1998年清明節公祭，是香港回歸祖國後的第一個清明公祭軒轅黃帝陵典禮，有近千名來自海內外的參祭人員和5萬餘名當地群眾參加。副省長賈治邦主持公祭典禮。參加祭禮的有全國人大常委會副委員長蔣正華，全國政協副主席、中共中央統戰部部長王兆國，副部長張廷翰，新華社香港分社社長薑恩柱，國務院港澳事務辦公室副主任劉名啟，新華社澳門分社副社長宗光耀，中央國家機關有關部委和有關兄弟省市自治區負責人，陝西省領導人李建國、安啟元、賈治邦、蔡竹林、艾丕善、崔林濤、張保慶、徐山林、陳躍、杜東海等，以及香港、台灣、澳門同胞，海外僑胞代表。蔣正華、王兆國分別代表全國人大常委會、全國政協和中華海外聯誼會向黃帝陵敬獻花籃。全國政協常委、中華海外聯誼會副會長莊世平、李東海代表香港各界敬獻花籃。上海市、安徽省負責同誌代表兄弟省市自治區敬獻花籃。李建國代表陝西省人大常委會、省政府、省政協敬獻花籃。黃陵縣各界群眾還向黃帝陵敬獻了時果點心等祭品。程安東恭讀祭文。隨後，全體參祭人員向軒轅黃帝陵行三鞠躬禮，並跟隨祭祀樂隊緩緩繞陵一周。
1999年清明節公祭，千餘名來自海內外的參祭人員和萬餘名當地群眾參加。副省長賈治邦主持公祭典禮。全國政協副主席張思卿，陝西省領導人李建國、安啟元、徐山林，中央國家有關部委及兄弟省、市、自治區負責人，香港各界代表、台灣同胞、澳門同胞、海外僑胞及整修黃帝陵捐資單位代表參加了公祭儀式。全國政協副主席張思卿代表全國政協敬獻花籃。國家經貿委副主任陳邦柱代表中央國家有關部委敬獻花籃。’99東西部合作與投資洽談會組委會副主任、安徽省副省長盧家豐，河南省人大常委會副主任鍾力生代表’99中國東西部合作與投資洽談會敬獻花籃。香港各界、台灣同胞、澳門各界人士、海外同胞代表敬獻花籃。陝西省人大常委會主任李建國代表省人大常委會、省政府、省政協敬獻花籃。省政協副主席、黃帝陵基金會副會長蘇明代表黃帝陵基金會敬獻花籃。省海外聯誼會會長李錦江代表省海外聯誼會敬獻花籃。中共延安市委書記高宜新、黃陵縣委書記高合元分別代表延安市、黃陵縣敬獻花籃。黃陵縣各界群眾敬獻水果、麵點等祭品。程安東恭讀了祭文。全體參祭人員向黃帝像行三鞠躬禮，並瞻仰軒轅廟。
2000年清明節，千餘名來自海內外的參祭人員代表與萬餘名當地群眾參加。常務副省長賈治邦主持公祭典禮。參加祭典的有：全國政協副主席、中共中央統戰部部長王兆國，全國政協副主席陳錦華，全國政協副主席、澳門中華總商會會長馬萬祺，全國政協常委、澳門吳福集團董事長吳福，廣東省省長盧瑞華，國家外經貿部副部長張祥，陝西省人大常委會主任李建國，陝西省政協副主席、黃帝陵基金會會長孫天義，陝西省領導人安啟元、艾丕善、徐山林，陝西省海外聯誼會會長李錦江，中共延安市委書記高宜新等。各方代表分別敬獻了花籃。澳門各界人士代表還敬獻了“功蓋華夏，恩澤濠江”的匾額。當地群眾代表還敬獻了水果及獨具地方特色的麵點等祭品。程安東恭讀祭文。全體參祭人員向黃帝像行三鞠躬禮，並拜謁了黃帝陵。
