耶魯學院共有12所住宿學院，分別是：
·伯克利學院（Berkeley College）
·布蘭福德學院（Bran ford College）
·卡爾霍恩學院（Calhoun College）
·達文波特學院（Davenport College）
·以斯拉斯蒂爾斯學院（Ezra Stiles College）
·喬納森愛德華茲學院（Jonathan Edwards College）
·摩爾斯學院（Morse College）
·皮爾遜學院（Pierson College）
·塞布魯克學院（Say brook College）
·西利曼學院（Silliman College）
·蒂莫德懷特學院（Timothy Dwight College）
·特朗布爾學院（Trumbull College）
每所學院都有不同的建築風格，都包括庭院和完備的設施，如圖書館、餐廳、庭院、電腦房、休息室、沙龍屋、遊泳池和其他各種健身娛樂活動場所，使得住宿學院在每一方麵都體現出小社區的特色。此外，由於耶魯學院招收殘疾學生，所以住宿學院向殘疾學生提供可供輪椅出入的特殊宿舍。
耶魯學院規定，新生在就讀的前四個學期必須在住宿學院居住，除非該學生已經結婚或者年齡已滿21歲。而在校外住宿的學生也通常被要求在學院內就餐，並經常使用學院的其他資源。耶魯學院的此項強製規定目的是讓來自五湖四海、出身於不同社會階層、具有不同宗教信仰和不同民族傳統的人生活在一起，讓同學們在這樣一個多元文化的環境中學習、成長。為了給學生營造多元化的文化氛圍，學院在分配宿舍時會考慮宿舍成員的構成，特別是考慮宿舍成員背景的多元化和興趣的多樣化。為了確保本科生安於在住宿學院生活學習，耶魯學院竭盡全力為每位學生提供舒適的居住環境。為此，耶魯學院對本科生的住宿生活，特別是涉及影響他人的物品和行為有詳細而嚴格的規定，如學生在住宿學院不得產生影響室友的噪音，槍支、彈藥、刀具等不得帶入宿舍，不得在宿舍養寵物，且禁止校外居住的學生將寵物帶到住宿學院，禁止學生向窗外拋擲物品等，禁止學生在住宿學院吸煙，征得學院院長的允許後學生方能在布告欄張貼海報等。
為了保障學生的生活和學習質量，每所住宿學院都有一個完備的學術、生活支持體係，其主要成員是學院院長（Master）和學院主任（Dean）。學院院長是住宿學院的最高領導，主管學院財政、資產保障和學生的住宿、社會、文化、體育、藝術生活的安排。院長作為住宿學院的官方代表出席活動，並負責邀請各領域的名人到學院講演或與學生對話。住宿學院的院長茶話會是住宿學院的特色項目。院長茶話會（Master's Teas）是一個非正式的問答談話場合，通常有名人出席。
受邀的名人不乏美國和世界政界、商界、體育、娛樂、社會公益等領域的著名人物。此類活動讓學生有機會與社會名流麵對麵地交談或爭論。
住宿學院主任（Dean）是學院全體學生的總導師，指導學生選課、選專業，指導他們完成培養方案，有時也對學生的個人問題提出建議。
為了方便院長與學生的溝通，耶魯學院為學院院長及學院主任全家在住宿學院院內提供住房，不過，他們的住房與學生住宿區是隔離開的。