看到這些現狀，龐培本來打算在敘利亞卷土重來的氣概頓時煙消雲散。在小亞細亞和敘利亞都無路可逃的龐培，最後還剩下兩個選擇：第一是前往北非，與法薩盧斯會戰後逃往那裏的龐培派重要人士會合。第二就是依靠埃及。這兩個選擇，不管哪個都是有利有弊。如果前往北非的話，他的長子格涅烏斯也在那裏，亞弗拉尼烏斯、佩托雷烏斯以及拉比埃努斯和小加圖都在那裏。但是，前往北非的弊端就是，無法忽視和北非行省接壤的努米底亞王國。他能夠殲滅庫裏奧及其軍隊，與其說是北非的龐培派的功績，倒不如說是努米底亞國王的功績。表麵上是同盟國、實際上是附屬國的努米底亞，顯然憑這一件事擁有了更強的話語權。對這個一輩子都被當成羅馬第一武將、擁有和亞曆山大大帝一樣的尊敬稱謂、被稱為“偉大的龐培”的龐培，雖說是吃了有生以來第一次敗仗，但是要他逃往附屬國，看附屬國國王的臉色，那是他的自尊所不能允許的。逃往埃及的話，有利的一點就是現在的埃及是由姐弟倆共同統治的，他們的父親，也就是埃及的先王，是在龐培的鼎力幫助下從一度被驅逐的廢王重新複位的。為了穩固王位，龐培給手下的將領蓋比尼烏斯配備了一個軍團鎮守亞曆山大港。也就是說，現在統治埃及的王朝，是龐培的“藩屬”（被保護者）。其實，早在和愷撒對決前，龐培就對東方諸城邦要求派出援軍。為了響應這個要求，埃及兩個統治者之一的姐姐克婁巴特拉和她的弟弟提供了50艘軍船作為援助。響應patronus 的要求，是clientes 應盡的義務。
這樣的相互扶持關係，應該是父子相傳，這是羅馬人一直深信不疑的。但是，這種羅馬獨特的人際關係，如果在羅馬以外的地方也受到尊重的話，那也更多是因為利益的考慮，而不是出於對傳統的尊重。根本不習慣失敗而又因為處處吃閉門羹而意誌消沉的龐培，已經失去了直麵這種人生現實的勇氣。或許，他是在從不知挫折為何物的人生裏，變得不知如何麵對這世態炎涼吧。如果是愷撒，應該對這種狀況了然於心，就像他在書中寫的那樣：“苦境，可以將朋友變為敵人。”
此外，再加上此時的埃及王朝實在不合適作為流亡地。原本共同統治的姐弟倆，現在變成了敵對的狀態。被奪去王位的姐姐克婁巴特拉正在謀劃召集士兵們進行奪回王位的計劃。埃及處於內戰的狀態。龐培的嶽父梅特魯斯·西庇阿和兩位前任執政官全力勸誡龐培逃往北非，但是，龐培最後還是決定前往埃及。
經過愛琴海後，船一直向南航行。數天之後到達小亞細亞南岸的愷撒也得知龐培走海路前往亞曆山大港的消息。這一次，愷撒也乘船進行追擊。他運送3200名步兵和800名騎兵必需的10艘船由本是龐培clientes 的羅得島提供。他們除了是向勝利者示好之外，也是感謝愷撒。在都拉斯包圍戰開始之前，敗給安東尼後被俘虜的羅得島士兵曾被愷撒釋放回國。
目標向南，航行一路順利。龐培委托快船給埃及的少年國王帶去一封親筆信，信中要求接受他們一行人作為客人入境。快船帶回消息，埃及王室歡迎龐培一行入境。龐培認為自己的選擇沒有錯，因而安心下來。無論如何，埃及現在的國王能順利登上王位，也是有龐培一份功勞的。在埃及兩個統治者處於敵對狀況時，以龐培作為羅馬無出其右的武將之名，在這裏的市場應該價值不菲。這位意誌消沉的58歲武將，開始稍微恢複了些元氣，開始準備麵見埃及王時候的演說稿了。但是，雖然在接受龐培入境的親筆信中很客氣地回答說歡迎他的到來，但是這都是輔佐（或者說是實際操縱）少年埃及王的那些親信的想法。他們言行並不一致。站在他們的立場，這也不難理解。龐培在大決戰中失敗後，已經在所有東方諸盟國吃了閉門羹。這樣一個敗逃的人物到了埃及投靠他們，沒有比這個更麻煩的事了。
此外還要再提及一點，即龐培以往派來埃及、此後一直定居於此的羅馬士兵的心情。他們已經完全被埃及化了。在姐弟的王位爭奪戰中，他們站在弟弟這邊，積極地加入了這場家庭戰爭之中。這種錯誤行為在羅馬是不會被原諒的。這些羅馬人已經不再想回到龐培手下了，當然他們也無意追隨新的領袖愷撒。