數碼寶貝世界，第二大宇宙。
跟第一宇宙大不相同，20世紀中葉，互聯網的原型在冷戰背景下孕育而生，逐漸成為發達國家極具潛力的虛擬戰力，在這一時期，包括D—REAPER（帝厲魔/數碼死神）在內的各種早期元素相繼產生。至70年代中期，得益於相關計劃的順利開展，數碼世界在大國的共同架構下成功的以一種原始的姿態現世。而早期的虛擬人工智能生命“數碼精靈”作為一種技術突破，被引入到網絡世界之中，成為數碼世界最早的“生物”，為後期的數碼獸奠定了基礎。到了80年代，聚集世界各國年輕網絡精英的野生動物研究小組在羅伯·麥考伊的帶領下，創造出了最早的原始數碼獸，數碼世界一度成為這些青年骨幹們挑戰未來的夢想。而原始數碼生物們起初無法理解作為造物主的人類，在它們眼中，人類是父母，更是神。
但是這個虛擬世界的深層與量子背景之間存在神秘的聯動關係，其活性化將產生不可估量的未知隱患，這份擔憂很快被證實，雄心勃勃的數碼世界建造計劃隨之叫停，不久後徹底從人類視線中抹除。但是當時產生的諸多形象在商業化後成為了風靡少年群體的娛樂平台。
可是，數碼世界的幸存者卻在移出人類世界後，開始接觸互聯網高速發展產生的海量數據，逐漸成為遠超出人類想象的虛擬空間，被人類拋棄的數碼獸不再信奉人類為造物主，轉而投靠最早崛起的一批同類，由此產生了諸多勢力。數碼世界的膨脹一直持續到新世紀，期間也遭到過帝厲魔等人類自動監察係統的絞殺，但當數碼世界重新回到人類視線時，其性質早已發生巨變。
人類文明轉入21世紀，十分熱愛數碼獸、稍微有點率真，個性極普通的小學五年級男生鬆田啟人設計出了一隻數碼獸，對他來說與朋友玩數碼獸卡片遊戲，上課時偷偷地把自己創作的數碼獸畫在筆記簿上，就是他最大的樂趣！
原著的故事，便是從這裏開始的。但是我們的故事，卻並非從這裏開始。而是在東京的另一個角落五角大廈頂樓上。
一個身著黑色休閑西裝的男子，一臉冷然的觀望著人類的世界，一頭火紅色的頭發在高樓狂風的吹襲下劇烈擺動。這個人並不是別人，正是完成了融合的淩霄。
為了修補數碼寶貝世界的殘缺，淩霄唯有留在數碼寶貝世界，讓他一直忙於修補的工程，那是絕對不可能的，雖然並不是沒有耐心，但是未免有些無聊。且融合了獸體和人體的他，擁有隨時將獸體與人體自由分散的能力。
這就造成了淩霄用獸體去修補數碼寶貝世界的空洞，而他的人體，則是到了數碼寶貝世界的第二宇宙，也看看這第二宇宙的情況跟第一宇宙的差別。
來到第二宇宙，已經有整整一天的時間了，依照他的了解，劇情很快就會開始，所以他才一直在這裏等候著。
他還隱約記得數碼寶貝第三部馴獸師劇情的開始，就是在這五角大廈不遠的中心公園裏麵。
眺望遠方，太陽已經漸漸落山，一種奇妙的感覺襲上他的心頭，他有預感，今天晚上，這附近一定會發生意想不到的事情。