南明最後一個政權滅亡的同年，順治帝病死，他的兒子玄燁即位，這就是清聖祖。曆史上稱為康熙帝。
康熙帝即位時，年僅8歲。順治帝遺詔，由四個滿族大臣幫助他處理國事，叫做輔政大臣。四個輔政大臣中，掌握兵權的叫鼇拜，他欺負康熙帝年幼，獨斷專行。
康熙帝滿14歲的時候，親自執政。這個時候，另一個輔政大臣蘇克薩哈和鼇拜發生了爭執。鱉拜便勾結同黨誣告蘇克薩哈犯了大罪，奏請康熙帝處死蘇克薩哈，康熙帝不肯批準。鼇拜在朝堂上揎起袖子，拔出拳頭，跟康熙帝爭了起來。康熙帝想到鼇拜勢力太大，隻好忍耐，由他把蘇克薩哈殺了。
從那以後，康熙帝決心除掉鼇拜。他派人物色一批健壯有力的十幾歲的貴族子弟擔任侍衛。康熙帝把他們留在身邊，天天練摔跤。
鼇拜進宮時，常常看到這些少年吵吵嚷嚷地在禦花園裏摔跤，隻當是孩子們鬧著玩，並不在意。
有一天，鼇拜接到康熙帝召見的命令，要他單獨進宮商量國事。螯拜像平常一樣大模大樣地進宮去。剛跨進內宮的門檻，忽然一群少年擁了上來，將他圍住，有的擰胳膊，有的拉大腿，一下子就把他打翻在地。任憑他大喊大叫，也沒有人搭救他。
把鼇拜抓進大牢後，康熙帝馬上讓大臣調查鱉拜的罪行。大臣們認為，鼇拜獨斷專橫，擅殺無辜，罪惡累累，應該處死。康熙帝從寬發落，革了鼇拜的官爵。
康熙帝除掉鼇拜，朝廷裏一些驕橫的大臣知道了這個年輕皇帝的厲害，就不敢在他麵前放肆了。
康熙帝親自執政後，大力整頓朝政，使新建立的清王朝漸漸強盛起來。但是，南方的三個藩王卻成了康熙帝的一塊心病。
這三個藩王是投降清朝的明軍將領，一個是引清兵入關的吳三桂，一個是尚可喜，一個是耿仲明。因為他們幫助清朝消滅南明，鎮壓農民軍有功，清廷便封吳三桂為平西王，駐防雲南、貴州；尚可喜為平南王，駐防廣東，耿仲明為靖南王，駐防福建，合起來叫做“三藩”。三藩之中，數吳三桂勢力最大。
康熙帝知道要統一政令，三藩是很大的障礙，一定要找機會削弱他們的勢力。他找來大臣們商議撤藩，可大臣們怕撤藩會引起反叛，都有顧慮。
康熙帝果斷地說：“吳三桂早有野心。撤藩，他要反；不撤，他遲早也要反。不如先發製人。”接著，就下詔撤藩。詔令一下，吳三桂果然暴跳如雷。他自以為是清朝開國老臣，現在年紀輕輕的皇帝居然撤他的權，便決定造反。
吳三桂在西南一帶勢力強大，一開始，叛軍打得很順利，一直打到湖南。他又派人跟廣東的尚之信（尚可喜的兒子）和福建的耿精忠聯係，約他們一起反叛。這兩個藩王有吳三桂撐腰，也反了。曆史上把這件事稱做“三藩之亂”。
康熙帝並沒有被他們嚇倒，一麵調兵遣將，集中兵力討伐吳三桂；一麵穩住尚之信、耿精忠，停止撤銷他們的藩王稱號。尚之信、耿精忠一看形勢對吳三桂不利，又投降了。
吳三桂開始打了一陣子後，力量漸漸削弱，處境十分孤立。經過8年戰爭之後，他自己知道無力回天，連悔帶恨，生了一場大病死了。
清軍平定了叛亂勢力，統一了南方。正當朝廷慶賀平定叛亂告捷的時候，在我國東北邊境又傳來沙皇俄國侵犯邊境的消息。