1986年，縣工商行政管理局設置秘書、財務、工商登記、市場監督等股（室），下設16個工商所，全局編製46人。此後，市場經濟機製不斷完善，工商 行政管理隨之加強，逐步增設一些機構。1997年，市工商行政管理局機關配置行政編製25人、工勤人員3人，內設人秘、財統、經濟合同、市場、個私、商標 廣告、法製、合同仲裁等科（室）。各鄉（鎮）均設工商所，配備2～3名事業編製。
1998年1月1日，市工商行政管理局編製收歸省局直管。
第一節 工商企業登記管理
企業登記 依照法律規定，工商企業在設立、合並、分立、轉業、遷移、歇業和變更內容時，必須到工商行政機關進行登記。1986年，瑞金登記在冊的企業 1125戶，比上年增長9.86％，從業人員17457人，注冊資金12289.80萬元，增加27.23％，其中全民企業251戶，集體企業874戶， 企業法人399戶。1989年，根據“治理整頓，深化改革”的要求，撤銷和合並了一些工商企業。據統計，全縣企業戶數保留1068戶，比上年下降 22.14％；從業人員18292人，減少7.35％；注冊資金12663.07萬元，下降9.51％。1991年，按照“製度化、規範化”管理要求，對 32戶企業重新辦理開業、變更等手續。1992年，辦理華麗裝璜公司和多福製衣有限公司等三資企業的登記注冊手續，屬中華人民共和國成立後，首批落戶瑞金 的台灣、香港商戶。1993年，根據江西省工商局《關於進一步改進企業登記管理工作的意見》，堅持“簡化、規範、製約”的原則，積極支持企業轉換經營機 製，允許“國有民營、集體企業自主經營”，允許一業為主，多種經營。放寬企業登記注冊條件，對注冊資金達不到標準的工商企業，可以先發證照、限期補足的辦 法予以登記。同年，清理掛靠黨政部門的企業，對全縣295家國有集體企業的資產進行了界定登記。瑞金撤縣設市後，於1995年4月換發各類工商企業營業執 照1500餘套。1995年，辦理69戶企業登記清冊，其中有限責任公司5戶，非公司製企業64戶。1996年，根據國家工商局規定，全市工商企業均換發 全國統一的《企業法人營業執照》和《營業執照》。同年，根據國務院（1995）17號、省人民政府（1995）69號文件精神，對全市有限責任公司進行規 範，依《公司法》規定重新登記，對不具備條件的4家企業進行變更或注銷登記。
2000年，支持、鼓勵國有企業實行公司製改造，建立現代企業製度，推行企業登記製度改革，嚴把審批關。至年底，全市登記注冊的各類企業832戶，從業人員20388人，注冊資金28534萬元。
工商企業監督管理 1986年，根據國務院《關於進一步清理整頓公司、中心的通知》，對1984年以來開辦的公司、中心進行調查摸底，撤銷不符合經營條 件的公司8家、中心2家，對5家公司辦理了變更手續。同年，查處未經登記擅自開業或超越經營範圍的企業14戶，吊銷營業執照2戶，處以罰款9戶。1988 年，加強企業與工商部門的聯係，從企業中選聘管理聯絡員279名。1990年，根據江西省人民政府（1990）32號文件精神，對集體企業進行了清理，撤 銷25戶假集體企業，變更企業性質15戶。1994年，《中華人民共和國公司法》、《中華人民共和國登記管理條例》公布實施，瑞金市先後舉辦4期工商幹 部、企業法定代表培訓班；在瑞金電視台開設《公司法》講座；印發《公司法》、《公司登記管理條例》彙編400冊。1995年，根據省、地工商局文件精神， 瑞金市工商行政部門在全市範圍內清理無機構、無資金、無場所的“三無”企業77戶，其中注銷營業執照的25戶，改辦個體私營52戶，查處違章違法企業66 戶。1996年，對市內7家室內裝飾企業和26家建築企業進行整頓，限期補辦資質證書。1997年，清理“三無”企業及“假集體”企業46戶，查處違章違 法企業19戶。1999年，對黨政部門、軍隊、武警所辦企業進行清理，注銷營業執照或改組為個體、私營企業。2000年企業年檢，全市應檢企業846戶， 參檢832戶，查處“三無”企業和掛靠部門企業6戶，處理違章企業15戶。
第二節 個體私營經濟管理
1986 年，全縣共有個體工商戶5007戶，從業人員6101人，注冊資金233.55萬元，產值27.05萬元，私營企業20戶，從業人員218人，注冊資金 32.43萬元，產值24.39萬元。1988年，開展全縣性“文明個體戶”評選活動，評出63戶“文明工商戶”。同年，工商部門在縣城整頓市場秩序，加 強市場管理，查處各種違法違章案件101起，取締無照商販12戶。1989年，成立瑞金縣發展個體、私營經濟領導小組，舉辦個體、私營經濟管理幹部培訓 班。1991年，在全縣範圍內清理無照經營的工商業者，查處無證無照經營業者307戶。同年，縣工商局會同勞動人事、商業、交通、農機等部門組成“瑞金縣 個體勞動者技術鑒證委員會”，對技術性行業的個體勞動者進行技術鑒證，評定等級。1992年，縣人民政府下發《關於大力鼓勵和扶持個體私營經濟發展的決 定》，為進一步發展個體、私營經濟創造寬鬆條件。同年，縣工商局會同交通局和交通稽征所對縣內無執照個體運輸戶進行整頓，清理無照個體運輸戶88戶。 1993年，成立工商局法律顧問室，與4000多戶個體工商業者簽訂法律服務合同，提供政策、法律谘詢，調解糾紛300餘起，挽回直接經濟損失13萬多 元，追回貨款9萬多元。與此同時，對個體勞動者開展法律教育和職業道德教育，5000餘戶個體勞動者領取了《職業道德教育合格證》，同年，放寬個體、私營 業者的經營範圍，鼓勵城鎮無業人員從事個體私營經濟工作，對個私業者放開除國家明令禁止外的所有經營項目。至1995年，個體私營經濟增加3965戶，注 冊資金30～50萬元的有18戶，50～100萬元有13戶，100萬元以上的有14戶，200萬元以上的4戶。1997年初，市委、市政府出台《關於大 力發展個私經濟的決定》，從政策上進一步鼓勵、引導、扶持個體私營經濟的發展。是年，新增個體工商戶、私營企業7512戶，從業人員15752人，新增注 冊資金百萬元以上私營企業大戶7戶，1998年初，市委、市政府要求各鄉、鎮及市屬部門全力幫扶個體私營企業，支持個私經濟發展，並遞交責任狀。與此同 時，通過電視等媒體對個私經濟作出公開承諾，市工商管理部門將承諾編訂成冊，發至各個私營業主。1999年4月28日至5月12日，在全市範圍開展個體私 營經濟發展環境調查活動，召開個私業主座談會20次，發放調查問卷1000多份，征求業主意見，提供優質服務。