1月：
13日，為準備廢科舉，朝廷特發諭旨曰：興學育才，當務之急。據張之洞同管學大臣會訂學堂章程所稱，學堂、科舉合為一途。使士皆實學，學皆實用。自丙午科（光緒三十年亦即1906年）為始，將鄉、會試中額及各省學額，按照所陳，逐科遞減，候各省學堂辦齊確著成效，再將科舉、學額，分別停止，以後均為學堂考取，屆時候旨遵行。即著各該督、撫趕緊督飭各府、廳、州、縣建立學堂，並善為勸導地方，逐漸推廣，無論官立、民立，皆當恪遵列聖訓士之規，謹守範圍，端正趨向，不準沾染習氣，誤入奇衷……務期教學相長，成德達材，體用兼賅，以備國家任使，有厚望焉。所說體用，即：中學為體，西學為用。
14日，改管學大臣為學務大臣，由孫家鼐出任該大臣。
23日，清廷殺廣西反清首領覃誌發。
25日，光緒詔內務府再減宮廷費用，罷一切不急工程。
27日，設練兵處，命奕勖等管理，以徐世昌充練兵處提調，劉永慶充軍正司正使，段祺瑞充軍令司正使，王士珍充軍學司正使。
本月，孫中山於檀香山發表《駁保皇報》一文，力駁其革命足召瓜分之論，力主中國當時，必須實行革命，建立民主政體。文雲：“又日中國之瓜分在於旦夕……雲雲，曾亦知瓜分之原因乎？政府無振作也，人民不奮發也……滿政府今日已矣。要害之區盡失，發祥之地已亡，浸而日削百裏，月失數城，終歸於盡而已，尚有一線之希望者，惟人民之奮發耳……又嚐謂中國人無自由民權之性質，仆（我）曾力斥其謬，引中國鄉族之自治……惟中國今日富於野蠻之自由，則他日容易變為文明之自由。倘無此性質，何由而變？”
《女子世界》創刊於上海。主編丁初我、曾樸，宣傳女權與革命。
2月：
5日，置翰林學士，並增員缺，定品級。
10日，日俄戰爭於中國東三省爆發。1903年4月，俄國第二次撤軍時，又提出必須保留若幹軍隊駐鐵路沿線，及黑龍江、鬆花江兩岸，並提出撤軍七條件（見前1903年4月29日），此七條顯示撤軍後繼續保持俄國在東三省獨占權益。其他列強當然不幹，於是有日、英、美三國對清政府之聯合警告，要清政府拒絕俄國要求。中國政府拒絕後，俄國不再撤兵，反而重占奉天，不再承認交收條約。美國則“勸”中國開放牛莊、奉天、大東溝為通商口岸，對此，俄國同意，但於1903年5月又提出四項要求：
（一）擴張華俄道勝銀行營業權，由該行管理營口稅務。（二）由北京經張家口至庫倫、恰克圖之鐵道由華俄道勝銀行修造。（三）奉、吉兩府設交涉局，由中俄兩國派員組成。（四）西藏西北部實行中俄協同行政製度。
此四項要求使俄國勢力控製滿、蒙與西藏北部地區，其勢力範圍大增。俄國陸軍大臣克魯巴金亦於日本見到日本人反俄情緒之大，即回旅順召開軍事會議，準備對日軍作戰。俄駐華公使雷蒙薩爾更向清廷表示，即使有列強幹涉，俄國亦不會無條件撤軍，即因此與日本開戰亦不辭。6月，日本政府向俄國提出會商遠東特殊利益問題。俄國令駐日公使及遠東總督亞列克謝夫與目方談判。日本提議“尊重”中韓二國“領土、主權完整”，俄國承認日本在韓國有優越權利；日本承認俄國於中國東北經營鐵路之權。經過考慮，俄於10月提出對案，指出日本對中國東北無發言權，但要求在韓國設中立區。日本對此，極為憤怒，因而有民眾示威，要求日本政府采取強硬態度。本年2月4日，日本天皇召開禦前會議，決定對俄作戰，令其公使拔旗歸國。2月8日，派軍艦襲擊旅順、仁川。
本年2月10日，日、俄雙方同時宣戰，戰爭於中國東北地區爆發。這是中國之奇恥大辱，東北民眾，受損亦巨。各國繼之宣布中立；清政府亦恬然宣布中立。東北民眾因受俄人之多年迫害，偏向日本，並暗中幫助日本，實是前門趕出虎，後門引入狼，所來者均獸也。日軍三十萬人由韓國北上，分四路進攻俄軍，並以海軍封鎖旅順口。在中國東北，日俄雙方經八次肉搏血戰，俄國軍力不支。至1905年1月，俄軍投降。
12日，因日俄在東三省開戰，清廷命各省督撫嚴守中立，身居“局外”，並曉諭軍民人等。
15日，授榮慶為軍機大臣。
19日，移廣西鹽道駐梧州，兼任關監督。黃河決口利津王莊。
20日，光緒於乾清宮見歐美各國公使。
本月：免直隸安州被澇、昆明被旱地畝租糧。
商部訂立《商律》九條、《公司律》一百三十一條，上呈朝廷。雲貴總督丁振鐸奏請力行變法，該奏折謂：日、俄在中國衝突而各國不予問聞，在欺我中國如蠻邦，中國日言變法，而毫無實效，列國亦不相信。當此事變之亟，如得皇上國書，堅與誓約，力行改革，期不數年即悉如泰西各國而後已，則歐美各國見我國實圖自強，則會出麵幹涉日、俄在中國衝突。且當此之時，我中國，亦不能不變法以圖存。“日本變法之明效如彼，我未變法之吃虧如此，則變與不變，不待再計而決矣。所慮者，若再因循。恐雖圖變法而已受分割，被日挾製，無可以自變之日，”
3月：
6日，雲南普洱鎮總兵高德元被定為玩忽職守殃及黎民罪，處斬。
11日，《東方雜誌》於上海創刊。初為月刊，後改為半月刊，至1948年12月停刊，為當時中國延續時間最長之雜誌。
16日，朝廷以西太後七十壽辰，停本年秋決。
17日，日蝕。
24日，台灣嘉義、鬥六、鹽水港大地震，死一百四十五人，倒三千餘家房舍。
26日，光緒於乾清宮見葡萄牙使臣白朗穀。
31日，孫中山離檀香山赴美國大陸。
4月：
2日，利津決口合龍。
6日，清廷諭軍機大臣：允準駐藏幫辦大臣桂霖移駐察木多。以資震懾，並令駐藏辦事大臣有泰，妥辦印藏邊界英軍逼近，藏人與之對峙事件。