1月：
16日，罷蘇元春江南練兵職務，回任廣西提督。
22日，命陳澤霖招募勇壯駐江北操練，編成武衛先鋒右軍。
24日，詔命以端郡王載漪之子溥俊為同治（穆宗載淳）之嗣子，封為皇子（大阿哥）；以崇綺值弘德殿教授皇子溥俊讀書，命徐桐予以照料。此係西太後為廢光緒所作安排。
同時將廢光緒意宣示中外。兩江總督劉坤一與各國公使均表示反對。上海紳商一千二百三十餘人與擁護維新之民眾十萬人亦通電反對。後西太後被迫擱置廢黜光緒之舉。
29日，光緒下詔：朕（光緒帝）來年為三十壽辰，停朝賀、筵宴，止文武大吏來京祝壽。定本年庚子科為恩科鄉試，次年辛醜科為恩科會試。其正科鄉、會試，遞推於辛醜年（1901年）、壬寅年（1902年）舉行。
本月，孫中山與陳少白創辦之《中國日報》在香港出版。
2月：
5日，朝廷命醇親王載灃（奕之子，繼父王位）於內廷行走；命侍講寶豐值弘德殿；以光緒帝三十壽辰（5月23日為其生辰）停本年秋決。光緒諭內閣：開科取士，一依祖法舊章，不得好異喜新；稍涉背經離道，即予擯棄之。
8日，逮捕前曾上書，反對廢光緒之知府經元善，將其治罪，並籍沒其塚。
14日，朝廷下詔懸賞十萬兩大索康有為、梁啟超，毀其所著之書，閱讀其報章者，亦罪之。前數日鏟平其祖墳。
18日，平定三之夷亂，增設巴塘等處土官各職。
19日，總理各國事務衙門與法國人訂定廣州灣租約，租期為九十九年。
2月：
19日，為嚴禁義和團活動，光緒特諭：據總理各國事務衙門奏請，嚴禁義和拳活動等語。命直隸、山東各督撫剴切出示曉諭，嚴行禁止。使百姓鹹知私立會名，皆屬違禁犯法，務宜革除惡習，勉為良民，倘仍有執迷不悟，複蹈故轍，即行從嚴懲辦，勿稍寬縱。至於非教徒與教徒，同是清廷百姓，凡遇詞訟案件，地方官務當秉公審斷，但分曲直，不分民、教，不得稍有偏倚，以合乎朝廷一視同仁之至意。
上年，毓賢為山東巡撫時，對義和拳采取放任態度，將其改名“義和團”。及發生沂州教案，各國公使訴諸政府，毓賢被撤職，改任山西巡撫，仍上書清廷，反對鎮壓拳民。袁世凱接任山東巡撫後，對義和團采取殘酷鎮壓手段。義和團遂轉移於直隸，以仇教滅洋相號召，並拆鐵路毀電線等，直隸總督裕祿，優禮之，義和團遂以“扶清滅洋”為旗幟，與清廷相協合。清廷仇洋派王公大臣載漪、剛毅等，更欲利用義和團打擊洋人，因而義和團在京、津地區迅猛發展，本年春，山東義和團乾子團、坎子團，自魯北轉入直隸境，向天津發展，“京畿東南各屬，一唱百和，從者如歸，城市鄉村，遍設神壇，壇旁，刀戟林立”。京、津、保三角地帶，成為義和團活動中心地區。靖海縣有張德成、曹福田兩支義和團勁旅，共有團民數萬人。清廷已無力鎮壓。
3月：
2日，各國公使要求清廷下達剿辦義和拳諭旨。
5日，黃河決口山東省濱州。
9日，各國公使夫人於儀鑾殿覲見皇太後。
21日，訂立中德膠濟鐵路章程，由華德商人合修膠濟鐵路。
26日，與墨西哥訂定商約。
4月：
5日，命李盛鐸為賀德國皇太子聯姻專使；命呂海寰為賀德國皇太子加冕專使。
9日，濱州決口合龍。
10日，清廷以天旱不雨，詔中外詳審並關注囚犯。
11日，賞高賡恩四品京堂，值弘德殿。
14日，命內閣學士桂春充出使俄國大臣，旋命兼出使奧地利國。
16日，甘肅靖遠夷就撫，設置夷土官。
19日，命袁世凱汰疲去冗編成新兵二十營，增立一軍，為武衛右軍先鋒隊，總統由袁世凱兼任。
本月，梁啟超致函孫中山，提議選舉光緒帝為大總統。
清廷撥部銀十萬兩賑山東、貴州等地災區。
5月：
