鑒於自然災害對傳染病發病的上述影響，自然災害後的傳染病防治工作，應有與正常時期不同的特征，且政府有關部門應當承擔防治的組織領導工作。根據災害時期傳染病的發病特征，可將傳染病控製工作劃分為四個時期。
災害前期
我國幅員遼闊，一些地區為自然災害的易發地區。因此，在災害發生前，應有所準備，其中包括傳染病防治工作。
1基本資料的積累。為及時在災害時期製定科學的防治對策，應注重平時的基本資料的積累，包括人口資料、健康資料、傳染病發病資料、主要的地方病分布資料以及主要的動物宿主與媒介的分布資料等。
2傳染病控製預案的製訂。在一些易於受災的地區，如地震活躍區、大江大河下遊的低窪地區以及分洪區等，都應有災害時期的緊急處置預案，其中也應包括傳染病控製預案。預案應根據每個易受災地區的具體情況，確定不同時期的防病重點。可供派入災區的機動隊伍的配置，以及急需的防病物資、器材的儲備地點與調配方案等，也應在預案中加以考慮。由於自然災害的突發性，不可能針對每一個可能受災的地區製訂預案，應根據一些典型地區製定出較為詳細的預案，以作示範之用。
3機動防疫隊準備。由於自然災害的重大衝擊，災區內往往沒有足夠的衛生防疫和醫療力量以應對已發生的緊急情況。在突發性的災害麵前，已有的防疫隊伍也往往陷於暫時的混亂與癱瘓狀態。因此，當重大的自然災害發生後，必須要派遣機動防疫隊伍進入災區，支援疾病控製工作。
4進入應對突發狀態的準備。針對一些易受災地區，應定期對這些機動隊伍的人員進行訓練，使其對主要機動方向的衛生和疾病情況、進入災區後可能遇到的問題有所了解。在人員變動時，這些機動隊伍的人員也應及時得到補充和調整，使其隨時處於能夠應付突發事件的狀態。
災害衝擊期
在大規模的自然災害突然襲擊的時候，實際上不可能展開全麵有效的疾病防治工作。但在這一時期內，以緊急救護為目的派入災區的醫療隊，應當配備足夠數量的預防與處理腸道傳染病的藥物，並注意發生大規模傳染病的征兆，做出適當處理，以控製最初的疾病暴發流行。
災害後期
當災區居民脫離險境，在安全的地點暫時居住下來時，就應係統地進行疾病防治工作：
1重建群眾性疾病監測係統
由於重大自然災害的衝擊，抗災工作的繁重以及人員的流動，平時建立起來的疾病監測和報告係統在災後的初期常常處於癱瘓狀態。因而，衛生管理部門及機動防疫隊伍所要進行的第一項工作，應是對其進行整頓，並根據災民聚居的情況重新建立疫情報告係統，以便及時發現疫情並予以正確處理。監測的內容不僅應包括法定報告的傳染病，還應包括人口的暫時居住和流動情況，主要疾病的發生情況，以及居民臨時住地及其附近的齧齒動物和媒介生物的數量。
災後消毒2重建安全飲水係統
由於引水係統的破壞對人群構成的威脅最為嚴重，應采取一切可能的措施，首先恢複並保障安全的飲用水供應。
3大力開展衛生運動
改善災後臨時住地的衛生條件，是減少疾病發生的重要環節。因此，當居民基本上脫離險境，到達安全地點後，就應組織居民不斷地改善住地的衛生條件，消除垃圾汙物，定期噴灑殺蟲劑以降低蚊、蠅密度，必要時進行滅鼠工作。
在災害過後開始重建時，也應在遷回原來的住地之前首先改善原住地的衛生條件。
4防止吸血昆蟲的侵襲
在居民被迫露宿的條件下，不可能將吸血昆蟲的密度降至安全水平。因此，預防蟲媒傳染病的主要手段是防止昆蟲叮咬。可使用一切可能的辦法，保護人群少受蚊蟲等吸血昆蟲的叮咬。如利用具有天然驅蟲效果的植物熏殺和驅除蚊蟲，並應盡可能地向災區調入蚊帳和驅蚊劑等物資。