麵對著在自己麵前並排而立的龐培的殘兵敗將，愷撒首先命他們放下武器。俘虜的總數是2.4萬人。其中有人痛哭著伏於愷撒腳邊，乞求愷撒饒其一命。
愷撒讓這些人站起身來。為了消除俘虜們的恐懼，他針對自己的戰爭行為和寬容的精神作了一番小小的演說。接著，他給予了所有人去留自由的權利。他不僅告訴眾人，他將給予他們自由，還命令己方士兵不得對降兵施以危害，也不可掠奪這些人所帶的物品。接著，他命令徹夜挖壕溝的四個軍團的士兵回到陣地休息，而自己則率領原本守衛大本營的、已得到充分休息的四個軍團前去追擊龐培。然而龐培已經乘上運輸小麥的船，出海往東方逃去了。無奈的愷撒隻好暫時返回法薩盧斯平原。他必須確立戰後的善後政策，並給予士兵們相應的指示。
“法薩盧斯會戰”是曆史上有名的愷撒和龐培之間的對決，其結果是戰敗的龐培方戰死人數達到6000人，俘虜人數達到2.4萬人。在被釋放的俘虜中，有愷撒的情人塞維利婭強烈拜托他照顧的兒子，37歲的馬庫斯·布魯圖。愷撒下令所有的士兵不得殺害布魯圖，並讓他們在俘虜中找到他之後，馬上向愷撒報告。馬庫斯·布魯圖和其他俘虜一起被釋放了。雖然愷撒沒有強求，但他還是和那些沒有跟隨龐培的高級官員一起逃走的其他士兵一樣，作出了向愷撒表示效忠的選擇。
愷撒這邊的傷亡狀況，陣亡者為200人，其中有30人是百人隊隊長。這30人，就是開戰前對愷撒說“不管是生還是死，一定要打一場讓愷撒不得不感謝自己的戰鬥”的精銳老兵，庫拉斯提努斯也身在其中。這名百人隊隊長，是被敵人在麵門上用劍直擊致死的。
擺在愷撒麵前的，是龐培軍隊的9麵軍團旗，加上大隊旗和中隊旗，總共有180麵旗。龐培軍隊總共有11個軍團，11個軍團旗中已經有9麵落在了愷撒的手中。作為羅馬人，僅僅隻憑這個數據，就已經能計算出愷撒此番的戰果了。
失敗的龐培方的重要人物中，隻有阿赫諾巴爾布斯在逃跑過程中被愷撒方的士兵殺死。
其他的重要人士，龐培和梅特魯斯·西庇阿，以及上年的執政官馬爾凱魯斯和雷托魯斯四個人，都躲在強征來的小麥運輸船中逃走了。
西塞羅和小加圖，因為被命令留守都拉斯，並沒有參加法薩盧斯會戰。在亞得裏亞海指揮海軍的龐培的長子格涅烏斯，也沒有參加法薩盧斯會戰。指揮右翼的亞弗拉尼烏斯，以及跟隨他的在西班牙與愷撒交手有敗陣經曆的佩托雷烏斯和瓦羅，還有比任何人在軍事能力上都更得到龐培認可的因此在龐培軍中擔任作為主戰鬥力的7000名騎兵指揮的拉比埃努斯。以上4個人，在那場大潰敗中成功地逃到了都拉斯。身為指揮官的他們，都是騎馬逃離戰場的。
但是，逃到都拉斯的這4個人，以及留守的西塞羅、小加圖和其他龐培派的元老院議員們一致認為，雖然都拉斯位於海峽的尖端，防衛也很堅固，但是畢竟還有一端和大陸相連，在這裏不容易繼續抵抗下去，於是，全體人又舍棄了都拉斯，轉移到沒有海軍的愷撒不容易攻擊的克基拉。
在克基拉島上，除了逃往東方的龐培等人外，這些重要人士加上龐培的長子格涅烏斯一起召開了一次會議。
會議的結果是，大家又一致認為克基拉不夠安全。因為從意大利南部到島上隻需要兩天的海路時間，乘著法薩盧斯會戰勝利的勢頭，愷撒軍隊說不定什麼時候就回意大利組建船隊，渡海前來。
於是，趁著現在龐培方還擁有強大的海軍，大家決定逃往有利於海軍作戰的北非。北非的行省擁有消滅愷撒派將領庫裏奧4個軍團的碩碩戰果。他們決定在那裏等待龐培，集齊士兵卷土重來。
但是，也有不讚成這個方案的人說，法薩盧斯會戰失敗不僅僅是戰爭上的失敗，而是完全地敗給了愷撒。因此，他以後想從政治生活中引退。
公元前51年的執政官，強硬的反愷撒派馬庫斯·馬爾凱魯斯說，他決定前往希臘的一個小島，在那裏度過餘生，從此告別羅馬的政治舞台。