12日，罷善聯船政職務，以許應騤兼船政大臣。
17日，義和拳入京師。
20日，各國駐華公使之首席代表西班牙駐華公使葛絡幹，在法國駐華公使畢盛請求下，召集駐京公使團會議，英、美、俄、法、德、意、奧、西、葡、比、日十一國使節，全部出席。畢盛和德國公使克林德主張立即聯合出兵中國，對義和團進行鎮壓；英國公使竇納樂反對立即派軍入華，主張暫緩。會議最後決定：向中國政府提出照會六條：（一）嚴禁義和團的一切活動。（二）凡同情、支持和參與策劃義和團活動者，均作義和團論處。（三）對鎮壓義和團不力之官員均加懲處。（四）對企圖殺人放火、謀財害命之首惡均予處決。（五）凡在目前幫助、指導義和團者。均予處決。（六）於北京、直隸公布以上措施。擬定此照會後，又議決：如果五天之內未得圓滿答複，“騷亂”仍舊繼續，便組織一次海軍示威。
21日，葛絡幹將此照會送交清廷總理各國事務衙門。
24日，實授李鴻章為兩廣總督。同日，總理衙門奏稱：拳會造言煽惑，人心浮動，易肇事端，請諭令所司妥議防範章程。
26日，總理衙門答稱（答外交使團）：正奏請發布嚴厲鎮壓義和團上諭，所采取措施，與外交使團所提相同。
27日，慶親王奕勖和總理大臣崇禮接見各國駐京公使，表示對義和團堅決鎮壓，並親自承擔保護外國人之責任。各國公使繼續等待。
28日，晚，各國公使會議，共同決定致電本國政府要求派兵來華，並照會中國政府。
29日，各外國軍艦駛抵大沽口，其陸戰隊準備進攻天津、北京。
30日，午，停泊大沽口外之各國軍艦共十二隻。
29日，清廷諭內閣：近來京畿一帶，鄉民練習拳勇，良莠錯出，深恐別滋事端，疊經諭令京外各衙門，嚴行禁止。近聞拳民中，多有遊勇會匪，混跡其間，藉端肆擾，甚至戕殺官員，燒毀電杆、鐵路。似此頑不畏法，其與亂民何異。著派出之統兵大員，及地方文武，迅即嚴拿首要，解散脅從，倘敢列仗抗拒，應即相繼剿辦。現在人心動搖，遇事生風，凡有教堂、教民地方，均應實力保護，俾獲安全，而弭禍變。同日（29日）美國首先由霍爾上校、邁猷上校分別率陸戰隊五十二名，由大沽口乘船向天津進發，下午10時30分抵達。此時天津已有數月前抵達之英國陸戰隊二十五名。同日，各國駐京外交使團照會直隸總督裕祿：各國抽調士兵百名入京。清廷不予同意。
30日，英國派陸戰隊一百五十名抵達天津。
31日，清廷在各國公使威逼下同意各國派兵入京，但各國應以三十名為限，並且一旦事平，即行撤回。同日下午7時許，各國軍隊（“使館衛隊”）開始乘火車入京。英軍七十五名、美軍六十三名、意軍四十二名、日軍二十六名、法軍七十五名、俄軍七十五名，總計三百五十六名。德軍五十名，於6月1日抵京；奧、匈軍隊於3日抵京；6月6日，日軍增三十名人京。至6月8日，各國進京軍隊共近千人，是為八國聯軍之先頭部隊。
30日，拳民毀琉璃河、長辛店車站。朝廷命聶士成保護鐵路。
本月，拳民毀保定鐵路，副將楊福同前往鎮壓，行至淶水被殺。
6月：
2日，聚集渤海灣之外國軍艦共二十五艘：英、德、日各三艘；美、法、意各二艘；俄國九艘；奧匈帝國一艘。集中大沽口之各國軍隊，亦急速增加，至本月中旬，已達二千多人。
3日，清廷命榮祿：“拳民雖良莠不齊，究係朝廷赤子……該大學士不得孟浪從事，率行派隊剿辦，激成變端，是為至要”。
6月5日，以後，在軍機大臣剛毅默許下，義和團不斷進入北京，剛毅等還於家中設壇拜拳，西太後亦於宮中設香案祀之。
