二、宋元時期孔氏南宗與書院教育
據吳萬居在《宋代書院與宋代學術之關係》附錄中所列，衢州當時書院有明正書院、石門書院、逸平書院（按：時稱南塘書院）、江郎書院、克齋書院、崧山書院、集義書院、包山書院、柯山書院、清獻書院、橋南書院等11所。《衢州文史資料》第七輯《衢州的書院》又列有九峰書院、雞鳴書院、高齋書院等3所。其實，南宋時衢州書院數量極為龐大，據劉高漢的統計，僅開化縣就有雙竹園義學、華埠七虎堂、霞山書舍、南山書院、包山聽雨軒（按：包山書院前身）、下莊一峰書院、村頭屏山書院、長虹逢辰書院、楊林西川學院、崇文書院等，這在一定程度上反映了南宋時期衢州書院發展的狀況。南宋時的衢州書院不僅數量眾多，而且不乏地位重要、影響重大的著名書院，“南宋時全國較著名的書院有二十二所，在浙江的就有寧波甬東書院，紹興稽山書院，金華麗澤書院，衢州柯山書院、清獻書院，淳安石峽書院，共六所”。衢州書院在當時講學之風極盛，有許多知名學者講學於各書院。
南宋時期，柯山書院之所以發展成為在全國具有重要影響的書院，很顯然是與孔氏南宗族人的教育活動直接相關的。人稱“徑畈先生”的理學大師徐霖曾任柯山書院山長，影響頗大。徐霖以其出眾的天資和執著的精神，努力經營書院，“年十三即有誌聖賢之道，研精六經以探其要”，“天質既高，學力又到，由至誠以達日用，本末備具”；徐霖在柯山講學期間，“遠近之士贏糧來遊三千餘人，趙汝騰寄詩‘聽講三千三百人’”，其盛況由此可見一斑。徐霖去世以後，郡守謝奕中請孔元龍出任柯山書院山長。孔元龍為孔子第五十世孫，學識過人，勤奮好學，“嚐從真西山遊，篤學尚誌，閉戶著述，作《誨忠策》，又輯《洙泗言學》四十餘章，西山稱其‘以先聖之裔而研精先聖之書，其所發明有補學者’。上其書於朝，帝嘉之，授迪功郎”。孔元龍勤於著述，著有《柯山講義》《論語集說》《魯樵斐稿》等，《授孔元龍迪功郎製》稱讚其“著書立言，諸老所惟許”，從中也可見其學識在當時影響之大。他在任柯山精舍山長期間，弟子甚眾，他以德為先，求真務實，為人師表，健全完善書院管理製度，從而使柯山書院盛極一時，“發揚光大先聖‘道之以德，齊之以禮，有恥且格’的觀點，用德治院，用德治學。他‘知之為知之，不知為不知’，實事求是，‘言必有中’。他講禮治，製定出一係列管理書院的規章製度，以身作則”。其深厚的學養、誨人不倦的精神，深得士人愛戴，“卒之日，門弟子三百哭之，私諡曰‘文介’”。南宗族人中擔任柯山書院山長的還有孔演。孔演“曾於至元十九年（1282）陪同族兄孔洙入覲，至大德間（1297—1307），始以恩例任柯山書院山長，繼升嘉興路教授”，任嘉興路教授期間，又積極興學，推動了當地教育的發展，“建義學八齋，小學頤講之堂靡不重新焉”。通過徐霖、孔元龍、孔演、馬端臨等曆任山長的積極努力，柯山書院在宋元時期久享盛名。
除此之外，孔氏南宗族人於宋元期間在各地創辦書院，其中影響較大的有孔元虔創建的馬州書院、孔思俊創建的大同書院等。孔元虔深受家學影響，其五世祖孔若罕“高亢不群，長於《春秋》之學”，在南渡途中滯於泰興後，定居於龍開河畔，“與其子端誌各授弟子業，從遊日眾”，並為子孫立下了“治生勿求富，讀書勿求榮”的家訓，積極從事教育活動，受到廣泛讚賞。淳祐元年（1241），孔元虔因避難來到馬州（今江蘇靖江）後，繼續從事教育活動，“鹹淳間，書院落成，教授複如初”，馬州書院在當地產生了重大影響，後來書院毀棄令人們惋惜不已。元代學者王逢曾賦詩感歎：“先輩俱冥漠，諸生罷講論。斷編塵樹冷，遺像網蟲昏。不改弦歌俗，終歸禮義源。江南遊學士，瞻拜敢忘言？”孔思俊為孔洙次子，曾任同安縣尹，政績突出，被《福建通誌》列入泉州府名宦。朱熹曾在同安講學，影響甚大。孔思俊在同安任職期間，為大力弘揚理學，極力主張創建書院，他說：“昔先正朱文公主是邑簿，民至今稱之，今國家表章理學，凡文公舊所誦習之地，悉為立學，設師弟子員，閩中最盛，同安獨闕焉，非所以致尊崇也。吾將興舉墜典，何如？”這一倡議得到大家的積極響應。大同書院於至正十一年（1351）正式建成，長期以來成為當地士人引以為豪的大事，“泉郡上其事於憲帥二府，適覃懷許公為閩海憲使，即為上聞，請額於朝，以列學宮，邑人榮之”。至正十六年（1356），閩中名士林泉生所撰的《大同書院記》結尾寫道：“邑諸生王芳孫、謝宜翁、孔克原、鬱璋，邑吏林英皆服集事”，其中的孔克原為孔公溥兒子，在大同書院創建中發揮了重要作用。