2001年清明節公祭，千餘名來自海內外的參祭人員代表和5萬餘名當地群眾參加。常務副省長賈治邦主持公祭典禮。參加祭禮的有：全國人大常委會副委員長王光英，全國政協副主席萬國權，國務院外國專家局副局長鄭懷生，黑龍江省副省長王佐書，陝西省人大常委會主任李建國，陝西省領導人安啟元、艾丕善、崔林濤、唐績初、馬大謀、杜中嶽、蘇明、薑信真、黃鍾、李雅芳、馬殿魁，陝西省政協副主席、黃帝陵基金會會長孫天義，陝西省政協副主席、陝西省海外聯誼會會長石學友，中共延安市委書記王俠等。各方代表分別敬獻了花籃。當地群眾代表敬獻了水果和獨具地方特色的麵點等祭品。程安東恭讀祭文。全體參祭人員向黃帝像行三鞠躬禮，瞻仰軒轅廟，拜謁黃帝陵。
2002年清明節公祭，1000多位來自海內外的參祭人員和數萬當地群眾參加。省長程安東主祭。常務副省長賈治邦主持公祭典禮。中共中央政治局委員、中國社會科學院院長李鐵映，全國人大常委會副委員長彭珮雲，全國政協副主席孫孚淩，先後敬獻了花籃，台灣同胞、港澳同胞、海外僑胞代表也分別敬獻花籃。中共中央統戰部副部長田鶴年和國家稅務總局局長金人慶代表中央國家部委，安徽省人大常委會副主任王秀智和甘肅省副省長崔正華代表兄弟省、自治區、直轄市，中共陝西省委書記、省人大常委會主任李建國代表陝西省委、省人大常委會、省政府、省政協，全國政協科教文衛體委員會副主任、兩院院士周幹峙和國務院學位辦公室主任、中科院院士周其風代表科教界，陝西省政協副主席、黃帝陵基金會會長孫天義代表黃帝陵基金會，陝西省政協副主席、省委統戰部部長、省海外聯誼會會長石學友代表海外聯誼會，延安市委常委、副市長朱明春和黃陵縣委副書記賈永祿代表延安市、黃陵縣，分別敬獻了花籃。黃陵縣副縣長薑文華、縣政協主席段育清代表當地群眾敬獻了水果和獨具地方特色的麵花。程安東恭讀祭文。全體參祭人員向黃帝像行三鞠躬禮。
公祭典禮前，在“人文初始”大殿前隆重舉行了由中國殘聯、國家體育總局、中國特奧會主辦，陝西省人民政府承辦的中華人民共和國第三屆特殊奧林匹克運動會火種采集儀式。
中共中央政治局委員、中國社會科學院院長李鐵映，全國人大常委會副委員長、全國婦聯主席彭珮雲，全國人大常委會委員、內務司法委副主任顧金池，全國人大常委會委員陳明樞，全國人大內務司法委員會委員趙叢，中國特奧會主席閻明複，國家稅務總局局長金人慶，中國殘聯副理事長王智鈞，中共陝西省委書記、省人大常委會主任李建國，陝西省省長程安東，省委副書記、省政協副主席艾丕善，省委副書記、常務副省長賈治邦，省委副書記、省人大常委會副主任範肖梅，省委副書記袁純清等國家有關部門和陝西省領導同誌及國際特奧會亞太區總監榮德根先生出席火種采集儀式並在主席台就座。采火儀式由籌委會主任、陝西省副省長張偉主持。
9時25分，軍樂隊奏國歌。李鐵映宣布：“中華人民共和國第三屆特殊奧林匹克運動會火種采集現在開始！”隨即，兩名“古代武士”以石鑽木取火，國際特奧會友好使者賈思蕊和本屆特奧運動會愛心大使桑蘭引燃聖火。燃燒的火炬由托普集團代表傳遞給李建國，再遞交到彭珮雲手中，她高舉火炬，點燃了本屆特奧運動會的火種盒。