細胞結構
浮遊綠藻有單細胞的，群體的或多細胞的；群體定形或不定形；多細胞個體為球形、分枝和不分枝的絲狀、扁平葉片狀、杯狀和空管狀；除極少的例外，綠藻的營養細胞多具有細胞壁，細胞壁的外層是果膠質，內層是纖維質；剛毛藻屬、鞘藻屬和毛鞘藻屬的細胞壁還有幾丁質，鬆藻目細胞壁的最內層由胼胝質構成；通常具有一至多個細胞核，有液泡。
在一些群體的團藻類有明顯的胞間連絲。每個營養細胞都具一至數個色素體，色素體的形狀多樣，有杯狀、星狀、帶狀、片狀、網狀和粒狀等；絕大多數種類的營養細胞含有一至多個蛋白核，少數種類沒有。遊動細胞具有2、4條或更多的等長的鞭毛。
繁殖方式
浮遊綠藻的繁殖方式有3種：①營養繁殖。絕大多數單細胞種類進行細胞分裂形成新個體，絲狀的或其他形狀的藻體用藻體斷裂分離的方式形成新個體。
②無性生殖。藻體常產生動孢子，萌發形成新藻體，這是綠藻門中最常見的生殖方式。此外，還可以形成靜孢子或厚壁孢子，許多孢子都要經過休眠；有些群體的種類所產生的靜孢子與其母體十分相似，這是似親孢子，似親孢子可以組成新的群體。
③有性生殖。通過配子的結合形成合子，合子萌發形成新個體。配子結合的方式有同配、異配和卵配3種。
有的還可進行單性生殖。
分類進化
浮遊甲藻的分類係統至今還沒有取得一致的看法。
1976年，中國藻類學家饒欽止提出本門應分為2綱13目。
綠藻綱生活史中具有鞭毛的遊動細胞，有性生殖普遍，但沒有接合生殖。包括12目：團藻目，四孢藻目，綠球藻目，絲藻目，膠毛藻目，石蓴目，溪菜目，鞘藻目，剛毛藻目，管枝藻目，絨枝藻目和管藻目。
接合藻綱生活史中不產生有鞭毛的遊動細胞，有性生殖隻有接合生殖。此綱隻有雙星藻目一目。
H.博爾德和M.溫在1985年提出把綠藻門分為1綱16目，即綠藻綱：團藻目，四孢藻目，綠球藻目，綠囊藻目，絲藻目，環藻目，膠毛藻目，橘色藻目，鞘藻目，石蓴目，剛毛藻目，頂管藻目，雙星藻目，鬆藻目，管枝藻目和絨枝藻目。
目前對綠藻門的進化知之甚少，綠藻的祖先仍不清楚。綠藻門的進化趨勢，根據F.F.布萊克曼1900年的意見，最原始的可能是單細胞種類，由此分出3條進化路線：①自群體的到多細胞的團藻目；②自四孢藻目到絲狀體、扁平葉狀以至杯狀和管狀的各類，高等綠色植物被認為起源於這一分支中的鞘毛藻類；③綠球藻目這一支失去真正的營養性細胞分裂的種類。已知的綠藻化石不少，尤其是絨枝藻類，最早的記錄是前寒武紀的。
浮遊藍藻
浮遊藍藻是能進行光合作用放氧的原核生物，是藻類植物的一門，舊稱藍綠藻門，也有人把藍藻劃為生物的一界——藍菌界。浮遊藍藻是單細胞個體或群體，或為細胞成串排列組成藻絲（細胞列）的絲狀體，不分枝、假分枝或真分枝。浮遊藍藻具核質，無核膜；色質區主要由類囊體及其有關結構，藻膽體和糖原顆粒等所組成，具葉綠素A、藻膽素、胡蘿卜素和類胡蘿卜素等光合色素，但無葉綠體膜，不形成葉綠體；具細胞壁。藍藻在地球上已存在約30億年，是最早的光合放氧生物，對地球表麵從無氧的大氣環境變為有氧環境起了巨大的作用。已知藍藻約有2000種，中國已有記錄的約900種。
形態構造
浮遊藍藻為單細胞個體、群體或細胞成串排列成藻絲的絲狀體，不分枝、假分枝或真分枝。細胞外具主要由肽聚糖組成的胞壁，並往往有粘質膠鞘或膠被包裹。
細胞質可分為周圍有色素的色質區和中部無色具核質的中心質區。細胞質中常具有大小不等的強反光顆粒。浮遊藍藻往往有偽空胞（又稱氣泡），為兩端呈錐形的微型空筒所組成，有遮光和漂浮的功能。