4.桐鄉《孔氏宗譜》。不分卷，孔憲文等纂修，清光緒三十三年（1907）刻本。桐鄉孔氏始遷祖為孔公昉。孔子第四十九世孫孔瓚隨孔傳扈駕南渡，“後寓居湖州，子孫家焉，為吳興本支所自始。十傳至公昉，遷居桐鄉之青鎮，為東園孔氏所自始”。此家譜包括序例、孔子年譜、像讚、世係傳、傳記等主要內容。
5.慈溪《四明慈水孔氏宗譜》。二十卷，首一卷，孔廣鼐纂修，民國24年（1935）前聖祠木活字本。慈溪莊橋支始遷祖為孔文祐。宋室南渡之初，孔琛流寓奉化，至孔子第五十一代孫孔文祐遷居慈溪。此家譜主要包括廟林圖考、規訓、世係圖、世係傳、家傳等內容。慈溪支還有《四明慈水孔後聖祠家譜草本》二卷，民國20年（1931）孔積善堂鈔本，主要包括序文、曆代褒崇、孔子編年、宗子世係傳等內容。
6.《興化孔氏支譜》。十二卷，孔憲榮纂修，清宣統元年（1909）木活字本。興化支始遷祖為孔宏賢，由句容遷居興化。孔憲榮在譜序中清晰地交代了興化支的源流：“而若古公六子端隱公遷句，若古公之玄孫元遷公再遷句，是南渡而句容者兩支也。遷興則元遷公後也，元遷公十世孫宏賢公始遷興。”此家譜主要包括孔氏本源考、孔門紀要、大宗世係圖、流寓支派、散寓世係傳、南渡世係傳、遷句（容）世係傳、遷興（化）世係傳等內容。
此外，孔德成編訂的《孔子世家譜》、孔廣馥等編訂的《鎮江孔氏宗譜》（清同治十一年木活字本）也對南宗支係作了相關記載。
《浙江家譜總目提要》的孔姓部分也介紹了14種孔氏家譜，存目介紹了9種孔氏家譜。現將《上海圖書館館藏家譜提要》未作介紹的部分孔氏南宗家譜擇要介紹如下。
7.蕭山《孔氏宗譜》。二十六卷，孔繼昌主修，孔昭楨編纂，民國7年（1918）詩禮堂木活字本。孔昭楨的《戊午續修宗譜跋》對蕭山支的情況作了說明：“吾族譜係向統一於闕裏，自四十八代祖端友公昆季扈蹕南遷，由是支分衢魯。五十二世祖萬山公由衢而之錢塘，由錢塘而之蕭山，至六十二世祖五經博士聞音公持譜來蕭，會合宗派。”但是，孔萬山為孔端思之四世孫，孔端思時已宦居錢塘，該譜的“曆世行傳”介紹孔萬山時說“居錢塘定南鄉瀧潭”，說孔沁於“洪武初由錢塘遷居蕭邑礫山之南”。從中可知，孔端思當為蕭山支始祖，孔沁為始遷祖，那麼孔昭楨一說則值得質疑。而《衢州孔氏南宗家廟誌》則載：“建炎中，端思隨孔傳、孔端友南渡，滯留於杭州。後舉家渡過錢塘江，避居於杭州鄉間。五傳至孔泌分出蕭山支。第五十三世孫孔泌，明洪武初年由錢塘遷居蕭山礫山之南”，這顯然與蕭山《孔氏宗譜》“曆世行傳”中的說法一致。此家譜在杭州市蕭山區圖書館、衢州市博物館均有收藏，主要包括碑文、家規、誥命、傳讚、世係、行傳等內容。
8.蕭山《黨山孔氏宗譜》。二十四卷，附一卷，孔慶璋等主修，孔憲彭等編纂，民國8年（1919）詩禮堂木活字本。黨山孔氏始祖為孔端友，始遷祖為孔汭，孔汭於宋代自衢州宦居山陰縣黨山村。此家譜由紹興市圖書館收藏，主要包括家規、譜序、源流、祭期、雜文、傳文、女傳、世次、係圖等內容。
9.蕭山《富春孔氏宗譜》。四卷，孔憲雲主修，張錫增編纂，1949年詩禮堂木活字本。富春支始祖為孔萬善，元代自衢州遷居蕭山苧蘿鄉，後孔聰四於康熙年間（1662—1722）自蕭山遷居富陽縣虎爪塢。此家譜由衢州市博物館收藏，主要包括譜序、凡例、闕裏世譜、敕命、傳、行略、係圖、行傳等內容。
10.寧波《四明慈水孔氏宗譜》。二十卷，首一卷，附一卷，孔傳林主修，孔廣鼐編纂，民國14年（1925）前聖祠木活字本。該支基本情況前文已作介紹，此家譜由寧波市天一閣收藏，主要包括聖容、聖廟圖考、聖林圖考、祠規、家訓、祀典、藝文誌、宗派總論、流寓支派、家傳、行傳等內容。
11.東陽《孔氏宗譜》。八卷，孔廣林主修，嘉慶元年（1796）木活字本。《浙江家譜總目提要》說：“始遷祖：端躬，南宋建炎四年（1130）自台州府城遷居至東陽縣斯村村（今屬巍山鎮）。”此家譜由東陽市檔案館收藏，主要包括家規、世係圖、世傳、記、序、詩、傳、讚、行狀等內容。