9日，晚，西太後於皇宮召開禦前會議，議定：“決計不將義和團剿除。因該團實皆忠心於國之人，如與以上等軍械，好為操演，即可成為有用勁旅，以之抵禦洋人，頗為有用”。對此，徐桐、剛毅等大員均表示積極支持。當時持異議者為榮祿、世鐸（禮親王、軍機大臣）。此時滿人亦多加入義和團，直隸境內團民不下二十萬人，清廷已欲剿無力，隻得順應招撫之。同日晚8時許，英國公使竇納樂獲得西太後於禦前會議決定驅逐外國軍隊之可靠消息。8時30分，竇即向英國駐天津領事賈禮士發出急電，讓他通知高級海軍軍官，派部隊登陸，為進軍北京作好一切安排。竇同時又發一電給在大沽口之西摩爾中將（英國）。俄國公使亦於同日發電俄政府，要求派軍侵華。法國駐津領事杜士蘭於家中召開各國駐津領事和各國陸戰隊指揮官緊急會議。英、美、日、意、奧各國陸戰隊指揮官均同意急速派兵入京，但俄國人拒絕出兵。正在紛爭之時，竇納樂的告急電又至。賈禮士當場宣讀：“情況萬分危急，若再不準備火速進發北京，那就太遲了。”會議當即決定第二天（10日）即派聯軍人京，由西摩爾中將任聯軍統帥，美國麥卡加拉上校任副統帥，並要直隸總督裕祿為其準備火車。
10日，淩晨（三、四點鍾），各國陸戰隊在塘沽登陸，欲從塘沽乘火車。裕祿以無朝廷旨意，不為備車。英國和德國人便搶占機車，以自己司機開車。9時30分，西摩爾率五百名聯軍乘第一列專車衝往北京；上午11時，德英日法俄聯軍乘第二列專車。本日共開出三列火車，運聯軍二千零五十三名。（亦謂二千零六十四人）此後一、二天內陸續有增加，總計不超過二千三百人。西摩爾以為很快即到北京，未多帶糧飯與子彈。聯軍於中午抵楊村，順利通過。繼於11日抵落垡。但車軌被拆，聯軍開始邊修鐵路，邊前進。
12日，傍晚，始抵廊坊車站，此處是天津至北京中分點，德國人於此修一格菲昂炮台。廊坊以下，鐵路破壞嚴重，聯軍隻好停車，開始大修鐵路。
14日，正當聯軍貯水修路前進之時，義和團三百人向聯軍發起攻擊。聯軍措手不及，即倉阜逃入車站。義和團手持長矛大刀跟蹤而至，正當此時，一隊美國兵開米，即以大炮轟擊義和團，義和團傷亡慘重，即轉身衝向美軍，附近村莊義和團眾，亦趕來助戰，將侵略軍圍困於廊坊車站，奮戰兩晝夜，在敵人機槍掃射下，前仆後繼，視死如歸，敵人亦不得不稱讚中國人之勇敢與愛國赤心。《惠泰爾日記》雲：“麵對著來福槍和機關槍秋風掃落葉似的射擊，還是勇猛衝鋒，真是不能想象世界上還有比他們更勇敢的人了。”義和團於本日，把西摩爾聯軍的後路切斷。下午，義和團數百人，向落垡車站進攻，此處三十名英軍，急向西摩爾求援，西摩爾即率部回救落垡，待落垡義和團撤退，聯軍仍幻想修路北犯。
15日，義和團又將落垡圍困。
16日，西摩爾分軍兩路：一路留守廊坊，一隊由西摩爾率領，回落垡固守，準備萬不得已時，於楊村沿水路犯京。
此前。11日，董福祥軍殺日本使館書記生杉山彬於永定門外。（該日本書記生未遵中國戒嚴令，態度蠻橫，中國士兵氣憤之下將其殺死。）董軍於京城焚燒教堂和街市，前門與前門外地區延燒四千餘家。
13日，西太後諭裕祿：命其“迅將聶士成一軍全數調回天津附近鐵路地方扼要駐紮……如有外兵闖入畿輔（近京地帶），定惟裕祿、聶士成、羅榮光是問”。本日，俄軍開炮轟擊赴天津火車站之義和團，義和團死傷慘重，怒而進攻天津租界。本日至15日，三天中，清廷仍繼續公開下達鎮壓和解散義和團諭旨多次。
15日，下午，北京義和團攻擊西什庫教堂。同日拳民於京師五城坊市活動，發生流血事件。清廷命神機、虎神營，武衛中軍巡街分駐九門，監管城門開、閉；令李鴻章、袁世凱入衛京師。
