種子是農作物的基礎，科學研究證明，農作物太空誘變育種是快速選育優質抗病蟲害種子的有效捷徑。因此，人類繼續進行太空種植實驗外，還進行了太空育種實驗。我國自從1987年以來，多次利用返回式衛星及高空氣球搭載植物種子，利用強輻射、高真空和微重力環境，誘使種子基因變異，培育優質農作物品種。作為“863”高科技計劃中航天領域的生命科學項目，已完成300多項實驗，共搭載水稻、小麥、大豆、青椒、西紅柿、中草藥等種子，返回後經過20多個省、市、自治區，50多個研究單位育種工作者的地麵種植實驗，已培育出許多優良品種。1988年利用衛星搭載的水稻“農墾58”種子，在江西種植後，已選育出2個豐產、優質的新品種，它們生長期平均縮短10天，稈矮不容易倒伏，穗長粒大，畝產600-750千克，大米的蛋白質含量提高8％-20％。另外，同年利用衛星搭載的晚稻品種“包選2號”種子，從中選出的“衛-36”株係，稈矮，單株產量50克以上，比原品種增產20％。1989年廣西農學院利用高空氣球搭載的粳稻品種“海香”、“中作59”的種子，其第一代在株高、生長期、穗長、顆殼顏色等11項調查中，同樣出現較大變化，特別是分離出的一些優質米類型在後代中很穩定，部分植株突變成秈型和介於秈粳之間型。專家認為，這種迄今利用其他誘變手段較難得到的罕見突變，可對水稻產量有突破性影響。
在地麵育種，往往耗費農藝專家一生精力和時間，也難以培育出一個優良品種，而且用雜交方法培育出的良種優勢隻表現在第一代，不能再繁殖，但太空育出的種子可以穩定遺傳。太空育種一般經過幾茬種植就可選出優良種子，而且變化類型多，表現出生長壯、抗災力強、適應性廣、產量高、品質好等特征。目前上海、河南已通過小麥種子太空育種，分別選育出豐產性更好、抗倒伏、穗長增大、抽穗期和成熟期提前的新品係；山東選育出多穗型、大穗型、雄性不育型等多個新品係，並培育出穗長超過對照品種5．8厘米、穗重增加3．7克、籽粒中微量元素鐵含量提高69．1％的豐產優質品種。
1994年將442粒白蓮種子搭載衛星，遨遊太空355小時35分返回地麵。經江西科學家選育出6個新品種，與目前推廣的高產品種進行對比實驗，結果太空蓮每畝蓮蓬多1500-3000個，每個蓮蓬由不足10粒增到16-19粒，平均粒重均在1克以上，有的蓮蓬平均粒重超過2．4克，最大一粒竟達到3．3克，群體采收期延長20-30天，平均每畝增長35千克。
在蔬菜品種方麵，太空育種也創造出驚人的奇跡。太空蔬菜培育我國始於1987年。在衛星上搭載了“龍椒2”號普通青椒種子和“871”西紅柿種子，在太空失重、輻射、缺氧環境中，漫遊5天時間，內部結構發生激變，返回地麵經黑龍江農科院長達10年的種植，多代混合選育，終於選育出今天的太空青椒和西紅柿新品係，與普通蔬菜相比，太空蔬菜的抗病蟲害能力提高了50％，有益元素含量均高於普通品種，對人體有益的微量元素高出15％，其中太空青椒維生素C含量提高20％，太空西紅柿提高30％。通常太空蔬菜果實大，產量高，品質好，像“太空椒5”號，大棚栽種畝產高達8100千克。深圳試種的太空青椒最大的重500克，西紅柿苗高8米，單棵結果7．5千克。從1999年1月以來，太空蔬菜開始走進深圳市民家中，並一直走俏，成為人們喜愛的健康食品。