此後，鐵木真揮軍向塔塔兒進攻，一舉將敵人擊潰。潰軍西逃，鐵木真又窮追至兀魯回失連真河（在今東烏珠穆沁旗境內），殺死了他們首領，掠獲了大批塔塔兒人。然而在戰鬥中仍然發生了嚴重的違紀事件。違紀的是以前推舉鐵木真為汗的乞顏氏貴族阿勒壇（忽圖剌汗之子、鐵木真的堂叔）、答裏台斡赤斤（鐵木真的親叔）、忽察兒（捏坤太子之子、鐵木真的堂兄）三人。他們依仗親貴和輩分比鐵木真高的身份，未等分配戰利品，便開始搶奪財物據為已有。
為了維護汗權的尊嚴，做到令行禁止，鐵木真派哲別、忽必來二人毫不客氣地沒收了他們搶獲的財物。答裏台斡赤斤三人為此心懷不滿，不久便脫離鐵木真，投往王罕一邊，並且參與攻擊鐵木真的行動。
然而鐵木真這次鞏固汗權，製裁舊貴族的果斷措施，為提高軍隊的戰鬥力，最終取得統一高原的勝利，發揮了十分重要的作用。
征服了塔塔兒之後，鐵木真在一個大帳房裏召集乞顏氏貴族開會，商議如何處置塔塔兒部眾。最後，他們決定把他們像車軸高的男人，不用問就殺死，把餘下的婦女和兒童，分給各家，當作守門的奴隸！
被俘的塔塔兒人知道他們將麵臨像車軸高的男人都被殺死的厄運，便在大屠殺開始之前，每個人都袖藏一把利刀，到時與進行屠殺的人展開了殊死的搏鬥，使鐵木真的軍隊再次遭到極大的損失。
塔塔兒的被消滅，標誌著東部蒙古各部已被鐵木真征服。這對於他日後向高原的中部和西部擴展十分有利，他可以沒有後顧之憂地進攻或者後退，不必擔心來自東西部敵對勢力的兩麵夾擊。
消滅克烈部
在征服塔塔兒後，鐵木真的勁敵就剩下西部蒙古各部了，而西部蒙古各部中實力最強大就是克烈部，其實力也在鐵木真之上。但麵對鐵木真無人可擋的鋒芒，王罕也緊張起來，加上逃亡的劄木合的挑撥，王罕決定先發製人，對鐵木真發動襲擊。
但是，由於王罕部下的兩個牧民透露了消息，鐵木真已做好了戰鬥的準備。王罕的攻擊沒有摧垮鐵木真，反使他的兒子桑昆受了箭傷。
然而，王罕畢竟兵多將廣，實力雄厚，鐵木真是經不起這種消耗戰的，因而不得不把部隊撤走，並派人向王罕求和。
失敗的鐵木真在艱難中收集部眾，同時苦苦地等待時機。很快運氣站在了他這一邊。王罕在1203年春擊敗鐵木真之後，他誌驕氣盛，竟然忘乎所以了，同金朝發生了衝突。金朝派軍隊征討王罕，王罕大敗潰逃，元氣大傷，這樣他最後失敗的厄運也就很快降臨了。鐵木真看準了這個時機，準備在這一年的秋天突襲王罕。
鐵木真決定在實施突襲王罕之前，使用詐降術。他以合撤兒的名義向王罕派出使者，使者是合撤兒的部下照烈部人。王罕早就知道這兩名使者是跟隨合撒兒的人，因此對他們的話深信不疑。他十分讚許使者說的話，很好地款待了他們，還派自己的親信亦禿兒堅隨他們一起去見合撒兒，以便雙方結盟。
當鐵木真發現王罕思想鬆懈、失去警惕時，他發動了突然襲擊。
鐵木真的軍隊連夜不停地驅馬前進，逼近了王罕的住地。這時毫無戒備的王罕正搭起金帳，在裏麵宴飲，但轟轟的馬蹄聲驚醒了他的迷夢。
王罕的那可兒們頑強抵抗，戰鬥十分激烈，一直持續了三天三夜，最後克烈人戰敗投降。
王罕敗逃，在鄂爾渾河畔被乃蠻人所殺。他的兒子桑昆一直逃到合失合兒（今新疆喀什），也被當地人殺了。
就這樣，風雲一時的王罕及其克烈部被消滅了，這使鐵木真掃除了他統一高原的最大障礙。在整個統一蒙古高原的過程中，王罕曾屢克群雄，討滅了不少大大小小的割據一方的部落，在這個意義上來說，他是有功業的。如今王罕的基業已為鐵木真所有，他就此成為高原上最強大的勢力，因此，對王罕作戰的勝利是鐵木真取得成功的關鍵之一。
擊敗乃蠻部落
克烈部敗亡後，無處立身的劄木合隻好投奔到乃蠻人那裏。乃蠻是一個文化發達、建立了政權的大部落，當時的統治者叫塔陽汗。塔陽汗得知克烈部被消滅、鐵木真統一了大半個蒙古的消息後非常惶恐，加上劄木合的挑撥，決定以鐵木真為敵。他采取的對策是：南聯汪古，上下夾擊。但是汪古人不願與鐵木真結怨，反而把塔陽汗的計謀告訴了鐵木真。鐵木真知道這個消息後，知道與乃蠻的戰爭不可避免，於是一麵通過中亞的商人摸清乃蠻的軍隊實力和部署，一麵再次整頓自己的軍隊，以增強戰鬥力。他把自己的軍隊按十人、百人、千人組織起來，任命自己的親信當百夫長和千夫長；設置“扯兒必”（把總）管理輥重；挑選精兵組成“怯薛”（護衛軍）；又從精兵中挑選上千名勇士當前鋒。這樣一支機動靈活、配合協調的軍隊，是非常適應草原作戰的需要的。