16日，西太後再開禦前會議，光緒在場，反對用團民肉體對洋槍搏戰，但隻詰責臣下未能彈壓拳民，未及其他。西太後則曰：“法術不足恃，豈人心亦不得恃乎？今日中國積弱已深，所仗者人心耳，若並人心而失之，何以立國？”決心利用義和團對洋人開仗。決定二項：（一）對義和團開一麵之網，勒令解散，其有力精壯者可招募為軍，免其生事。（二）義和拳民化莠為良有無把握，派世鐸等細加體察，謀定而後動，萬不可孟浪從事。同日諭內閣，命榮祿速派武衛中軍加強保護東交民巷使館區。在公開上諭中，清廷仍稱義和團為拳匪。同時，經過討論，議定對聯軍開戰。
同日又諭：
“現在各國使館，已飭榮祿派武衛中軍等，認真保護，明降諭旨矣。此後各國如有續到之兵。仍欲來京，應即力為阻止，以符張冀等與杜士蘭約定原議。如各國不肯踐言，則釁自彼開，該督等須相機行事，朝廷不為遙製。萬勿任令長驅直入，貽誤大局，是為至要。”
同日，命李瑞遇、王懿榮為京師團練大臣；李秉衡、馬玉昆領兵來京。當日晚，拳民燒正陽門城樓。清廷又命剛毅、董福祥募拳民精壯者編組成軍，餘者遣散。
17日，清廷命各省調兵入衛京師；外國聯軍攻擊大沽口，提督羅榮光敗走天津，死之，大沽口陷落。直隸總督卻以捷報奏聞。清廷發內庫銀十萬兩，犒賞各軍。
本日，義和團火燒天津各教堂；聯軍一百七十餘人攻擊天津武備學堂學生，學生均奮起反抗，英勇不屈。聯軍即放火焚燒武備學堂，學生大部分被燒死。天津清軍立即往援，見學生屍體枕藉，並在烈火中燃燒，憤激異常，即對天津租界區——紫竹林展開猛攻。此時天津中國駐軍為聶士成武衛前軍，共七千人左右，前來之義和團有三萬人。聯軍欲奪取天津，作為根據地，進一步攻占北京。但必先解租界之圍，使大沽、老龍頭車站、紫竹林聯成一氣，然後從海上增兵，進而奪取天津城。直隸總督裕祿則決定消滅租界敵人，保住天津城，然後進而收複大沽口。雙方展開激戰。至本月28日聯軍在大沽口登陸之兵已有一萬四千五百人。
18日，西摩爾聯軍至附近村莊搶掠食物，空手而歸。董福祥甘軍與義和團對之聯合攻擊，騎兵在前，步兵在後，迅速逼近廊坊車站，但迎麵遭到俄軍之排槍射擊。馬隊改繞小村向右側攻擊德國軍隊。步兵與義和團對聯軍戰鬥兩小時，聯軍傷亡五十四人；清軍和義和團傷亡幾百人（法國人估計為四百人）。下午1時，戰鬥結束。同日，清廷諭軍機大臣等，委主戰派徐桐、崇綺、奕助、載漪與軍機大臣會軍商務。
19日，清廷命許景澄、那桐往告各國公使，迅速出京。至本日，西太後連召各王、大臣會商時局對策，載漪主對外開戰態度甚堅；載勳、載濂、載瀾、徐桐、崇綺又均附和之；榮祿則依違其間，全無定見。許景澄、袁昶，則反對對外開戰，認為對拳民應當剿辦。
同日，淩晨4時，西摩爾聯軍見中國軍隊加入戰鬥，前進已無希望，開始從楊村向天津回撤。此時白河橋已經破壞，西摩爾聯軍已不能乘火車退去，便將輜重、傷員置於九隻木船，由北運河向天津撤退，各國軍隊，則沿運河步行，沿途不斷受到義和團和清軍的攻擊，狀極狼狽。晨六時，殿後部隊亦撤走。22日，撤至西沽，即被圍困，不得突圍。24日，聯軍得一名清軍士兵，為其密往天津送信。25日晨4時許，天津紫竹林租界組成一支救援部隊，共二千五百餘人，以俄軍為主，出發增援。7時許，抵達西沽地區，西摩爾聯軍解圍後，即將西沽軍庫焚毀（價值幾百刀兀），於26日晨2時許（亦雲三時許），向天津撤退，上午11時半，撤回天津租界。聯軍此次入侵行動，共死亡六十二人，傷二百二十八人。亦雲傷者二百三十八人或三百十二人。