另一方麵，發三路精兵鎮壓各地亂事。
第一路，經四府（大將軍府、太尉府、司空府和司徒府），拜盧植為北中郎將，持節。命護烏桓中郎將宗員任其副手，率北軍五校（屯騎、越騎、步兵、長水和射聲）官兵負責北方戰線，與張角主力周旋；
第二路和第三路，經四府拜皇甫嵩為左中郎將，拜朱儁為右中郎將，各持節。皇甫嵩和朱儁調發北軍五校將士、三河（河內、河南和河東）騎兵，另募精兵勇士，共四萬多人，討伐潁川一帶的黃巾軍。
朱儁又上表招募下邳的孫堅為佐軍司馬。孫堅帶同鄉裏少年及募得各商旅和淮水、泗水精兵，共千多人出發與朱儁軍聯軍。
庚子日，張曼成攻殺南陽郡守褚貢，響應張角。
4月，朱儁軍被黃巾波才所敗，皇甫嵩唯有與他一起退守長社，波才率大軍圍城，漢軍人少，士氣低落。又汝南黃巾軍在邵陵打敗太守趙謙，廣陽黃巾軍殺死幽州刺史郭勳及太守劉衛，黃巾軍並未因漢室的動作而有敗退的跡象。
5月，京師見皇甫嵩被圍，派騎都尉曹操率軍救援。不過，援軍未到時，皇甫嵩已心生一計。在傍晚時分吹起大風，皇甫嵩命士兵手持火把暗暗出城，利用黃巾軍營寨周圍的雜草，用火攻大破敵人。皇甫嵩以鼓助戰，衝入敵陣，黃巾軍大亂，四處奔走。又遇上曹操的援軍，被皇甫嵩、朱儁和曹操三麵夾擊，斬殺數萬人，漢軍大勝。
6月，南陽太守秦頡與張曼成戰鬥，斬殺了張曼成。黃巾軍便改以趙弘為帥，以十多萬人占據宛城。而皇甫嵩與朱儁軍繼續進擊汝南、陳國的黃巾，追擊波才到陽翟，最後在西華大敗彭脫，餘軍想逃到宛城，但孫堅登城先入，眾人蟻附般推進，大破敵軍，成功討平豫州一帶的黃巾軍。
北方戰場上，盧植數戰間大破張角，斬殺萬多人。張角唯有撤到廣宗，盧植建築攔擋、挖掘壕溝，製造雲梯，將可攻下城池。正值靈帝派左豐視察軍情，有人勸盧植賄賂左豐，但盧植不肯，左豐便向靈帝誣告盧植作戰不力。靈帝大怒，用囚車徵盧植回京。京師唯有下詔再重新調整：皇甫嵩北上東郡；朱儁則攻南陽的趙弘；以董卓代替盧植。
此時，同樣宗教形式的五鬥米道在巴郡叛變，領導人“五鬥米師”張修攻打郡縣，但未受到漢室重視。
自6月至8月，朱儁一直與荊州刺史徐璆及秦頡共一萬八千兵圍攻趙弘不能攻克。京師有奏議徵朱雋回師，幸而張溫上表說情，靈帝才不行。但朱儁仍急攻趙弘，趙弘被殺，由韓忠代替。朱儁又因兵少不敵，便擴大防圍、建築陣壘，堆砌土山觀望城內。朱儁軍鳴鼓攻打西南，黃巾軍被引開，朱儁則親率五千精兵掩殺東北，偷襲敵人後方，攻入城池，韓忠唯有退保內城。
黃巾軍受挫，士氣低迷，向漢軍乞降。張超、徐璆和秦頡都認為可以接受。但朱儁認為如接受的話，會給百姓有利為賊，無利乞降的錯誤觀念，便不接受並急攻敵軍。可是數戰也不能攻克，朱儁登上土山觀望黃巾軍，明白黃巾軍沒有退路，而盡力一戰，所以未能攻克。朱儁便解開圍軍，韓忠果然出戰，被朱儁大破。朱儁向北追擊韓忠數十裏，斬殺萬多人。韓忠投降，秦頡一向與韓忠不和，便將他殺死。這舉動反令黃巾軍不安，又推孫夏為帥屯兵宛城。
皇甫嵩方麵於公元184年8月到達東郡倉亭，大破黃巾軍，斬殺七千多人。其中皇甫嵩護軍司馬傅燮所部，生擒黃巾渠帥卜巳、張伯和梁仲寧三人，居首功。
而代替盧植的董卓進攻張角不成功，無功而還，便在乙巳日要求皇甫嵩繼續北上。不過，此時張角已經病死。
公元184年10月，皇甫嵩軍於廣宗便和張梁戰鬥，張梁軍強，於首戰不能攻克。次日，皇甫嵩閉營與士兵休息，卻暗中派人觀察敵軍舉動，發現黃巾軍戰意稍為鬆懈。皇甫嵩便乘夜率兵，在黎明時分突襲敵陣，戰至下午，成功大破敵軍，斬殺張梁及三萬多人。而逃走的黃巾軍，到河堤時溺死的也有五萬多人，焚燒車輜三萬多輛，虜獲人數甚多。而張角則被破棺戮屍，運首級回京師。
三、起義結果
公元184年11月，皇甫嵩與巨鹿太守郭典攻打下曲陽，成功斬殺張寶，俘虜十多萬人。自此，北方黃巾叛軍被平息。
公元184年11月癸巳日，朱雋再次急攻宛城中的孫夏軍 ，孫夏敗走。漢軍追至西鄂精山，又大破黃巾，斬殺孫夏及黃巾軍一萬多人。自此，黃巾軍解散，平定宛城一帶。公元185年春天，班師回京。