隕石災劫即將到來，此時這個時空正在發生著驚天動地的大事，而因為淩霄的存在，使得這個時空連接的後世也在發生著驚天動地的變化。
這一切，淩霄自然是不會知道的。
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穿梭時空，5000年後的神奇寶貝世界。神奧地區。
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為了獲得神奇寶貝大師的稱號而持續旅行的小智一行人，來到了被豐富自然的河川環繞的城鎮米季納。
為了探索見識一下古老的遠古文明，得知這個城鎮裏擁有著數千年前的遠古遺跡，小智等人及其神奇寶貝決定在此逗留一日，因為西瓜事件，和米季鈉城鎮的神奇寶貝訓練家打了一場雙打比賽，勝出之後的小智一行人，在這對兄妹的指引下，來到了遺跡所在的大山，然而就在進入大山不久之後，意外的事情發生了，因為被遺跡附近的湖泊吸引，在湖泊前休息的同時，這片大湖上卻刮起了猛烈的颶風，隨之數道被異常能量引起的水龍卷向小智等人逼近，其中皮卡丘與小光的神奇寶貝波加曼更是被水龍卷席卷而去，危在旦夕。
與此同時，早已經在此地注意到小智一行人的遺跡守護者希娜以及克賓現身，隨著希娜喊出一聲“帝牙盧卡，拜托了！請救下那兩隻被波及的神奇寶貝。”之後，時間屏障開啟，彪悍的帝牙盧卡帶著凶猛的氣勢朝著水龍卷飛去，成功的將小智的皮卡丘以及小光的波加曼救出，隨後，帝牙盧卡咆哮一聲，使出了時之咆哮，將這一切異象盡數瓦解。
就在所有人以為這件事情告一段落的時候，異變卻又發生了，還沒有回到時間隧道中的帝牙盧卡，被反轉世界衝出來的騎拉帝納偷襲，差點受了重傷，好在騎拉帝納並沒有使用特別強力的絕招，也隻是要教訓一下帝牙盧卡引發了這樣的異變。騎拉帝納自己不知道，他隻是錯怪了帝牙盧卡，這場異變，並非是帝牙盧卡引起的。
雖然希娜等人想要解釋，但是騎拉帝納根本就聽不進他們的話，最終，還是小智衝到了湖泊裏，讓騎拉帝納想起了小智曾救過她一命，這才冷靜了下來。
過後，希娜趁機用與神奇寶貝溝通的能力解釋了清楚，這才化解了這場根本不應該發生的戰鬥。
騎拉帝納告辭，本以為終於結束的小智一行人與希娜還有克賓根本沒想到，這件事情遠遠沒有這麼簡單，身在創世界休眠的阿爾宙斯再度爆發，從而使得這片湖泊再度暴動，形成數道更為粗大的水龍卷。
身在空中的帝牙盧卡，本應該受到突襲，然而騎拉帝納這一劫，讓他的警惕心提高到了頂點，堪堪躲了過去，與此同時，身在空間之中的帕路奇犽感應到這裏的空間變動，衝出了空間屏障，一招防護罩衝擊，破掉了催襲小智一行人的水龍卷。屆時，空間與時間兩大超神獸相視對吼一聲，同時施展出終極技能亞空切裂以及時之咆哮，終於將這場災劫化解。
當然了，這其中多虧了帕路奇犽的力量，這裏的變化屬於空間突變，隻有帕路奇犽出手，才能完善的處理掉。
解決完這件突發的事情，帕路奇犽與帝牙盧卡便告辭了，而希娜與克賓，也打算帶著小智一行人進入了神殿中參觀。說是參觀，到不如說是想要借助小智與皮卡丘的力量，因為遠古傳說留下來的石板上刻了文字，曾經，有一位魔獸使帶領著雷之魔獸改變了這個城鎮的命運。