然而，根深蒂固的心智模式將阻礙係統思考所能夠產生的改變。管理者必須學習反思他們現有的心智模式，直到習以為常的公開接受檢驗，否則心智模式無從改變，係統思考也無從發揮作用。如果管理者“相信”他們對周圍的看法都是事實，而非一組假設，那麼他們就不會敞開心胸挑戰自己的看法。如果他們缺乏探詢自己和別人思考方式的技巧，他們將無法共同實驗新的係統思考方式。此外，如果組織內部未建立起對心智模式正確的理解與信念，人們將把係統思考的目的，誤認為隻是使用圖形建立精致的模式，而不是改善我們自己的心智模式。
係統思考對於有效確立心智模式非常重要。研究顯示，從係統的觀點來看我們的心智模式將發現許多瑕疵。心智模式常會遺漏掉重要的回饋關係，或因時間滯延而判斷錯誤，或隻注重明顯易衡量，但卻未必是高杠杆點的變數。麻省理工學院的史德門以啤酒遊戲做實驗，發現參加遊戲的人對收到訂貨的時間滯延一致判斷錯誤。在恐慌的情況下，多數參加啤酒遊戲的人在下訂單時，無法看見或未曾考慮他們正在製造致命的增強環路，如發出更多的啤酒訂單，用光供應商的庫存，而迫使供應商出貨更慢，因而引起更大的恐慌。史德門還透過各種不同的實驗，來顯示類似的心智模式瑕疵。了解這些暇疵，有助於看清團體中目前習以為常的許多心智模式中，何者最弱？以及為了做有效的決策，除了把管理者的心智模式浮現出來之外，還需更進一步做些什麼？
係統思考如果沒有心智模式，就像DC—3的輻射狀氣冷式引擎沒有擺動副翼一樣。因為如果引擎缺乏擺動副翼，工程師必須把引擎縮小。就像係統思考如果沒有心智模式這項修煉，它的力量將大為減損，這就是麻省理工學院現行的研究焦點，大部分放在幫助管理者整合心智模式與係統思考技巧的原因。這兩項修煉會自然融合成一體，因為一個專注於如何暴露隱藏的假設，另一個專注於如何重新架構假設以凸顯重要問題的真正原因。
長期而言，能夠使心智模式加速成為一項實用管理修煉的，將是一個由整個組織使用的“類屬結構”圖書館。但是，它們應當依個別組織的特性及其產品、市場與技術加以調整。譬如，針對一家石油公司的“舍本逐末”與“成長上限”結構，應與一家保險公司的有所不同，但是背後的基模則相同。這樣一個“類屬結構圖書館”應該是組織內部係統思考修煉中，自然產生的一項副產品。
最後，融合係統思考與心智模式所得到的回報，不僅是改善我們的心智模式（我們的想法），還改變我們思考的方式：從以事件主導的心智模式，轉變為認識較長期的變化形態，與產生這些變化形態背後結構的心智模式。譬如，殼牌石油的企劃部門提出未來情境，不僅使公司的管理者警覺到變化，也改變管理者對變化的思考方式。其他石油公司，將石油輸出國組織的興起看做單一事件，殼牌石油的管理者看到的則是供需互動基本模式發生轉變的訊號：一個由賣方市場主控、不安定、高價格，與需求成長趨緩的年代即將來臨。這讓管理者有一個較長遠的視角來考慮他們的策略選擇，而這些策略引導他們製定可以適用十多年的政策。換句話說，“未來情境法”幫助殼牌石油的管理者，從紛亂變化的事件中跳脫出來，而看出變化的形態。
正如今天片段式的思考方式是許多重要決策主要的心智模式。未來的學習型組織，將以組織對於互動關係與變化形態的共同心智模式為基礎，來作關鍵性的決策。
創新者生
日本的一個青年叫中伸夫，在京都花了3億日元建了一所“京都貴婦人大飯店”。他的經營手法跟別人不同。開業典禮時，沒有招待任何一位同行的老板。雇傭的員工，全是20歲左右的充滿朝氣和活力的年輕人。他對員工們說：“這個大飯店是個可容納150人的旅館，員工隻有12個人。與國內其他旅館業一間套房平均有員工1．5人相比較，確實夠少了。但是我會給你們優厚的薪金，你們自己事實上就是老板。”