柯南最近的心情不太好……
帝丹學園祭上，雖然他吃了灰原哀開發出來的暫時性解藥而變大了，但是卻連跟小蘭說一句話的機會都沒有，藥效到頭，再度變小折磨得他苦不堪言，小蘭對他的漠視更是讓柯南心碎。
不過……一直順風順水，一旦遇到問題就隻會怨天尤人的大偵探也不想想，到底是誰為了案子而一再忽略小蘭，讓小蘭傷心的……不過，要不是小蘭對工藤新一傷透了心，鳴人想要追到小蘭也不是那麼容易的事情。
還好，柯南畢竟足夠堅強，加上有好基友服部平次在旁鼓勵，柯南也逐漸恢複過來，關東關西的名偵探聯手，最近在東京倒是破了幾件案子，讓柯南的自信心又回來了。
和葉最近的心情比較複雜……
她和平次是一起來東京的，在來東京之前，自己的媽媽還叫平次要好好照顧自己，雖然和葉自己自認為根本不需要平次照顧，但是平次來了東京之後就不見人了，整天去找柯南，和葉會不鬱悶嗎？
這個時候就是某人趁虛而入的時候了，還好鳴人這兩天一直都在陪和葉玩，東京鐵塔，多羅比亞樂園，讓和葉一邊開心玩耍一邊吐槽某人的同時，將自己的青梅竹馬完全丟在了腦後。
鳴人最近的心情很不錯……
和小蘭戀情揭露之後也不需要藏著掖著了，在帝丹出現的次數也增加了，而在沒事做的時候，就陪和葉玩耍鬥嘴，雖然他整天都在氣和葉，但是對於和葉住在他家，鳴人還是非常高興的，反正吃虧的人又不會是他。
最近的日子鳴人過得很平靜，也很開心，但是，有些人注定是不甘平靜的。
東京國立微生物研究所……
這是東京最大的微生物研究所，雖然研究所是十年前才建造的，但是研究所裏的研究成果，大部分都是從二戰時候遺留下來的，裏麵也包括了一些非常危險的小生物。
兩個在外麵望風，剩下五個人的武裝小組入侵了這個微生物研究所，全副武裝，防化服，防毒麵罩，可以說保護工作做得非常全麵。
“把門打開！”
其中一個歹徒用槍指著研究所的研究員，可憐的孩子，今天值班就遇上了這種事情。
“是……知道了。”
可憐的研究院顫抖著手輸入了密碼，然後按上了自己的指紋。
通往細菌保管室的電梯門打開，五個歹徒來到了細菌保管室，看著存放在櫃子上，裝在試管中，散發著綠色熒光的殺人細菌，麵具之下的臉全都露出了詭異的笑容。
轟！！！！
就在歹徒離開之後不到五分鍾的時間，整個微生物研究所就發生了巨大的爆炸，歹徒安裝的高爆炸彈將整個研究所完全炸毀，包括地下室的部分，所有建築部分全部摧毀，一切都在烈火中化為了灰燼，而因為這件大案，東京警視廳立刻召開了記者招待會。
“今天晚上21點50分，位於西摩多市的國立東京微生物研究所被7人武裝集團襲擊了。歹徒殺死了兩名警備員，綁架了值班的研究員，侵入高度安全實驗室，幾分鍾後，引爆了設置在室內的塑膠炸彈並且逃走，研究所的所有人員全部死亡。在被入侵的實驗室裏保管著一種高度危險的細菌，可以推測已經被犯罪團夥帶走。”
“危險的細菌？”
“那是一種一旦感染，死亡率超過80%的超級細菌，目前還沒有治療的方法。”其實也就是二戰生化武器的遺留品。
“警官，研究所爆炸了，是不是意味著細菌已經泄露？”
“那並沒有。”頭頂沒毛的宇野忠義警官否定了這一點，道：“因為爆炸的威力很大，所以研究所所長的證詞表明，就算有細菌殘留也應該被完全燃燒殆盡。”
“那麼犯罪團夥的目的是什麼？”
“目前還不清楚，但是不排除生化恐怖襲擊的可能性！”
因為宇野忠義的發言，而在座的記者都有些混亂了起來。
“大家，請安靜下來！”
一聲中氣十足的低喝，鳴人的頂頭上司小田切敏郎先生掃視了一下所有的記者，道：“有一件事要拜托各位，為了避免不必要的恐慌，報道僅僅涉及到爆炸事件，希望不要涉及到細菌和生化恐怖襲擊的可能性！”
小田切敏郎的話才剛剛說完，就有一個警員拿著一台筆記本電腦跑了上來，道：
“部長！那個犯罪團夥在網路上發布了犯罪聲明！”
“什麼？！”
小田切敏郎心中一驚，立刻接過了警員拿來的電腦。