均升為正一品，均為特任官，並兼六部尚書銜（以後又不再兼此銜）。雍正還設協辦大學士滿漢各一員，以六部尚書兼充，佐理大學士之閣務。大學士之下，又設學士，滿人六員，漢人四員，兼禮部侍郎銜，其下又有侍讀學士，滿四員蒙二員漢二員，總計八人；以上為內閣主要官吏。以下又有侍讀、典籍、中書等等，負責繕寫、翻譯、簽署文件、記載諭旨、撰文等事。
六部：各部設尚書，滿漢各一員。左、右侍郎滿漢各一員。此外各部又設有郎中、員外郎。
都察院：專司糾劾百官，直隸皇帝和軍機處，各省大員無權幹預，是天子之耳目，為其監督百官。該院設有左都禦史，滿漢各一員，左副都禦史，滿漢各二員，右都禦史、右副都禦史同前。其下有掌印給事中、掌印監察禦史、江南道監察禦史、山東道監察禦史等各若幹員。
翰林院：設掌院學士二員，侍讀學士六員，侍講學士六員，侍讀、侍講各六員。此外還有經筵講官、日講起居注官等。
國子監：祭酒二員。
欽天監：監正二員。
通政使司：接受內外奏章，轉送內閣，設通政使二員，副使二員。
地方官：元朝始設各行省，明代因之，清代承之，以省為地方最高行政機構，設十八省。省下為道，道下為府，府下為縣、廳、州（三者為一個層級），道下有直隸之廳和州。十八省之外，又有特別行政區。它包括以下各部分：順天府、盛京、吉林、黑龍江；藩部（新疆、蒙古、西藏、青海）。晚清，又將新疆、青海、吉林、黑龍江劃為省。此外還有土司（少數民族官製）。
清代各省，有的有總督，有巡撫，有的省則隻有巡撫，而無總督，有的省則隻有總督而無巡撫。總督轄一省或二省。甚至三省之多。總督，正二品，綜理軍、政諸事，為地方最高長官，主管轄區一切內政、外交、軍事、經濟、考核、監督等。巡撫為從二品，其職責與總督略同，此外則具體管理關稅、鹽政、漕政，與總督之職略為平等，有時獨掌一省，則同於總督。