玄武門之變，秦王李世民殺了哥哥李建成，弟弟李元吉，逼迫唐高祖李淵立他為太子，把王位傳給了他，一場你死我活的宮廷鬥爭終於結束。秦王府的人個個在肚子裏打起小算盤，算一算從此以後，自己該撈著什麼樣的好處。
人們看到，長孫無忌、杜如晦、尉遲敬德等一班立了大功的，個個升官封侯，尉遲敬德甚至封了吳國公。人們在皇上身邊，還看到了好些新麵孔，這本來是很正常的事，皇上理應招攬更多的人才。但是，秦王府的人，在那些人中看到幾張熟麵孔之後，心裏就不能平靜了，因為那幾個新人，正是原來太子和齊王身邊的幹將。最讓人側目的，要數原來跟隨太子的魏征。
據說，李世民在玄武門之變後，立即把魏征找了去，沉著臉責問他：“聽說你給原太子出了好多點子，你為什麼挑撥我們兄弟之情？”誰知這位原來東宮的紅人居然神情自若，挺著脖子回答說：“可惜太子不肯聽我的話，否則怎會落到今天這地步！”在場的官員聽了，都替魏征捏一把汗，隻怕他這種話會招來殺身大禍。可是，李世民看到魏征性格耿直，一臉正氣，不但沒有辦他的罪，反而讓他當上了諫議大夫，專門負責向朝廷提出意見。
盡管秦王府那些沒有升職的舊人對李世民重用魏征等人頗有意見，但李世民依然對魏征等人委以重任。魏征當了諫議大夫，也絕不因為自己原來的身份而謹小慎微，他依然像往常一樣，有話就說，有意見便直接上書，辦起事來也一如既往，當斷則斷，絕不手軟。
當初，李世民當太子不久，為了安定人心，特別宣布了大赦令：在玄武門之變之前與原太子和齊王有關係的人，一律無罪，任何人不得借口加害，否則要辦他們的誣告罪。但地方上的官員不相信李世民會這麼大度，還在繼續查辦原太子和齊王舊黨。李世民聽說後，便派魏征去河北貫徹自己的大赦令。魏征行到半途，迎麵便碰上地方官解押進京的兩名犯人，罪名恰恰便是原太子和齊王的舊黨。同行的官員都替魏征犯難，隻恐怕今後有人會說他徇私包庇舊友。可是，魏征下了決心，對副使說：“為了替太子和國家消除禍害，我不能為了避嫌而掉頭不管。不赦免這兩個人，大赦令說得再好聽，也不會有人相信。”
他毅然下令當場釋放了這兩個犯人。回到京城，李世民特別誇獎魏征辦的這件事，這以後，對魏征更加信任了。
李世民登基後，有一次派人征招各地府兵，有一位秦王府的舊臣封德彝上書道，不滿18歲的男丁，隻要身材高大，也可以應征。唐太宗認為有理，已經同意了，可是詔書一直被魏征壓著不發。唐太宗催了幾次，心裏很不高興，便派人把魏征找來，訓斥他說：“那些男子高頭大馬的，明明是隱瞞年齡，這種刁民為什麼不能征招？我的詔書你怎麼能扣著不發布？”