1月：
3日，清廷以勝保驕恣欺罔攜妓入軍，強妻英王（陳玉成）之妻，撤職逮捕審訊。又諭命直隸實行保甲製。
6日，宣布勝保罪狀，籍沒其家，所部兵勇，歸多隆阿欽差大臣接統。
13日，命張亮基以總督銜代理貴州巡撫，兼代提督。代理巡撫韓超、代理提督田興恕均撤職查辦。
本月中旬，江蘇巡撫李鴻章與英國人迪弗拉簽訂《會同常勝軍條約》十六條。暫以奧倫統領“常勝軍”，對太平軍作戰。由李泰國（英人，中國海關總稅務司）代表清政府與英國海軍軍官阿思本訂立《軍事協定十三條》，規定購買英國軍艦八艘，由阿思本指揮進攻太平軍。
17日，太平軍於紹興擊斃長捷軍首領賴伯勒東。常捷軍。是中法混合軍，又稱花頭勇，由法國人賴伯勒東率領，賴被清廷任命為代理浙江總兵，與左宗棠湘軍共同對太平軍作戰。武器裝備精良。另外還有常安軍，為中英混合軍，又稱綠頭勇，由英國人葛格統領（被清任命為參將），與常捷軍一同在浙江助左宗棠對太平軍作戰。
28日，諭左宗棠保舉湘籍人才。
29日，允普魯士換約。
2月：
4日，廣東舉人桂文燦進經學叢書，詔嘉勉。
13日，以李鴻章暫代通商大臣；以劉長佑為直隸總督，晏端書代兩廣總督。
劉長佑（1818～1887），1852年隨曾國藩創辦湘軍，對太平軍作戰。1856年支援江西，攻克太平軍之袁州、臨江等城。1857年，尾追太平天國翼王軍。經浙、閩、贛南輾轉至廣西。旋升廣西巡撫。1863年，調任直隸總督。
李鴻章（1823～1901），字少荃，安徽省合肥縣人。進士出身。1853年在家鄉辦團練，被太平軍打敗後，投靠曾國藩幕下。
本月，李鴻章經手，於上海設立廣萬言館，收14歲以下兒童，學習外語、自然科學。
3月：
20日，清廷采納李鴻章意見，命兩湖用漕折（折算成銀錢）購米，運至京師，免予課稅。
25日，英國軍官戈登接替奧倫任“常勝軍”管帶。戈登（1833～1885），英國人。英國軍官學校畢業。1860年，任英國侵華軍工兵軍官。參加燒圓明園暴行。1863年任常勝軍管帶後對太平軍統轄地區進行燒殺搶掠，村舍為墟。太平天國失敗後回國，1865年被蘇丹義軍領袖馬迪擊斃於喀士穆。
31日，撚軍首領張洛行被俘就義。
4月：
17日，詔封疆大吏：慎選牧令，薄賦輕徭，刪除繁苛，與民更始。
19日，禁止河南預征錢糧。
22日，命崇厚回任三口通商大臣。
23日，命劉長佑節製直隸諸軍。
27日，命英將戈登約束常勝軍。
30日，免浙省、西安錢糧二年。
5月：
1日，與丹麥遣使拉斯那弗議立商約。洋將達爾第福被太平軍擊斃。
5日，耆齡升為福州將軍；命左宗棠為閩浙總督，節製兩省軍務，命曾國荃為浙省巡撫，仍負責進攻金陵，由左宗棠兼代巡撫一職。
8日，實授吳棠漕運總督，仍節製江北軍務，並命其安撫江北難民。
14日，以雨水稀少，清廷下詔清理上下監獄。
15日，命福濟、景紋查辦西藏起釁事件。
17日，清廷詔命察恤陝甘殉難與被害良善回眾，旋詔雲南亦如此辦理。
26日，命侍郎薛煥在總理各國事務衙門辦事。
31日，劉長佑奏：“匪首”楊明嶺投誠。
6月：
4日，禮部議定先賢、先儒祀典位次，頒行各省。
5日，開墾直隸新城一帶稻田。
7日，以勞崇光為雲貴總督。勞接任總督後，仍駐貴州，遙治雲南，委降清回酋馬如龍、原雲南布政使岑毓英主持。馬、岑協力，解除馬德新武力，聯合地方實力派（漢人）梁士美，服從勞崇光。勞保舉馬如龍升任提督。清廷諭勞崇光克期赴滇消滅杜文秀回軍。勞於1866年（同治五年）至滇上任。先後鎮壓回眾各部，1873年（同治十二年），杜文秀失敗，大理失陷。杜文秀自殺。雲南回民起義終被鎮壓。
逮捕前代理巡撫田興恕，以“謝罪”於法國。
11日，賜翁曾源等二百人進士及第、出身、同出身。停四川畝捐。
17日，鄒縣會眾被鎮壓，首領劉雙印被捕。
18日，俄國軍隊侵入科布多境，拘捕台吉（清朝官職名稱）。