藍藍的天，白白的雲，然後是廣闊得大海，這裏是南方海洋的橘子群島。
以成為神奇寶貝大師為目標的小智一行人，完成了橘子群島的勝利者杯挑戰，正逐個島地持續著他們的海上之旅。
“哈……~天氣真好啊。這個時候要是能出現些沒見過的神奇寶貝，那就再好不過了。”一艘正在前往亞西亞島的小型遊輪上，小智一行人搭了朋友的便船，此刻正在船上眺望著美麗的天空與浩瀚的海洋。
“小智，你真是的，到了哪裏都是這副德行，不過今天的天氣真的好棒呢。”小智身邊的小霞，開口吐槽了小智一句，隨即也被美麗的大海和天空所吸引，露出舒適宜人的表情。
“趁這個機會，也讓神奇寶貝們出來遊玩遊玩吧。”這個時候，跟小智一行人組團的小健來到了小智小霞的身邊，開口對著他倆說道。
結束關東地區的旅行之後，小剛因為特殊原因離隊，隻剩下小霞和小智，來到橘子群島之後剛巧碰到了同樣細心的小健，並且小健的目標是前往真新鎮的大木研究所，於是三人便組團一同旅行。
此刻的他們，都不知道危機正在醞釀當中，現在這美麗的天空與大海，有些過於安靜祥和了，這就像是暴風雨前的寧靜。他們是沒注意到，但是十分敏感的皮卡丘，已經感覺到了變化，這個時候皮卡丘正站在船頭的甲板上，眺望著亞西亞島附近。
“小健的主意不錯哦，到我們的目標島嶼還有一段時間，大家可以趁現在放鬆一下。”小健的話，讓開船的小美很讚同，依照她船長的目光來看，都沒有發現這個大自然界發生了大事，反正距離目的地還有一個小時左右的海路，所以便同意了小健的主意。
就因為他的讚同，小智和小霞也不再顧忌什麼，當下將水係的神奇寶貝召喚到了大海上，讓水係神奇寶貝可以難得的在大海中玩玩。
他們都不知道，暴風雨即將來臨，若是稍有差池，他們中就會有人傷亡。
意外說來就來，就在十分鍾之後，他們還沉寂在歡樂中時，突然間，南方的海域蔓延過來厚重的烏雲，因為這一大片黑雲的降臨，整片海域開始波濤洶湧，這樣的變化，讓身為船長的小美很意外，更是立刻讓小智他們收回自己的神奇寶貝。
命運，牽扯著他們前往橘子群島的中心亞西亞島。
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於此同時，全球氣候的突變，引起無數人類的關注，來一場暴風雨什麼的，這倒是也沒什麼大不了的，關鍵的是，有的地方下起了六月飛雪，有的地方，更是下起了冰雹，這完全就跟現如今的夏季不符啊。
而且最最重要的是，全球各地的神奇寶貝，不管是哪個屬性，都在朝著橘子群島亞西亞島附近前進，飛行係的神奇寶貝和水係的神奇寶貝，無視大海的阻礙，而很多不能飛行又不能穿越大海的神奇寶貝，則是搭乘飛行係以及水係的神奇寶貝穿越茫茫無邊的大海。