海綿的體壁內鑲嵌著無數結構精致的骨針，有鈣質的，也有的是像玻璃一樣的矽質。骨針就像建築中的鋼筋一樣，對海綿起著加固和支撐作用。多數海綿的骨針是一根根分散在體壁中，但玻璃海綿和有些其他海綿，骨針排列成精巧的網絡狀骨架。
還有些海綿或沒有這種骨針而有稱作海綿硬朊的蛋白質纖維，或骨針與蛋白質纖維兼而有之。分類學家就是根據骨針的顯微鏡薄片類型而對海綿分類的。沒有這些骨針，海綿就難以維持多姿的形態。海綿周身都布滿小孔，這是它的入水小孔。每個小孔往裏通入一個小房間叫濾室，所有濾室都通到一個公共腔裏，這個腔就像一個瓶子的內腔一樣，叫孔前腔，腔上端是一個很大的出水孔。棲於流急浪大處的海綿出水孔更大，而在靜水中的海綿出水孔高高突起，像火山口一樣，這就是海綿的水管係。海綿既無口，又無消化腔，依靠這一水管係來捕捉食物，攝取氧氣，排泄廢物，甚至輸送生殖細胞等。其過程是，水由入水小孔吸入體內，進入濾室，濾室是海綿水管過濾係統的“心髒”。它的內壁上襯以無數領細胞，每個領細胞上都有一根鞭毛，鞭毛能由基部向末梢成螺旋狀擺動。無數鞭毛按一定節律擺動就會在海綿的孔前腔裏產生一個正壓力，驅使其內的水通過很大的出水孔排出體外，同時又把體外的水由全身的入水小孔吸入體內，一直不停地流動，夜以繼日、周而複始。在水進入濾室，流經領細胞的過程中，水中的藻類、細菌或其他食物小顆粒就會被領細胞捕捉並被細胞體吞沒，形成食物泡予以消化。較大的食物顆粒，領細胞無法對付，可以被進入濾室的變形細胞所吞食。代謝過程的廢物等再排到水裏，排出體外。濾室越多，表明該海綿的結構越複雜，過濾水的能力越強。一個10立方厘米大的海綿一晝夜能過濾20升海水。過濾後排出的水在出水口處速度達5米每秒，可以排出很遠，這樣就可以避免排出的水又進入體內進行再循環。