崇禎二年，被貶為民的阮大铖，為避農民軍，移居南京庫司坊石巢園。時人厭惡他的卑劣行徑，將庫司坊諢稱為“褲子襠”，呼阮為“褲子檔裏阮”。人們不願與他為鄰，紛紛搬離，庫司坊非常冷清。
在石巢園裏，他蓄養了80多名婢仆，還有一個在南京城裏堪稱一流的戲班子，專門排演他編寫的《春燈跡》、《燕子箋》、《雙金榜》、《牟合尼》等劇目。又精心布置石巢園：春有桃花塢，夏有白石小築，秋有楓葉亭，冬有梅屋，設計精巧，美不勝收。表麵上，阮賊隨遇而安，終日神仙一樣逍遙自在。實際上，野心勃勃的阮大铖，並沒有自甘寂寞，時刻夢想翻案，經常派出爪牙刺探情況，等待時機，以求一逞。
繼東林之後，又興起一個新的政治團體——複社。明末組織文社的風氣很盛。起初，複社僅僅是個“以文會友”的文社。崇禎二年，江南太昌人張溥、張采合並江北匡社、中州端社、鬆江幾社、萊陽邑社等8個文社組成複社。崇禎三年，南京鄉試，複社中有很多人中舉。時人認為加入複社易中舉，於是入社人數猛增，最多時達數萬人，東林子弟幾乎都加入了。複社實際上成了在野的政治團體。複社的興盛，成為阮大铖心腹之患。為了與之抗衡，便在南京組織了群社。不料應者寥寥。阮先以金錢美女收買國子監的太學生不成，轉而網羅老朽陋儒，一麵以進士身份談孔孟、論時事，一麵散銀兩、施恩惠。一番苦心，幾經周折，冷落多年的石巢園終於賓客盈門了。複社深知阮賊將來必成禍患，為挫敗他，便散發由吳次尾起草、黃宗羲等140多人簽名的《留都防亂揭貼》，曆數阮賊罪狀，使其野心穢行路人皆知，連3尺孩童見其過市也追著唾罵不止。石巢園無人敢去，阮氏也隻好偃旗息鼓，龜縮園內，再做他圖。
這時，阮與馬士英是最好的朋友。馬士英，字瑤草，貴陽人。萬曆四十四年與大铖同中進士。曾任知府等，坐事被黜。為避農軍，流竄南京，別圖生計。大铖知逆案難翻，但士英卻可能有出頭之日，他日可用。故待士英極厚，兩人情同父子。
崇禎十四年，周延儒任內閣首輔，大铖素知周之貪蠹，有隙可乘，便帶巨款登門拜訪，懇求其推薦起用。周深知阮為逆案掛名之人，礙難起複。大铖轉為士英求官，周答應有機會一定成全。並安慰大铖：“瑤草複起，是即大铖複成也。”這正是阮為馬奔走的目的。第二年，周不負阮氏所托，尋機將馬士英提為兵部左侍郎、左僉都禦史，總督盧州、鳳陽。馬官運亨通，又兵權在握，阮本來比他年長，但正是求人之時，便處處小心，事事逢迎，不顧羞恥，稱馬為“老公祖”。馬也不負大铖，知恩圖報，對阮言聽計從，並發誓一旦掌握大權，必先提拔大铖。阮大铖陰謀得逞，終於借馬屍還魂，有馬在朝，大铖心境稍寬，翻案複出之念更強。經多年觀察揣摩，阮大铖發現崇禎帝反複無常，疑心很重，十五、六年間，竟換了四、五十個宰相，一會兒任用東林黨人，一會兒反對東林黨人。他敏銳地嗅到重翻逆案的可能，象吸足了鴉片的煙鬼一樣，勁頭十足地到處奔走。送禮行賄，結納權貴。極力討好握有兵權的黃得功、劉澤清等人，籠絡誠意伯劉孔照、忻城伯趙之龍，與皇族朱統瀕稱兄道弟。又與南京守備太監韓讚周結成至交，後京師陷落，大批宦官逃至南京，大铖通過讚周，廣為交納。至此，氣候大為寬鬆。阮氏便想從地下轉入公開。十六年春，孔子仲春丁期，他憑借進士身份到文廟祭孔。不料一到文廟，就被太學生圍住，“打爛阮胡子”的喊聲四起，黃宗羲為報父仇帶頭把阮賊痛打一頓。阮仗著身體好，又有兩手武功，才得以逃脫，匆匆到馬士英處告狀訴苦，馬勸他暫時忍耐，待有利時機再圖報複。