李元利的除瘴三策如下：一是除四害——老鼠、蟑螂、蒼蠅以及蚊子，盡量減少疾病傳播的途徑。
填平坑窪，翻缸倒罐，堵塞樹洞，消除積水，疏通溝渠，鏟除雜草，水田養魚。這些都是消滅蚊蟲的方法，再加上用能夠殺蟲的藥草來殺死蟲卵，實際上也是在對付“瘴毒”。
二是搞水利、改窪地。封閉的窪地是最容易產生瘴氣的地方，但如果給窪地開出排水口，使積水流動起來，再修堤壩，建渠道，用引來的活水灌溉，就能將產生瘴氣的窪地變成良田。
三是伐木。除了窪地之外，瘴氣產生的另一個地方就是茂密的原始森林，李元利的計劃是逐步選擇性地砍伐其中的樹木，使密林變稀疏，空氣流通，就不容易產生瘴氣。
這個工程十分巨大，但因原始森林中的瘴氣對老百姓的生活影響並不大，所以伐木計劃也不急於一時。
最後，李元利還寫了預防瘴毒的方法，包括飲食衛生，行軍宿營的注意事項，大量準備防治各種疾病的藥材，以及喝薏米粥和嚼食檳榔抵抗瘴氣等等方法。
“陛下，此事確實大利國家！”劉玄初很快看完了這份計劃，“搞衛生除四害能夠預防瘟疫疾病，特別是窪地改良田之策大有可為。”
“不說遠了，就是順天府之海甸一帶，若是治理出來，何止良田萬畝？隻是此法若要在全國範圍內推廣，所耗錢糧太過巨大，國家怕是承受不起。”
李元利道：“光靠國家朝廷當然不行，得發動老百姓踴躍參與，官府在其中起宣傳、組織和協調的作用。”
“陛下，咱們剛取消徭役，現在又要百姓出力，會不會有失民心？”
“你說錯了！這不但不會失民心，反而是得民心之舉。”李元利正色道：“除四害、搞衛生，從小處看，能夠改善居住環境，使人居住起來更為舒適，從大處看，能夠減少疾病和瘟疫爆發，無論怎麼看，這都是對老百姓十分有利的事情。”
“官府要做好宣傳和組織工作，要讓老百姓明白其中利弊，老百姓都是明事理的，他們心中都有本帳，隻要對他們有利的事情，他們絕對不會抵觸！”
“至於治理窪地的事情，可以采用‘以工代稅’的辦法，等改造成良田之後，參與治理的百姓享有優先租賃這些良田耕種的權利……總之，辦法多得很，要看你們有沒有用心去做事！”
“陛下，臣受教了！”劉玄初很是心服口服地躬身行了一禮。
李元利擺手道：“好了！這隻是一份粗略計劃，具體要怎麼實施，內閣再拿出份詳細的方案來，如果沒有問題就盡快實施。不過雲南人煙稀少，發動百姓的方法顯然不行，所以應以軍隊為主，官府發動百姓大力配合！”
“另外，你們下去之後，可以考慮下向滇邊遷移人口的可能性！或者讓商人們自發組織人手前往也行，國家可以適當給他們一些優惠政策，諸如適當減免商稅，也可以將商人們在雲南的各種投入與日後翡翠礦的股份聯係起來。”
“西南之事就照此辦理，具體的工作由內閣統籌安排，隻要不違反法例，對國家、對百姓有利的事情，就可以放開手腳去做！”