知識分子自此由社會的進步力量變為社會的阻礙力量。當時為皇帝製春藥和為太監當奴才的知識分子應有盡有。如果說先前的知識分子鐵肩擔道義，妙手著華章，站在時代前列的話，明王朝知識分子則成為當時變態社會體製的工具，其處境則實在令人心寒肉麻。
為了使官本位價值觀成為社會的惟一尺度，朱元璋還不準人當隱士，不準主動辭官，每個人的思想和行為必須圍繞著“官”打轉。
明王朝成為中華民族由盛轉衰的分水嶺，領先世界的中華文明自此大大減緩了其前進的步伐，從此漸漸落後於西方國度。
殺伐立威以猛治國
建立大明以後，朱元璋借鑒曆史上成敗治亂的經驗教訓，大刀闊斧地開始了以改革舊製、建立高度中央集權為目標的宏偉事業。
朱元璋的體製改革首先是從地方機構開始的。元朝地方設置的行中書省，是從中央的中書省分設出來的。職官的設置同中央中書省一樣，掌管著一個省的軍政、民政、財政和司法等大權，地位顯赫，權力很大。實際上一個行中書省，就是一個小獨立王國。想當年，朱元璋也做了幾年行中書省的丞相，所以他對元代設置行中書省的弊端看得最深切。
在一番準備之後，朱元璋於洪武九年（公元1376年），下令廢除了地方上的行中書省，改設承宣布政使司，簡稱布政司。布政司設左、右布政使各一人。其權力範圍也隻限於民政和財政，按照皇上的意誌管理地方政事。當時全國共設13個布政司。同時，地方上還設置了管理軍事的都指揮使司和管理司法的提刑按察使司。3個機構彼此既各自獨立，又相互牽製，同時直接聽命於朝廷的指揮。
實現了對地方行政機構的改革之後，朱元璋又開始集中精力對中央政府機構，首先是總攬天下政事的中書省實行改革。本來，中書省在中央的各個權力機構當中位置最高，其行政長官左、右丞相又負有統率百官之責，這樣，君權與相權、皇帝與丞相的矛盾最易激化。明初的第一任左、右丞相分別是李善長和徐達。李善長為人處事向來以小心謹慎著稱，徐達則較多時間是帶兵征戰在外，他們都沒有與朱元璋形成大的矛盾衝突，但相位傳給胡惟庸之後，事情就發生了變化。
胡惟庸是定遠人，是開國第一號功臣李善長的女婿，他依仗著李善長這個後台當上了左丞相。他在朝中大權獨攬，獨斷專行，官員升降、生殺大事，都自作主張，不向朱元璋請示；朝野內外的報告，凡對自己不利的全扣下來；想做官、升官的人，失意的功臣、武將，都走他的門路，其收受金銀、絹帛、名馬、玩物不計其數。他四處網羅自己的黨羽，培植自己的親信，組織自己的小集團，打擊異己力量，稱霸天下。
胡惟庸如此胡作非為，不僅必然危及明王朝的安定，而且和權力欲極強的朱元璋也必然會發生尖銳的衝突。朱元璋下決心尋找機會除掉這個心腹大患，以鞏固皇權。一天，胡惟庸的兒子乘馬車在南京城裏招搖過市，不小心從車上跌下來摔死了，胡惟庸判車夫抵命。朱元璋知道後，十分氣憤，他非要胡惟庸償命不可；胡惟庸請求向車夫家人賠償金帛以了此事，朱元璋堅決不準。胡惟庸聽了十分緊張，遂堅定了起事政變的決心。
洪武十三年（公元1380年）正月，胡惟庸入奏，詭稱其住宅中井出醴泉，請朱元璋去觀看。朱元璋好大喜功，信以為真，也就匆匆駕出西華門。他正行進中，突然內使雲奇衝上蹕道，攔住車馬，慌忙中一時幾不成聲。朱元璋以為不敬，即令左右侍衛棍錘亂下。頓時，雲奇右臂被砸斷，生命垂危。但他仍用左手直指胡惟庸的宅第搖晃。朱元璋猛然醒悟，急忙返駕登城，遠遠望見胡惟庸宅第中繞有兵氣，以此定胡惟庸謀逆罪，立即發禦林軍逮捕胡惟庸，將其抄家滅族。同時宣布撤銷中書省，罷除丞相，提高吏、戶、禮、兵、刑、工等六部的地位。由六部分理朝政，直接對皇上負責。並且規定，後代皇帝不得再立丞相，大臣中如果有奏請再立者，處以重刑。
胡惟庸被誅後，朱元璋順藤摸瓜，借題發揮，將那些行為跋扈的、心懷不滿的、危及皇家統治的，統統都羅織為胡黨罪犯，處死抄家。胡惟庸案株連蔓引，先後持續了數年。前後共殺掉了官員3萬多人。連位居“勳臣第一”、年邁退休在家、已77歲的李善長，及全家70多口人，也一齊被殺。